PDB-6sa9: Endogenous Retrovirus HML2 Capsid NTD

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6sa9

タイトル

Endogenous Retrovirus HML2 Capsid NTD

要素

Endogenous retrovirus group K member 9 Pol protein

キーワード

VIRUS LIKE PARTICLE (ウイルス様粒子) / HML2 HERV-K Endogenous Retrovirus Capsid CA

機能・相同性

機能・相同性情報

human endogenous retrovirus K endopeptidase /

リボヌクレアーゼH / viral process /

逆転写酵素 /

RNA-directed DNA polymerase activity / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity /

DNAポリメラーゼ / aspartic-type endopeptidase activity /

DNA-directed DNA polymerase activity / structural molecule activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Goldstone, D.C. / Ball, N.J. / Taylor, I.A.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2019
タイトル: Structural basis for Fullerene geometry in a human endogenous retrovirus capsid.
著者: Oliver Acton / Tim Grant / Giuseppe Nicastro / Neil J Ball / David C Goldstone / Laura E Robertson / Kasim Sader / Andrea Nans / Andres Ramos / Jonathan P Stoye / Ian A Taylor / Peter B Rosenthal /

要旨: The HML2 (HERV-K) group constitutes the most recently acquired family of human endogenous retroviruses, with many proviruses less than one million years old. Many maintain intact open reading frames ...

履歴

登録	2019年7月16日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年1月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6sa9.cif.gz	131.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6sa9.ent.gz	107.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6sa9.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sa/6sa9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sa/6sa9	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	10295C 10296C 10297C 10298C 6saiC 6ssjC 6sskC 6sslC 6ssmC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4aam-d 5omj-d 5twy-1 4w4i-d 2z1d-1 3ln8-d 3ljd-d 4bl1-d 3hj8-d 1jkw-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#259 - 2021年7月人工設計タンパク質と市民科学 (Designed Proteins and Citizen Science) 類似性 (11) #135 - 2011年3月インテグラーゼ (Integrase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Endogenous retrovirus group K member 9 Pol protein

B: Endogenous retrovirus group K member 9 Pol protein

ヘテロ分子

37.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: equilibrium centrifugation

単位格子

Length a, b, c (Å)	42.387, 98.920, 76.508
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 94.370, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-402- HOH
2	1	B-257- HOH

#1: タンパク質	Endogenous retrovirus group K member 9 Pol protein / HERV-K(C6) Gag-Pol protein / HERV-K109 Gag-Pol protein / HERV-K_6q14.1 provirus ancestral Gag-Pol polyprotein 分子量: 18660.223 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ERVK-9 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P63128, human endogenous retrovirus K endopeptidase, 逆転写酵素, DNAポリメラーゼ, リボヌクレアーゼH
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 310 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.54 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.65 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法詳細: 0.2 M Sodium Acetate Trihydrate, 0.1 M Tris Hydrochloride and 15% (w/v) PEG 4000

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

回転陽極 / タイプ: RIGAKU R-AXIS IV / 波長: 1.5418 Å

検出器

タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2009年3月6日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.5418 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.8→35 Å / Num. obs: 26836 / % possible obs: 92.2 % / 冗長度: 7.1 % / B_iso Wilson estimate: 21.38 Å² / R_merge(I) obs: 0.05 / Χ²: 1.154 / Net I/σ(I): 27.1 / Num. measured all: 191173

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
1.8-1.86	6.5	0.245	2066	1.187	1	71.4
1.86-1.94	7	0.195	2655	1.192	1	91.1
1.94-2.03	7.2	0.138	2643	1.185	1	91.9
2.03-2.13	7.2	0.105	2704	1.176	1	92.7
2.13-2.27	7.2	0.086	2690	1.171	1	93.2
2.27-2.44	7.2	0.07	2777	1.118	1	94.4
2.44-2.69	7.2	0.058	2757	1.094	1	95.1
2.69-3.08	7.2	0.05	2795	1.26	1	96.1
3.08-3.88	7.2	0.041	2845	1.16	1	97.3
3.88-35	7.1	0.034	2904	1.015	1	98.2

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

R_factor: 47.31 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO

	最高解像度	最低解像度
Rotation	2.5 Å	24.93 Å
Translation	2.5 Å	24.93 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER	2.1.4	位相決定
PHENIX	(phenix.refine)	精密化
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.8→24.73 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 18.26

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1951	1367	5.1 %
R_work	0.157	-	-
obs	0.1589	26828	92.16 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / B_sol: 58.685 Å² / k_sol: 0.358 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso max: 95.65 Å² / B_iso mean: 26.71 Å² / B_iso min: 3.39 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.9975 Å²	-0 Å²	-6.1927 Å²
2-	-	3.3661 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-1.7435 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.8→24.73 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2177	0	6	310	2493
B_iso mean	-	-	41.25	39.37	-
残基数	-	-	-	-	269

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	2355
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.977	3212
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.067	343
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	416
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.603	918

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
1.8-1.8643	0.2232	102	0.1673	1964	71
1.8643-1.9389	0.2216	141	0.1548	2511	91
1.9389-2.0271	0.2119	128	0.1473	2517	92
2.0271-2.134	0.2134	131	0.1464	2573	93
2.134-2.2676	0.1916	145	0.1548	2536	93
2.2676-2.4425	0.2011	148	0.1572	2635	94
2.4425-2.688	0.1904	137	0.1536	2621	95
2.688-3.0764	0.2205	143	0.1558	2651	96
3.0764-3.8735	0.1738	147	0.1414	2694	97
3.8735-24.73	0.1673	145	0.1572	2759	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.3696	-0.3552	-0.095	-0.8869	0.4674	0.5508	0.1711	0.0303	0.008	-0.2329	-0.133	-0.1309	-0.3203	-0.001	-0.0406	0.4047	0.0192	0.0074	0.1302	0.0321	0.2124	17.3189	-0.3113	10.7356
2	0.6876	0.4941	0.2583	1.1749	0.2153	0.5969	0.0469	-0.0411	0.0749	-0.2436	-0.0364	0.2972	-0.2277	0.0376	0.0009	0.1387	-0.0312	-0.0065	0.0233	-0.02	0.0699	23.7452	0.6382	25.9358
3	0.0735	0.0262	-0.0739	0.0035	-0.0318	0.1167	-0.0221	-0.0772	-0.0243	-0.0086	0.0094	-0.0072	-0.0421	0.2343	0.0089	0.2423	0.0041	0.0812	0.2571	0.022	0.1641	18.7826	-4.433	33.4059
4	0.2486	0.0747	0.0154	-1.0135	0.0848	0.2346	0.0308	0.0029	0.1344	-0.0114	0.0168	-0.012	-0.1713	-0.0259	-0.0503	0.2162	0.0219	0.0821	0.073	0.0126	0.1789	14.6169	-5.9016	18.995
5	0.6071	0.4655	0.3977	0.3222	0.4927	0.3551	0.0481	-0.0159	-0.1164	0.0854	0.0733	-0.0683	-0.0537	-0.0213	-0.1004	0.1489	0.0056	0.0529	0.0634	0.0123	0.1589	20.4144	-17.3521	23.2444
6	0.6692	-0.0951	0.9593	0.5505	-0.8364	2.3363	0.0718	-0.0503	-0.4023	-0.0261	0.2128	0.0786	-0.0159	-0.1727	-0.2819	0.1081	-0.026	0.0484	0.1289	0.0148	0.2787	4.3144	-26.15	12.3889
7	0.0067	-0.0089	-0.0014	0.0282	0.0055	0.0069	-0.0099	0.0035	-0.0154	-0.0141	0.0227	0.0224	-0.0219	-0.011	0.002	0.0334	0.0285	0.1006	-0.0478	-0.0075	0.0182	14.1896	-15.0268	11.9219
8	-3.2474	0.1719	2.8994	-0.5992	0.7399	-1.1778	0.3122	0.213	0.0292	-0.0926	-0.2099	-0.0191	0.6397	0.0609	-0.1056	0.3982	0.0167	0.007	0.4275	-0.0168	0.2694	19.6465	-15.3028	33.6615
9	1.3159	-1.2376	1.092	0.9909	0.7419	0.3837	0.2745	0.2255	-0.0919	-0.0527	-0.0522	0.1669	-0.3663	0.1199	-0.2248	0.2555	0.0459	0.0437	0.125	-0.0161	0.1212	4.0462	3.5754	8.7729
10	0.0388	-0.2811	0.2716	0.6529	0.3587	-0.4686	-0.0413	-0.014	-0.0791	0.0416	0.0605	0.0007	-0.1016	-0.006	-0.011	0.2379	0.0136	0.1071	0.0726	0.0436	0.1279	4.5974	2.2777	26.8739
11	0.608	0.4189	-0.4277	-0.3258	-0.3881	0.4931	-0.0917	-0.0365	-0.0593	-0.072	0.0208	-0.0041	0.1487	0.0213	0.0637	0.3415	0.0401	0.0462	0.1523	0.0323	0.1893	11.369	6.5978	32.1248
12	-0.0222	0.0374	-0.0364	0.0142	0.0944	0.0893	-0.0138	-0.0186	0.0308	0.1159	0.0712	-0.0281	0.0106	0.0233	-0.0484	0.1771	0.0434	0.032	0.0766	-0.0204	0.1834	9.0078	9.143	16.8106
13	0.0736	-0.0329	-0.0841	-0.0197	0.1749	0.1848	-0.0599	-0.0446	0.043	0.1276	0.0591	-0.0111	0.1404	0.0457	0.0078	0.1856	0.024	0.0534	0.0947	-0.0245	0.1601	5.2842	20.426	24.0772
14	3.4277	2.6605	1.755	2.401	-0.1307	2.4917	-0.078	0.343	0.2362	0.0216	0.1987	0.3035	-0.2022	0.2962	-0.1168	0.171	-0.0649	0.0557	0.197	0.0192	0.1934	14.769	30.9676	7.6402
15	0.0376	0.0264	-0.0131	0.0078	0.0367	0.0618	-0.0183	0.0042	0.0262	0.0133	0.0505	-0.032	0.0175	0.0354	-0.0194	0.0285	0.0415	0.0754	-0.0208	-0.041	0.0541	6.1143	18.7726	10.4626
16	-0.4115	0.7473	1.4792	0.3634	-0.9525	1.5339	-0.1076	-0.0633	-0.0103	0.3207	0.1504	0.0467	0.2404	0.4796	-0.0444	0.3346	0.0443	0.0497	0.2412	-0.0285	0.1693	12.895	18.3099	29.2137

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 1:31)	A	1 - 31
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 32:38)	A	32 - 38
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 39:51)	A	39 - 51
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resid 52:70)	A	52 - 70
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain A and resid 71:96)	A	71 - 96
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain A and resid 97:107)	A	97 - 107
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain A and resid 108:145)	A	108 - 145
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain A and resid 146:152)	A	146 - 152
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(chain B and resid 1:31)	B	1 - 31
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(chain B and resid 32:38)	B	32 - 38
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(chain B and resid 39:51)	B	39 - 51
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(chain B and resid 52:70)	B	52 - 70
13	X-RAY DIFFRACTION	13	(chain B and resid 71:96)	B	71 - 96
14	X-RAY DIFFRACTION	14	(chain B and resid 97:107)	B	97 - 107
15	X-RAY DIFFRACTION	15	(chain B and resid 108:145)	B	108 - 145
16	X-RAY DIFFRACTION	16	(chain B and resid 146:152)	B	146 - 152

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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