PDB-6ra9: Novel structural features and post-translational modifications in...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6ra9

タイトル

Novel structural features and post-translational modifications in eukaryotic elongation factor 1A2 from Oryctolagus cuniculus

要素

(Elongation factor 1-alpha ...) x 2

キーワード

TRANSLATION (翻訳 (生物学)) /

Moonlighting protein (蛋白質の副次機能) /

RNA binding protein (RNA結合タンパク質) /

posttranslational modifications (翻訳後修飾) /

protein binding (タンパク質) /

oncoprotein (がん遺伝子)

機能・相同性

機能・相同性情報

translation elongation factor activity /

GTPase activity / GTP binding /

細胞核
類似検索 - 分子機能

生物種

Oryctolagus cuniculus (ウサギ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.7 Å

データ登録者

Carriles, A.A. / Hermoso, J. / Gago, F.

資金援助

スペイン, 1件

引用

ジャーナル: Chembiochem / 年: 2021
タイトル: Structural Cues for Understanding eEF1A2 Moonlighting.
著者: Carriles, A.A. / Mills, A. / Munoz-Alonso, M.J. / Gutierrez, D. / Dominguez, J.M. / Hermoso, J.A. / Gago, F.

履歴

登録	2019年4月5日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年6月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年4月7日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.2	2024年1月24日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6ra9.cif.gz	443.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6ra9.ent.gz	306.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6ra9.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ra/6ra9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ra/6ra9	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	4c0sS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4c0s-d 5vh4-d 5xp8-d 1kp5-3 6nb5-d 1uiv-d 6vav-d 4bo4-d 6vc4-d 3o78-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
実験データセット #1	データ参照: 10.1093/nar/gku974 / データの種類: other data

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#81 - 2006年9月伸長因子 (Elongation Factors) 類似性 (10) #121 - 2010年1月 70Sリボソーム (70S Ribosomes) 類似性 (10) #157 - 2013年1月転移伝令RNA (Transfer-Messenger RNA) 類似性 (10) #104 - 2008年8月セレノシステイン合成酵素 (Selenocysteine Synthase) 類似性 (6) #245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (5)

登録構造単位

A: Elongation factor 1-alpha 2

B: Elongation factor 1-alpha 2

ヘテロ分子

103 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: mass spectrometry

単位格子

Length a, b, c (Å)	133.520, 133.520, 305.440
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	178
Space group name H-M	P6₁22
Space group name Hall	P6₁2(x,y,z+5/12)

-
Elongation factor 1-alpha ... , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Elongation factor 1-alpha 2 / EF-1-alpha-2 / Eukaryotic elongation factor 1 A-2 / eEF1A-2 / Statin-S1 分子量: 49768.020 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: Q71V39
#2: タンパク質	Elongation factor 1-alpha 2 / EF-1-alpha-2 / Eukaryotic elongation factor 1 A-2 / eEF1A-2 / Statin-S1 分子量: 50415.898 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: Q71V39

-
非ポリマー , 5種, 139分子

#3: 化合物	ChemComp-GPE / L-ALPHA-GLYCEROPHOSPHORYLETHANOLAMINE / プラスメニルエタノ-ルアミン分子量: 215.142 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₁₄NO₆P
#4: 化合物	ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP / グアノシン二リン酸タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₁P₂ / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#5: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン分子量: 92.094 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#6: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩分子量: 96.063 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#7: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 117 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.92 Å³/Da / 溶媒含有率: 68.6 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 50 mM Na citrate pH 5/MES pH 5.6, 2.2-2.6 M ammonium sulphate, 10 mM Mg acetate

-
データ収集

回折

平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ALBA

/ ビームライン: XALOC / 波長: 0.97926 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年11月17日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97926 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.7→61.17 Å / Num. obs: 83606 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13 % / B_iso Wilson estimate: 60.78 Å² / CC_1/2: 0.995 / R_merge(I) obs: 0.12 / R_pim(I) all: 0.034 / R_rim(I) all: 0.125 / Net I/σ(I): 12.3

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	% possible all
2.7-2.79	11.2	1.069	4339	0.84	0.32	1.118	100
2.7-2.797	12.3	0.052	941	0.984	0.016	0.055	99.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.17.1_3660	精密化
PHENIX	1.17.1_3660	精密化
MOSFLM		データ削減
Aimless		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4C0S

4c0s

解像度: 2.7→57.82 Å / SU ML: 0.4198 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.91 / 位相誤差: 24.302
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2241	4337	5.19 %	RANDOM
R_work	0.1788	79269	-	-
obs	0.1811	83606	99.91 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 78.08 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.7→57.82 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6936	0	55	117	7108

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0027	7132
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.6347	9698
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0474	1090
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0048	1231
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	20.193	2561

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.7-2.73	0.365	152	0.3287	2659	X-RAY DIFFRACTION	99.65
2.73-2.76	0.4016	139	0.3326	2615	X-RAY DIFFRACTION	99.75
2.76-2.8	0.3842	136	0.3193	2671	X-RAY DIFFRACTION	99.72
2.8-2.83	0.3135	155	0.3044	2633	X-RAY DIFFRACTION	100
2.83-2.87	0.345	107	0.2974	2650	X-RAY DIFFRACTION	99.75
2.87-2.91	0.3114	164	0.3015	2634	X-RAY DIFFRACTION	99.86
2.91-2.95	0.3473	150	0.2792	2635	X-RAY DIFFRACTION	99.79
2.95-2.99	0.2674	143	0.2595	2630	X-RAY DIFFRACTION	99.78
2.99-3.04	0.3295	128	0.2635	2675	X-RAY DIFFRACTION	99.96
3.04-3.09	0.2775	174	0.2506	2616	X-RAY DIFFRACTION	99.86
3.09-3.14	0.2935	148	0.252	2609	X-RAY DIFFRACTION	99.96
3.14-3.2	0.3124	153	0.2434	2637	X-RAY DIFFRACTION	99.93
3.2-3.26	0.3062	136	0.2367	2659	X-RAY DIFFRACTION	99.89
3.26-3.33	0.27	145	0.2322	2641	X-RAY DIFFRACTION	99.96
3.33-3.4	0.2855	155	0.2125	2649	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4-3.48	0.2455	130	0.1804	2629	X-RAY DIFFRACTION	100
3.48-3.57	0.1794	154	0.1744	2635	X-RAY DIFFRACTION	99.89
3.57-3.66	0.1716	138	0.1555	2641	X-RAY DIFFRACTION	99.96
3.66-3.77	0.1774	146	0.1543	2660	X-RAY DIFFRACTION	99.96
3.77-3.89	0.1856	120	0.1523	2655	X-RAY DIFFRACTION	100
3.89-4.03	0.1798	142	0.143	2661	X-RAY DIFFRACTION	100
4.03-4.19	0.1832	190	0.1263	2597	X-RAY DIFFRACTION	99.96
4.19-4.39	0.1908	166	0.1287	2606	X-RAY DIFFRACTION	100
4.39-4.62	0.1825	142	0.1218	2681	X-RAY DIFFRACTION	100
4.62-4.9	0.1517	138	0.117	2644	X-RAY DIFFRACTION	100
4.91-5.28	0.2046	149	0.1354	2614	X-RAY DIFFRACTION	100
5.28-5.81	0.189	145	0.156	2661	X-RAY DIFFRACTION	100
5.82-6.65	0.2212	144	0.1664	2645	X-RAY DIFFRACTION	100
6.66-8.38	0.2082	131	0.1797	2649	X-RAY DIFFRACTION	100
8.38-57.82	0.226	117	0.1736	2678	X-RAY DIFFRACTION	99.75

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	7.35616850523	-1.18138535738	2.34218169469	2.18916458553	1.00921310221	6.53657293694	-0.0816461168562	-0.0763722048532	-0.0239144181995	-0.36955483085	-0.0205138244316	0.386822805744	0.210288032432	-0.727883106406	0.0583690774138	0.793922233178	-0.193440575078	0.102034357388	0.375013483187	-0.067261826755	0.535358519887	47.2869619341	3.27568941236	-35.898606812
2	4.13866361248	-0.20382706199	1.98218165008	8.9859502716	1.15217301338	4.2571982778	-0.0992629803635	0.132981822322	0.248213481598	-0.0802343089913	0.0608266077664	-0.784849223984	0.313222067456	0.157716089258	0.0328886554497	0.624789488378	-0.0486661108078	0.0680362993307	0.289803046905	0.0273431681894	0.4354112308	63.5206523572	2.66447536173	-33.2314901593
3	4.63438158814	0.675657572412	1.61798371804	4.8691569039	0.471158072263	3.00275893996	-0.137500261089	-0.284310221027	-0.275119479427	0.453388637753	0.143606278511	-0.173083038338	1.1601380916	0.0313578741824	-0.013810279906	1.08654366942	-0.0246354980075	0.0919648622863	0.373211117276	-0.0161417343618	0.472696175731	62.1560306601	-9.47152718781	-28.0120542423
4	3.57931414517	-1.16013757579	-0.843608812117	2.59047684832	4.10988782897	8.18002514954	-0.255663939022	-0.161075010028	-0.128018964178	1.6257829503	0.136499531264	0.503384358446	0.622926746596	-0.811220953236	0.0946735850041	0.744930655127	0.00849379477647	0.0450313953407	0.406482455561	0.0383499016923	0.531329149899	56.1466344137	21.904343652	-0.0889146708292
5	5.91981781608	0.782393775786	-2.77630334115	8.20502099356	0.352751343283	7.04711656645	-0.403563435092	-0.0202252261986	-0.241962393112	1.2012492821	0.458408834776	0.521047127201	0.783012807733	-0.952460024276	-0.0300335922028	0.989706104055	-0.0469752623767	0.0511060875125	0.580432957247	0.0776637979355	0.384505961707	55.5433266445	17.8367574888	5.02819487333
6	9.03163924809	-2.32768668119	-2.82154911203	7.56587748564	-0.259688667864	4.18426616712	0.189584278129	-0.701659583667	-0.172376223671	1.37704454119	0.0276840137615	-0.579609764253	0.472870353178	0.50421778018	-0.127117770004	0.793067347365	0.0341055795599	-0.137126513669	0.451903174393	-0.0153083291616	0.450946788364	63.3929382449	22.7862637535	2.08474886835
7	4.77828325353	0.681286575431	-1.79161387148	4.76573615738	3.10618112601	9.36446826213	-0.194652256655	0.230613892606	-0.109231461902	-0.761812375388	0.280737376061	-0.728764797803	-0.44926154166	0.466729791022	-0.0702292876333	0.581802683315	-0.0105474521278	0.08826643944	0.301105533581	0.0465544338817	0.524718578133	69.7885689562	23.6413504035	-25.7158270652
8	4.98420565683	0.0935643885456	-2.69307364811	4.7279432053	1.4967128295	3.94215884135	0.103442817076	-0.540762637248	-0.167060325625	0.400282697163	-0.0807286760632	-0.556990836739	0.236921668615	0.581173634094	0.00153167868133	0.458407108051	-0.0434332589336	-0.0445271315402	0.366856993998	-0.0208165695007	0.505895926157	68.1435483282	22.0489407226	-16.714110482
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精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 5 through 92 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 93 through 163 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 164 through 240 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 241 through 269 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 270 through 306 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 307 through 336 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 337 through 389 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 390 through 454 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 4 through 48 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 49 through 92 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 93 through 222 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 223 through 249 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 250 through 346 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 347 through 389 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 390 through 461 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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