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- PDB-6t8u: Complement factor B in complex with 5-Bromo-3-chloro-N-(4,5-dihyd... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6t8u
タイトルComplement factor B in complex with 5-Bromo-3-chloro-N-(4,5-dihydro-1H-imidazol-2-yl)-7-methyl-1H-indol-4-amine
要素Complement factor B
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / Complement immune / inhibitor (酵素阻害剤)
機能・相同性
機能・相同性情報


alternative-complement-pathway C3/C5 convertase / classical-complement-pathway C3/C5 convertase complex / complement binding / Alternative complement activation / Activation of C3 and C5 / complement activation, alternative pathway / 補体 / Regulation of Complement cascade / response to bacterium / blood microparticle ...alternative-complement-pathway C3/C5 convertase / classical-complement-pathway C3/C5 convertase complex / complement binding / Alternative complement activation / Activation of C3 and C5 / complement activation, alternative pathway / 補体 / Regulation of Complement cascade / response to bacterium / blood microparticle / serine-type endopeptidase activity / タンパク質分解 / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Complement factor B / Complement B/C2 / Sushi repeat (SCR repeat) / Domain abundant in complement control proteins; SUSHI repeat; short complement-like repeat (SCR) / Sushi/SCR/CCP domain / Sushi/SCR/CCP superfamily / Sushi/CCP/SCR domain profile. / von Willebrand factor type A domain / von Willebrand factor (vWF) type A domain / VWFA domain profile. ...Complement factor B / Complement B/C2 / Sushi repeat (SCR repeat) / Domain abundant in complement control proteins; SUSHI repeat; short complement-like repeat (SCR) / Sushi/SCR/CCP domain / Sushi/SCR/CCP superfamily / Sushi/CCP/SCR domain profile. / von Willebrand factor type A domain / von Willebrand factor (vWF) type A domain / VWFA domain profile. / von Willebrand factor, type A / von Willebrand factor A-like domain superfamily / Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / トリプシン / Peptidase S1, PA clan
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-MVZ / Complement factor B
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.84 Å
データ登録者Mainolfi, N. / Ehara, T. / Karki, R.G. / Anderson, K. / Mac Sweeney, A. / Wiesmann, C. / Adams, C. / Liao, S.-M. / Argikar, U.A. / Jendza, K. ...Mainolfi, N. / Ehara, T. / Karki, R.G. / Anderson, K. / Mac Sweeney, A. / Wiesmann, C. / Adams, C. / Liao, S.-M. / Argikar, U.A. / Jendza, K. / Zhang, C. / Powers, J. / Klosowski, D.W. / Crowley, M. / Kawanami, T. / Ding, J. / April, M. / Forster, C. / Serrano-Wu, M. / Capparelli, M. / Ramqaj, R. / Solovay, C. / Cumin, F. / Smith, T.M. / Ferrara, L. / Lee, W. / Long, D. / Prentiss, M. / De Erkenez, A. / Yang, L. / Fang, L. / Sellner, H. / Sirockin, F. / Valeur, E. / Erbel, P. / Ramage, P. / Gerhartz, B. / Schubart, A. / Flohr, S. / Gradoux, N. / Feifel, R. / Vogg, B. / Maibaum, J. / Eder, J. / Sedrani, R. / Harrison, R.A. / Mogi, M. / Jaffee, B.D. / Adams, C.M.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2020
タイトル: Discovery of 4-((2S,4S)-4-Ethoxy-1-((5-methoxy-7-methyl-1H-indol-4-yl)methyl)piperidin-2-yl)benzoic Acid (LNP023), a Factor B Inhibitor Specifically Designed To Be Applicable to ...タイトル: Discovery of 4-((2S,4S)-4-Ethoxy-1-((5-methoxy-7-methyl-1H-indol-4-yl)methyl)piperidin-2-yl)benzoic Acid (LNP023), a Factor B Inhibitor Specifically Designed To Be Applicable to Treating a Diverse Array of Complement Mediated Diseases.
著者: Mainolfi, N. / Ehara, T. / Karki, R.G. / Anderson, K. / Mac Sweeney, A. / Liao, S.M. / Argikar, U.A. / Jendza, K. / Zhang, C. / Powers, J. / Klosowski, D.W. / Crowley, M. / Kawanami, T. / ...著者: Mainolfi, N. / Ehara, T. / Karki, R.G. / Anderson, K. / Mac Sweeney, A. / Liao, S.M. / Argikar, U.A. / Jendza, K. / Zhang, C. / Powers, J. / Klosowski, D.W. / Crowley, M. / Kawanami, T. / Ding, J. / April, M. / Forster, C. / Serrano-Wu, M. / Capparelli, M. / Ramqaj, R. / Solovay, C. / Cumin, F. / Smith, T.M. / Ferrara, L. / Lee, W. / Long, D. / Prentiss, M. / De Erkenez, A. / Yang, L. / Liu, F. / Sellner, H. / Sirockin, F. / Valeur, E. / Erbel, P. / Ostermeier, D. / Ramage, P. / Gerhartz, B. / Schubart, A. / Flohr, S. / Gradoux, N. / Feifel, R. / Vogg, B. / Wiesmann, C. / Maibaum, J. / Eder, J. / Sedrani, R. / Harrison, R.A. / Mogi, M. / Jaffee, B.D. / Adams, C.M.
履歴
登録2019年10月25日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年3月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年7月1日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
AAA: Complement factor B
BBB: Complement factor B
CCC: Complement factor B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)100,61314
ポリマ－98,8683
非ポリマー1,74511
水81145
1
AAA: Complement factor B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,5705
ポリマ－32,9561
非ポリマー6144
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
BBB: Complement factor B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,5705
ポリマ－32,9561
非ポリマー6144
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
CCC: Complement factor B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,4744
ポリマ－32,9561
非ポリマー5183
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)91.926, 91.926, 260.415
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11Chains A B
21Chains A C
31Chains B C

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要素

#1: タンパク質 Complement factor B / / C3/C5 convertase / Glycine-rich beta glycoprotein / GBG / PBF2 / Properdin factor B


分子量: 32955.883 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CFB, BF, BFD
発現宿主: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
参照: UniProt: P00751, alternative-complement-pathway C3/C5 convertase
#2: 化合物 ChemComp-MVZ / 5-bromanyl-3-chloranyl-~{N}-(1~{H}-imidazol-2-yl)-7-methyl-1~{H}-indol-4-amine


分子量: 325.592 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H10BrClN4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 45 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.79 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 2.4M AMMONIUM SULPHATE, 0.1 M SODIUM ACETATE PH 4.6

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2010年8月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.84→91.91 Å / Num. obs: 27309 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13 % / Rmerge(I) obs: 0.146 / Rrim(I) all: 0.152 / Net I/σ(I): 20.75
反射 シェル解像度: 2.84→2.93 Å / Rmerge(I) obs: 0.5 / Mean I/σ(I) obs: 7.39 / Num. unique obs: 2383 / Rrim(I) all: 0.52 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0257精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1DLE

1dle


解像度: 2.84→86.684 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.916 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.874 / SU B: 12.723 / SU ML: 0.248 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R Free: 0.343 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2389 1366 5.002 %
Rwork0.1976 --
all0.2 --
obs-27308 99.985 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 25.84 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.018 Å2-0 Å2-0 Å2
2--0.018 Å2-0 Å2
3----0.036 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.84→86.684 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6284 0 94 45 6423
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0126524
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7141.6538844
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.6465787
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.15122.862311
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg20.423151120
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.7971533
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1270.2826
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.024900
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2190.22513
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.320.24287
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1330.2182
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.1770.258
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.2140.27
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.8632.3843190
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.7683.5533963
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.932.7623332
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.1243.9874880
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it8.9430.5879131
X-RAY DIFFRACTIONr_ncsr_local_group_10.0890.058081
X-RAY DIFFRACTIONr_ncsr_local_group_20.0890.058089
X-RAY DIFFRACTIONr_ncsr_local_group_30.0850.058154
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRfactor allNum. reflection allFsc freeFsc work% reflection obs (%)WRfactor Rwork
2.84-2.9140.354980.26918680.27319660.8430.8931000.229
2.914-2.9930.363970.23318240.23919210.8460.9011000.199
2.993-3.080.323930.22617790.2318720.8690.9111000.197
3.08-3.1750.273920.21117400.21418320.9130.9261000.188
3.175-3.2790.228880.1916770.19217650.9310.9431000.167
3.279-3.3940.279850.21116250.21517100.90.9241000.19
3.394-3.5220.22840.19915770.216610.9270.9381000.182
3.522-3.6650.255790.20515160.20815960.9220.93399.93730.188
3.665-3.8280.212780.18614830.18715610.9470.9491000.172
3.828-4.0140.239720.18113710.18414430.9280.951000.167
4.014-4.2310.211710.15413390.15614110.9540.96799.92910.144
4.231-4.4870.19670.15212820.15413490.9580.9671000.143
4.487-4.7960.181630.1611960.16112590.9610.9621000.148
4.796-5.1790.235600.18711240.18911840.9340.9521000.175
5.179-5.6710.209540.2110340.2110880.9430.9421000.194
5.671-6.3370.269500.2239470.2259970.9260.9321000.205
6.337-7.3110.19450.1958550.1959010.9520.95899.8890.185
7.311-8.9380.168390.1847400.1837790.9650.9631000.178
8.938-12.5740.181310.1965890.1956200.9680.9591000.199
12.574-86.6840.325200.3493760.3483970.8960.89599.74810.348

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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