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- PDB-6tgw: Crystal structure of human Aldehyde dehydrogenase 1A3 in complex ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6tgw
タイトルCrystal structure of human Aldehyde dehydrogenase 1A3 in complex with a selective inhibitor
要素Aldehyde dehydrogenase family 1 member A3
キーワードOXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / ALDH1A3 / aldehyde dehydrogenase ALDH inhibitor Cancer stem cell / glioblastoma mesenchymal stem cell stem cell
機能・相同性
機能・相同性情報


nucleus accumbens development / optic cup morphogenesis involved in camera-type eye development / olfactory pit development / Harderian gland development / retinoic acid biosynthetic process / embryonic eye morphogenesis / レチナールデヒドロゲナーゼ / embryonic camera-type eye development / aldehyde dehydrogenase [NAD(P)+] activity / RA biosynthesis pathway ...nucleus accumbens development / optic cup morphogenesis involved in camera-type eye development / olfactory pit development / Harderian gland development / retinoic acid biosynthetic process / embryonic eye morphogenesis / レチナールデヒドロゲナーゼ / embryonic camera-type eye development / aldehyde dehydrogenase [NAD(P)+] activity / RA biosynthesis pathway / righting reflex / retinal metabolic process / aldehyde dehydrogenase (NAD+) activity / retinal dehydrogenase activity / retinoic acid metabolic process / retinol metabolic process / inner ear morphogenesis / face development / thyroid hormone binding / neuromuscular process controlling balance / NAD+ binding / locomotory behavior / protein homotetramerization / positive regulation of apoptotic process / apoptotic process / protein homodimerization activity / extracellular exosome / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Aldehyde dehydrogenase, glutamic acid active site / Aldehyde dehydrogenases glutamic acid active site. / Aldehyde dehydrogenase, cysteine active site / Aldehyde dehydrogenases cysteine active site. / Aldehyde dehydrogenase domain / Aldehyde dehydrogenase family / Aldehyde dehydrogenase, N-terminal / Aldehyde dehydrogenase, C-terminal / Aldehyde/histidinol dehydrogenase
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-N98 / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / Retinaldehyde dehydrogenase 3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Garavaglia, S. / Rizzi, M.
引用ジャーナル: Commun Biol / 年: 2021
タイトル: A specific inhibitor of ALDH1A3 regulates retinoic acid biosynthesis in glioma stem cells.
著者: Li, J. / Garavaglia, S. / Ye, Z. / Moretti, A. / Belyaeva, O.V. / Beiser, A. / Ibrahim, M. / Wilk, A. / McClellan, S. / Klyuyeva, A.V. / Goggans, K.R. / Kedishvili, N.Y. / Salter, E.A. / ...著者: Li, J. / Garavaglia, S. / Ye, Z. / Moretti, A. / Belyaeva, O.V. / Beiser, A. / Ibrahim, M. / Wilk, A. / McClellan, S. / Klyuyeva, A.V. / Goggans, K.R. / Kedishvili, N.Y. / Salter, E.A. / Wierzbicki, A. / Migaud, M.E. / Mullett, S.J. / Yates, N.A. / Camacho, C.J. / Rizzi, M. / Sobol, R.W.
履歴
登録2019年11月18日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年6月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年6月29日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Aldehyde dehydrogenase family 1 member A3
B: Aldehyde dehydrogenase family 1 member A3
C: Aldehyde dehydrogenase family 1 member A3
D: Aldehyde dehydrogenase family 1 member A3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)228,85612
ポリマ－224,7094
非ポリマー4,1478
水4,630257
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area22370 Å2
ΔGint-88 kcal/mol
Surface area58400 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)81.030, 158.475, 168.646
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
Aldehyde dehydrogenase family 1 member A3 / Aldehyde dehydrogenase 6 / Retinaldehyde dehydrogenase 3 / RalDH3


分子量: 56177.289 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ALDH1A3, ALDH6
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: P47895, レチナールデヒドロゲナーゼ
#2: 化合物
ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / ニコチンアミドアデニンジヌクレオチド


分子量: 663.425 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / コメント: NAD*YM
#3: 化合物
ChemComp-N98 / methyl 5-(1,3-benzodioxol-5-yl)-2-phenyl-pyrazolo[1,5-a]pyrimidine-7-carboxylate


分子量: 373.362 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H15N3O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 257 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.95 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 20% PEG-3350 0.24 M sodium malonate pH 7.0 10 mM TCEP-hydrochloride

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.8729 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 X 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年9月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8729 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→47.025 Å / Num. obs: 100894 / % possible obs: 97.8 % / 冗長度: 4.6 % / Rpim(I) all: 0.093 / Rrim(I) all: 0.205 / Rsym value: 0.181 / Net I/av σ(I): 3.9 / Net I/σ(I): 6.8
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique obsRpim(I) allRrim(I) allRsym valueNet I/σ(I) obs% possible all
2.8-2.954.30.6691.13165373280.3530.760.6692.394.2
2.95-3.134.60.4971.53379973760.2550.5620.4973.199.3
3.13-3.354.40.352.13063268990.1830.3970.354.199.1
3.35-3.614.80.2333.23096964230.1170.2620.233699
3.61-3.964.80.1614.52806759080.0810.1820.1617.998.8
3.96-4.434.70.1096.52534453570.0550.1230.10910.398.6
4.43-5.114.50.0877.72110246940.0460.0990.08711.396.9
5.11-6.264.50.1076.61771839800.0560.1220.1079.197
6.26-8.854.50.0778.71433931520.0390.0870.0771197.5
8.85-47.0254.50.05210.3814917970.0270.0590.05214.696.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALA3.3.21データスケーリング
PHENIX1.17.1_3660精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5FHZ

5fhz


解像度: 2.8→47.02 Å / SU ML: 0.37 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0.02 / 位相誤差: 32.35
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2736 5030 4.99 %
Rwork0.201 --
obs0.2046 100894 97.64 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 96.49 Å2 / Biso mean: 23.3904 Å2 / Biso min: 3.25 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.8→47.02 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14765 0 288 257 15310
Biso mean--36.32 16.26 -
残基数----1913
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.8-2.830.3891470.29552665281282
2.83-2.860.38581670.28523160332797
2.86-2.90.31961790.27873222340198
2.9-2.940.37451740.27053163333798
2.94-2.970.31691960.26943256345299
2.98-3.020.35971510.27013276342799
3.02-3.060.35671850.2583206339199
3.06-3.10.31571470.24863283343099
3.1-3.150.3271740.233254342899
3.15-3.20.30231280.22933254338299
3.2-3.260.29381510.23343268341999
3.26-3.320.34321640.22443222338699
3.32-3.380.33491740.22333275344999
3.38-3.450.28971610.22323237339899
3.45-3.530.31441600.20813248340899
3.53-3.610.25891770.20583214339199
3.61-3.70.27251710.19453226339799
3.7-3.80.26321390.17823246338599
3.8-3.910.2362290.17043190341999
3.91-4.040.25591750.17563242341799
4.04-4.180.25352080.17793158336698
4.18-4.350.2521850.16463219340499
4.35-4.550.23381540.15583237339198
4.55-4.790.21691110.14773255336698
4.79-5.090.16741900.15743110330096
5.09-5.480.25721560.17363106326295
5.48-6.030.26121650.18083211337698
6.03-6.90.25551680.19363196336498
6.9-8.680.21241660.16823186335298
8.68-47.020.20881780.17883079325794

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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