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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6qqc | ||||||
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タイトル | Cryogenic temperature structure of Hen Egg White Lysozyme recorded after an accumulated dose of 110 kGy | ||||||
要素 | Lysozyme C | ||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / Lysozyme (リゾチーム) / disulphide bonds (ジスルフィド) / radiation damage | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 抗微生物ペプチド / Neutrophil degranulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell wall macromolecule catabolic process / リゾチーム / lysozyme activity / killing of cells of another organism / defense response to Gram-negative bacterium / defense response to Gram-positive bacterium / defense response to bacterium ...抗微生物ペプチド / Neutrophil degranulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell wall macromolecule catabolic process / リゾチーム / lysozyme activity / killing of cells of another organism / defense response to Gram-negative bacterium / defense response to Gram-positive bacterium / defense response to bacterium / 小胞体 / extracellular space / identical protein binding / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Gallus gallus (ニワトリ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.42 Å | ||||||
データ登録者 | Gotthard, G. / Aumonier, S. / Royant, A. | ||||||
引用 | ジャーナル: Iucrj / 年: 2019 タイトル: Specific radiation damage is a lesser concern at room temperature. 著者: Gotthard, G. / Aumonier, S. / De Sanctis, D. / Leonard, G. / von Stetten, D. / Royant, A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6qqc.cif.gz | 40.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6qqc.ent.gz | 30.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6qqc.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qq/6qqc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qq/6qqc | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 14331.160 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / 遺伝子: LYZ / 発現宿主: Gallus gallus (ニワトリ) / 参照: UniProt: P00698, リゾチーム | ||
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#2: 化合物 | ChemComp-CL / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.86 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.8 / 詳細: 6-9% NaCl et 0.1M Na Acetate pH 4.8. |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID30B / 波長: 0.9763 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年8月28日 |
放射 | モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9763 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.42→33.49 Å / Num. obs: 20446 / % possible obs: 93.1 % / 冗長度: 6.5 % / Biso Wilson estimate: 23.149 Å2 / CC1/2: 1 / Net I/σ(I): 17.49 |
反射 シェル | 解像度: 1.42→1.46 Å / 冗長度: 6.8 % / Mean I/σ(I) obs: 1.99 / Num. unique obs: 1472 / CC1/2: 0.703 / % possible all: 92.5 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.42→33.49 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.972 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.96 / SU B: 1.34 / SU ML: 0.051 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.071 / ESU R Free: 0.075 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 22.289 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 1.42→33.49 Å
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拘束条件 |
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