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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6qnt | ||||||
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タイトル | Human Adenovirus type 3 fiber knob in complex with one copy of Desmoglein-2 | ||||||
要素 |
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キーワード | VIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) / virus receptor / adenovirus (アデノウイルス) / vector (ベクター) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Purkinje myocyte development / bundle of His cell-Purkinje myocyte adhesion involved in cell communication / cell adhesive protein binding involved in bundle of His cell-Purkinje myocyte communication / desmosome organization / ケラチン / 接着斑 / Formation of the cornified envelope / cornified envelope / regulation of ventricular cardiac muscle cell action potential / Apoptotic cleavage of cell adhesion proteins ...Purkinje myocyte development / bundle of His cell-Purkinje myocyte adhesion involved in cell communication / cell adhesive protein binding involved in bundle of His cell-Purkinje myocyte communication / desmosome organization / ケラチン / 接着斑 / Formation of the cornified envelope / cornified envelope / regulation of ventricular cardiac muscle cell action potential / Apoptotic cleavage of cell adhesion proteins / adhesion receptor-mediated virion attachment to host cell / homophilic cell adhesion via plasma membrane adhesion molecules / regulation of heart rate by cardiac conduction / RHOG GTPase cycle / 介在板 / maternal process involved in female pregnancy / lateral plasma membrane / RAC3 GTPase cycle / RAC2 GTPase cycle / cell adhesion molecule binding / response to progesterone / 細胞接着 / カプシド / cell-cell junction / 細胞結合 / 細胞接着 / symbiont entry into host cell / apical plasma membrane / intracellular membrane-bounded organelle / host cell nucleus / calcium ion binding / 細胞膜 / extracellular exosome / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Human adenovirus B serotype 3 (ヒトアデノウイルス) Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å | ||||||
データ登録者 | Effantin, G. | ||||||
資金援助 | フランス, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2019 タイトル: CryoEM structure of adenovirus type 3 fibre with desmoglein 2 shows an unusual mode of receptor engagement. 著者: Emilie Vassal-Stermann / Gregory Effantin / Chloe Zubieta / Wim Burmeister / Frédéric Iseni / Hongjie Wang / André Lieber / Guy Schoehn / Pascal Fender / 要旨: Attachment of human adenovirus (HAd) to the host cell is a critical step of infection. Initial attachment occurs via the adenoviral fibre knob protein and a cellular receptor. Here we report the cryo- ...Attachment of human adenovirus (HAd) to the host cell is a critical step of infection. Initial attachment occurs via the adenoviral fibre knob protein and a cellular receptor. Here we report the cryo-electron microscopy (cryo-EM) structure of a <100 kDa non-symmetrical complex comprising the trimeric HAd type 3 fibre knob (HAd3K) and human desmoglein 2 (DSG2). The structure reveals a unique stoichiometry of 1:1 and 2:1 (DSG2: knob trimer) not previously observed for other HAd-receptor complexes. We demonstrate that mutating Asp261 in the fibre knob is sufficient to totally abolish receptor binding. These data shed new light on adenovirus infection strategies and provide insights for adenoviral vector development and structure-based design. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6qnt.cif.gz | 145.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6qnt.ent.gz | 119 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6qnt.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qn/6qnt ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qn/6qnt | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 20954.670 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Human adenovirus B serotype 3 (ヒトアデノウイルス) 遺伝子: L5 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P04501 #2: タンパク質 | | 分子量: 23268.219 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DSG2, CDHF5 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q14126 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 |
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分子量 | 値: 0.096 MDa / 実験値: YES | ||||||||||||||||||||||||
由来(天然) |
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由来(組換発現) |
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緩衝液 | pH: 8 | ||||||||||||||||||||||||
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy |
撮影 | 電子線照射量: 35 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
電子光学装置 | 位相板: VOLTA PHASE PLATE |
-解析
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION |
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対称性 | 点対称性: C1 (非対称) |
3次元再構成 | 解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 139958 / 対称性のタイプ: POINT |