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- PDB-6t30: Streptavidin variants harbouring an artificial organocatalyst bas... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6t30
タイトルStreptavidin variants harbouring an artificial organocatalyst based cofactor
要素Streptavidinストレプトアビジン
キーワードBiotin-binding protein / artificial cofactor / streptavidin (ストレプトアビジン) / catalyst
機能・相同性
機能・相同性情報


biotin binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Avidin-like, conserved site / Avidin-like domain signature. / アビジン / Avidin/streptavidin / Avidin-like superfamily / Avidin family / Avidin-like domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-HL9 / ストレプトアビジン
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces avidinii (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Lechner, H. / Hocker, B.
資金援助 オーストリア, 1件
組織認可番号国
Austrian Science FundJ 3994 オーストリア
引用ジャーナル: Chembiochem / 年: 2021
タイトル: An Artificial Cofactor Catalyzing the Baylis-Hillman Reaction with Designed Streptavidin as Protein Host*.
著者: Lechner, H. / Emann, V.R. / Breuning, M. / Hocker, B.
履歴
登録2019年10月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年11月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年5月5日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22021年5月12日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32024年1月24日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Streptavidin
A: Streptavidin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,9958
ポリマ－32,9102
非ポリマー1,0856
水2,054114
1
B: Streptavidin
A: Streptavidin
ヘテロ分子

B: Streptavidin
A: Streptavidin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,99016
ポリマ－65,8204
非ポリマー2,17112
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_554-x,-x+y,-z-1/31
Buried area10290 Å2
ΔGint-44 kcal/mol
Surface area19590 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)55.132, 55.132, 131.209
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Space group name HallP322"
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x-y,z+2/3
#3: -x+y,-x,z+1/3
#4: x-y,-y,-z+1/3
#5: -x,-x+y,-z+2/3
#6: y,x,-z
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-311-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Streptavidin / ストレプトアビジン


分子量: 16454.887 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces avidinii (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P22629
#2: 化合物 ChemComp-HL9 / 5-[(3~{a}~{S},4~{S},6~{a}~{R})-2-oxidanylidene-1,3,3~{a},4,6,6~{a}-hexahydrothieno[3,4-d]imidazol-4-yl]-~{N}-(1-pyridin-4-ylpiperidin-4-yl)pentanamide


分子量: 403.542 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H29N5O2S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール


分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 114 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 29.68 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.2M di-Sodium hydrogen phosphate 20% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年4月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→47.75 Å / Num. obs: 21936 / % possible obs: 98.89 % / 冗長度: 10.9 % / Biso Wilson estimate: 38.93 Å2 / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 17.36
反射 シェル解像度: 1.8→1.865 Å / Num. unique obs: 2112 / CC1/2: 0.366

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Cootモデル構築
PHENIX1.16_3549精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6t1e

6t1e


解像度: 1.8→47.75 Å / SU ML: 0.2301 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 27.5861
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2297 1094 4.99 %
Rwork0.1863 --
obs0.1885 21916 98.89 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 50.28 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→47.75 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1838 0 74 114 2026
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01411967
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.27372681
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0837291
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0078338
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.21211232
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8-1.880.38641320.36462494X-RAY DIFFRACTION97.84
1.88-1.980.3111340.28022563X-RAY DIFFRACTION98.29
1.98-2.110.25691330.23682554X-RAY DIFFRACTION98.64
2.11-2.270.25061340.20142552X-RAY DIFFRACTION98.53
2.27-2.50.29461380.20382603X-RAY DIFFRACTION99.35
2.5-2.860.24991360.19422611X-RAY DIFFRACTION99.31
2.86-3.60.21291390.17642648X-RAY DIFFRACTION99.82
3.6-47.750.20351480.16562797X-RAY DIFFRACTION99.29
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 3.68936016905 Å / Origin y: -7.67456813277 Å / Origin z: -14.283079717 Å
111213212223313233
T0.311557142439 Å20.0753884247952 Å2-0.00160615969564 Å2-0.233328829656 Å20.0229270861393 Å2--0.217374103256 Å2
L1.39955277986 °2-0.036934787715 °2-0.154631225943 °2-1.58543113606 °2-0.0594050984715 °2--2.65875583489 °2
S-0.0552901722987 Å °-0.228198942607 Å °-0.198435341923 Å °0.0920069983448 Å °-0.00877210965107 Å °-0.080069805946 Å °0.148013959838 Å °0.0628791089715 Å °0.0113323545634 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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