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万見
- PDB-6qoz: CryoEM reconstruction of Cowpea Mosaic Virus (CPMV) bound to an A... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6qoz
タイトルCryoEM reconstruction of Cowpea Mosaic Virus (CPMV) bound to an Affimer reagent
要素
  • Affimer binding protein
  • Cowpea mosaic virus large subunit
  • RNA2 polyprotein
キーワードVIRUS (ウイルス) / CPMV / COMOVIRIDAE / PICORNAVIRALES (ピコルナウイルス目) / AFFIMEr REAGENT / antibody-like (抗体)
機能・相同性
機能・相同性情報


transport of virus in host, cell to cell / host cell plasmodesma / T=3 icosahedral viral capsid / host cell nucleus / GTP binding / structural molecule activity / DNA binding / RNA binding
類似検索 - 分子機能
Large coat protein / RNA2 polyprotein / Large coat protein / Small coat protein / Jelly Rolls - #20 / Viral coat protein subunit / Jelly Rolls / サンドイッチ / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Cowpea mosaic virus (ササゲモザイクウイルス)
synthetic construct (人工物)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Hesketh, E.L. / Tiede, C. / Adamson, H. / Adams, T.L. / Byrne, M.J. / Meshcheriakova, Y. / Lomonossoff, G.P. / Kruse, I. / McPherson, M.J. / Tomlinson, D.C. / Ranson, N.A.
資金援助 英国, 3件
組織認可番号国
Biotechnology and Biological Sciences Research CouncilBB/L021250/1 英国
Biotechnology and Biological Sciences Research CouncilBB/R00160X/1 英国
Wellcome Trust090932/Z/09/Z 英国
引用
ジャーナル: Sci Rep / 年: 2019
タイトル: Affimer reagents as tools in diagnosing plant virus diseases.
著者: Emma L Hesketh / Christian Tiede / Hope Adamson / Thomas L Adams / Matthew J Byrne / Yulia Meshcheriakova / Inga Kruse / Michael J McPherson / George P Lomonossoff / Darren C Tomlinson / Neil A Ranson /
要旨: Plant viruses can cause devastating losses to agriculture and are therefore a major threat to food security. The rapid identification of virally-infected crops allowing containment is essential to ...Plant viruses can cause devastating losses to agriculture and are therefore a major threat to food security. The rapid identification of virally-infected crops allowing containment is essential to limit such threats, but plant viral diseases can be extremely challenging to diagnose. An ideal method for plant virus diagnosis would be a device which can be implemented easily in the field. Such devices require a binding reagent that is specific for the virus of interest. We chose to investigate the use of Affimer reagents, artificial binding proteins and a model plant virus Cowpea Mosaic virus (CPMV) empty virus like particles (eVLPs). CPMV-eVLP mimic the morphology of wild-type (WT) CPMV but lack any infectious genomic material and so do not have biocontainment issues. We have produced and purified an Affimer reagent selected for its ability to bind to CPMV-eVLP and have shown that the selected Affimer also specifically binds to WT CPMV. We have produced a 3.4 Å structure of WT CPMV bound to the Affimer using cryo-electron microscopy. Finally, we have shown that this Affimer is capable of reliably detecting the virus in crude extracts of CPMV-infected leaves and can therefore form the basis for the future development of diagnostic tests.
#1: ジャーナル: Nat Commun / 年: 2015
タイトル: Mechanisms of assembly and genome packaging in an RNA virus revealed by high-resolution cryo-EM.
著者: Emma L Hesketh / Yulia Meshcheriakova / Kyle C Dent / Pooja Saxena / Rebecca F Thompson / Joseph J Cockburn / George P Lomonossoff / Neil A Ranson /
要旨: Cowpea mosaic virus is a plant-infecting member of the Picornavirales and is of major interest in the development of biotechnology applications. Despite the availability of >100 crystal structures of ...Cowpea mosaic virus is a plant-infecting member of the Picornavirales and is of major interest in the development of biotechnology applications. Despite the availability of >100 crystal structures of Picornavirales capsids, relatively little is known about the mechanisms of capsid assembly and genome encapsidation. Here we have determined cryo-electron microscopy reconstructions for the wild-type virus and an empty virus-like particle, to 3.4 Å and 3.0 Å resolution, respectively, and built de novo atomic models of their capsids. These new structures reveal the C-terminal region of the small coat protein subunit, which is essential for virus assembly and which was missing from previously determined crystal structures, as well as residues that bind to the viral genome. These observations allow us to develop a new model for genome encapsidation and capsid assembly.
履歴
登録2019年2月13日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年12月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月15日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_3d_fitting_list / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-4610
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-4610
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RNA2 polyprotein
B: Cowpea mosaic virus large subunit
D: RNA2 polyprotein
E: Cowpea mosaic virus large subunit
F: RNA2 polyprotein
G: Cowpea mosaic virus large subunit
H: RNA2 polyprotein
I: Cowpea mosaic virus large subunit
C: Affimer binding protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)256,5679
ポリマ－256,5679
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: ELISA
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area35970 Å2
ΔGint-197 kcal/mol
Surface area82100 Å2
手法PISA

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要素

#1: タンパク質
RNA2 polyprotein / Genome polyprotein M / M RNA polyprotein / Middle component RNA polyprotein / P2


分子量: 20961.564 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Cowpea mosaic virus (ササゲモザイクウイルス)
株: SB
発現宿主: Nicotiana benthamiana (ベンサミアナタバコ)
参照: UniProt: P03599
#2: タンパク質
Cowpea mosaic virus large subunit / / Genome polyprotein M / P2


分子量: 40858.434 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Cowpea mosaic virus (ササゲモザイクウイルス)
株: SB
発現宿主: Nicotiana benthamiana (ベンサミアナタバコ)
参照: UniProt: P03599
#3: タンパク質 Affimer binding protein


分子量: 9286.674 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来
1Cowpea mosaic virusCOMPLEXall0MULTIPLE SOURCES
2Cowpea mosaic virusVIRUS#1-#21RECOMBINANT
3AffimerCOMPLEX#31RECOMBINANT
分子量実験値: NO
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
22Cowpea mosaic virus (ササゲモザイクウイルス)12264
33synthetic construct (人工物)32630
由来(組換発現)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
12Nicotiana benthamiana (ベンサミアナタバコ)4100
23Escherichia coli (大腸菌)562
ウイルスについての詳細中空か: NO / エンベロープを持つか: NO / 単離: SPECIES / タイプ: VIRION
天然宿主生物種: Cowpea mosaic virus
緩衝液pH: 7
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 400 divisions/in.
急速凍結装置: LEICA EM GP / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 95 % / 凍結前の試料温度: 281 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 70 µm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 2 sec. / 電子線照射量: 45 e/Å2 / 検出モード: INTEGRATING
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 2980

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解析

EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
2EPU画像取得
4GctfCTF補正
7UCSF Chimeraモデルフィッティング
9RELION初期オイラー角割当
10RELION最終オイラー角割当
11RELION分類
12RELION３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 144258
対称性点対称性: I (正20面体型対称)
3次元再構成解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 15441 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL
原子モデル構築
IDPDB-ID 3D fitting-IDAccession codeInitial refinement model-IDSource nameタイプ
14N6U

4n6u

14N6U1PDBexperimental model
25A32

5a32

15A322PDBexperimental model

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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