PDB-5ixp: Crystal structure of Extracellular solute-binding protein family 1

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5ixp

タイトル

Crystal structure of Extracellular solute-binding protein family 1

要素

Extracellular solute-binding protein family 1

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / Structural Genomics / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG / ABC transporter / solute-binding protein

機能・相同性

: / Bacterial extracellular solute-binding protein / Bacterial extracellular solute-binding protein / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / FORMIC ACID / Extracellular solute-binding protein family 1

機能・相同性情報

生物種

Kribbella flavida (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.73 Å

データ登録者

Chang, C. / Cuff, M. / Chhor, G. / Endres, M. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of Extracellular solute-binding protein family 1
著者: Chang, C. / Cuff, M. / Chhor, G. / Endres, M. / Joachimiak, A.

履歴

登録	2016年3月23日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年3月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年8月17日	Group: Structure summary
改定 1.2	2024年10月23日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_oper_list Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5ixp.cif.gz	182.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5ixp.ent.gz	143.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5ixp.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ix/5ixp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ix/5ixp	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	6tmq-d 4ff6-2 7c6x-4 4jn5-2 6tmp-d 7c6x-7 7c70-2 6hf3-2 7c6x-1 7c6x-10 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: MCSG-APC103571

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#261 - 2021年9月 DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores) 類似性 (1) #205 - 2017年1月核膜孔複合体 (Nuclear Pore Complex) 類似性 (1) #221 - 2018年5月ヒトパピローマウイルスとワクチン (Human Papillomavirus and Vaccines) 類似性 (1) #243 - 2020年3月電位依存性ナトリウムチャネル (Voltage-gated Sodium Channels) 類似性 (1) #22 - 2001年10月光化学系I (Photosystem I) 類似性 (1) #262 - 2021年10月 PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures ) 類似性 (1) #29 - 2002年5月ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins) 類似性 (1) #95 - 2007年11月多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#261 - 2021年9月
DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores)
類似性 (1)
#205 - 2017年1月
核膜孔複合体 (Nuclear Pore Complex)
類似性 (1)
#221 - 2018年5月
ヒトパピローマウイルスとワクチン (Human Papillomavirus and Vaccines)
類似性 (1)
#243 - 2020年3月
電位依存性ナトリウムチャネル (Voltage-gated Sodium Channels)
類似性 (1)
#22 - 2001年10月
光化学系I (Photosystem I)
類似性 (1)
#262 - 2021年10月
PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures )
類似性 (1)
#29 - 2002年5月
ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins)
類似性 (1)
#95 - 2007年11月
多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Extracellular solute-binding protein family 1

ヘテロ分子

44 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	89.967, 115.184, 59.976
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 131.170, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Extracellular solute-binding protein family 1 分子量: 43836.105 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Kribbella flavida (strain DSM 17836 / JCM 10339 / NBRC 14399) (バクテリア) 株: DSM 17836 / JCM 10339 / NBRC 14399 / 遺伝子: Kfla_2403 / プラスミド: pMCSG68 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: D2PV11
#2: 化合物	ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸分子量: 46.025 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH₂O₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 329 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.67 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.9 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: Bis-Tris propane, tacsimate

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 19-BM / 波長: 0.97931 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2012年11月7日

放射

モノクロメーター: Si(111) double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97931 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.73→50 Å / Num. obs: 47739 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 4.4 % / B_iso Wilson estimate: 17.78 Å² / R_merge(I) obs: 0.044 / Net I/av σ(I): 27.638 / Net I/σ(I): 13.9

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Diffraction-ID	% possible all
1.73-1.76	3.4	0.562	1	97.9
1.76-1.79	3.5	0.494	1	98.7
1.79-1.83	3.7	0.418	1	99.1
1.83-1.86	3.9	0.344	1	99.9
1.86-1.9	4.1	0.296	1	100
1.9-1.95	4.5	0.229	1	100
1.95-2	4.6	0.195	1	100
2-2.05	4.6	0.159	1	100
2.05-2.11	4.6	0.13	1	100
2.11-2.18	4.7	0.112	1	100
2.18-2.26	4.6	0.093	1	100
2.26-2.35	4.7	0.081	1	100
2.35-2.45	4.7	0.068	1	100
2.45-2.58	4.7	0.058	1	100
2.58-2.75	4.7	0.049	1	100
2.75-2.96	4.7	0.04	1	100
2.96-3.26	4.7	0.033	1	100
3.26-3.73	4.7	0.028	1	100
3.73-4.69	4.6	0.026	1	100
4.69-50	4.4	0.034	1	98.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX		精密化
SCALEPACK		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.2	データ抽出
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.73→33.862 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 17.4

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1715	3987	4.96 %
R_work	0.1303	-	-
obs	0.1324	46831	84.75 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 65.09 Å² / B_iso mean: 23.916 Å² / B_iso min: 7.21 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.73→33.862 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3068	0	9	329	3406
B_iso mean	-	-	46.33	34.4	-
残基数	-	-	-	-	393

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	3322
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.815	4537
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.049	476
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	601
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.841	1960

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 28

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.7289-1.75	0.2481	59	0.1761	1341	1400	41
1.75-1.7722	0.2847	82	0.16	1415	1497	45
1.7722-1.7955	0.2369	73	0.1616	1584	1657	49
1.7955-1.8201	0.2141	94	0.1568	1702	1796	53
1.8201-1.8461	0.1899	90	0.1528	1766	1856	56
1.8461-1.8736	0.1955	124	0.1479	2044	2168	62
1.8736-1.9029	0.2068	100	0.1488	2055	2155	66
1.9029-1.9341	0.1858	109	0.1344	2419	2528	72
1.9341-1.9674	0.1966	129	0.1314	2506	2635	79
1.9674-2.0032	0.1838	133	0.1258	2732	2865	85
2.0032-2.0417	0.1929	139	0.1223	2877	3016	88
2.0417-2.0834	0.2035	142	0.1165	2959	3101	92
2.0834-2.1287	0.1784	187	0.1154	3000	3187	95
2.1287-2.1782	0.1715	164	0.1191	3131	3295	97
2.1782-2.2327	0.1591	198	0.1175	3162	3360	99
2.2327-2.293	0.1601	167	0.1171	3198	3365	99
2.293-2.3605	0.1695	184	0.1186	3191	3375	99
2.3605-2.4366	0.179	178	0.1197	3186	3364	100
2.4366-2.5237	0.1838	140	0.1181	3236	3376	100
2.5237-2.6247	0.1563	163	0.1277	3221	3384	100
2.6247-2.7441	0.1661	195	0.1436	3176	3371	100
2.7441-2.8887	0.1884	152	0.1487	3214	3366	100
2.8887-3.0696	0.2078	204	0.1483	3191	3395	100
3.0696-3.3064	0.1841	130	0.1348	3270	3400	100
3.3064-3.6388	0.1234	158	0.1241	3216	3374	100
3.6388-4.1645	0.1376	174	0.1128	3207	3381	100
4.1645-5.2437	0.1429	176	0.1202	3227	3403	100
5.2437-33.8688	0.2195	143	0.1608	3170	3313	98

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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