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- PDB-5ixp: Crystal structure of Extracellular solute-binding protein family 1 -
+
Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5ixp | ||||||
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Title | Crystal structure of Extracellular solute-binding protein family 1 | ||||||
![]() | Extracellular solute-binding protein family 1 | ||||||
![]() | TRANSPORT PROTEIN / Structural Genomics / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG / ABC transporter / solute-binding protein | ||||||
Function / homology | Bacterial extracellular solute-binding protein / Bacterial extracellular solute-binding protein / FORMIC ACID / Extracellular solute-binding protein family 1![]() | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Chang, C. / Cuff, M. / Chhor, G. / Endres, M. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) | ||||||
![]() | ![]() Title: Crystal structure of Extracellular solute-binding protein family 1 Authors: Chang, C. / Cuff, M. / Chhor, G. / Endres, M. / Joachimiak, A. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 178.6 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 146.5 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 430 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 431.2 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 18.9 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 28.3 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Similar structure data | |
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Other databases |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 43836.105 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Strain: DSM 17836 / JCM 10339 / NBRC 14399 / Gene: Kfla_2403 / Plasmid: pMCSG68 Production host: ![]() ![]() References: UniProt: D2PV11 | ||
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#2: Chemical | #3: Water | ChemComp-HOH / | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.67 Å3/Da / Density % sol: 53.9 % |
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Crystal grow | Temperature: 277 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7 / Details: Bis-Tris propane, tacsimate |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 210r / Detector: CCD / Date: Nov 7, 2012 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: Si(111) double crystal / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97931 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.73→50 Å / Num. obs: 47739 / % possible obs: 99.7 % / Redundancy: 4.4 % / Biso Wilson estimate: 17.78 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.044 / Net I/av σ(I): 27.638 / Net I/σ(I): 13.9 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]()
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 65.09 Å2 / Biso mean: 23.916 Å2 / Biso min: 7.21 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.73→33.862 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 28
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