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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6q8f | ||||||
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タイトル | Nterminal domain of human SMU1 | ||||||
要素 | WD40 repeat-containing protein SMU1 | ||||||
キーワード | SPLICING / Splicing factor | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 U2-type precatalytic spliceosome / precatalytic spliceosome / regulation of alternative mRNA splicing, via spliceosome / mRNA Splicing - Major Pathway / RNA splicing / mRNA splicing, via spliceosome / nuclear speck / 核質 / 細胞核 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.9 Å | ||||||
データ登録者 | Tengo, L. / Le Corre, L. / Fournier, G. / Ashraf, U. / Busca, P. / Rameix-Welti, M.-A. / Gravier-Pelletier, C. / Ruigrok, R.W.H. / Jacob, Y. / Vidalain, P.-O. ...Tengo, L. / Le Corre, L. / Fournier, G. / Ashraf, U. / Busca, P. / Rameix-Welti, M.-A. / Gravier-Pelletier, C. / Ruigrok, R.W.H. / Jacob, Y. / Vidalain, P.-O. / Pietrancosta, N. / Naffakh, N. / McCarthy, A.A. / Crepin, T. | ||||||
引用 | ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2019 タイトル: Destabilization of the human RED-SMU1 splicing complex as a basis for host-directed antiinfluenza strategy. 著者: Ashraf, U. / Tengo, L. / Le Corre, L. / Fournier, G. / Busca, P. / McCarthy, A.A. / Rameix-Welti, M.A. / Gravier-Pelletier, C. / Ruigrok, R.W.H. / Jacob, Y. / Vidalain, P.O. / Pietrancosta, N. ...著者: Ashraf, U. / Tengo, L. / Le Corre, L. / Fournier, G. / Busca, P. / McCarthy, A.A. / Rameix-Welti, M.A. / Gravier-Pelletier, C. / Ruigrok, R.W.H. / Jacob, Y. / Vidalain, P.O. / Pietrancosta, N. / Crepin, T. / Naffakh, N. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6q8f.cif.gz | 99.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6q8f.ent.gz | 75.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6q8f.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q8/6q8f ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q8/6q8f | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 57673.797 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SMU1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q2TAY7 #2: 化合物 | ChemComp-BTB / | #3: 化合物 | ChemComp-CL / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 0.1 M Bis-Tris pH 5.5, 16-20 % PEG 10K, 0.1 M ammonium acetate |
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.95373 Å |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年9月10日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.95373 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.9→40 Å / Num. obs: 31423 / % possible obs: 97.2 % / 冗長度: 5.6 % / Rrim(I) all: 0.064 / Net I/σ(I): 22.3 |
反射 シェル | 解像度: 1.9→1.95 Å / 冗長度: 3.3 % / Mean I/σ(I) obs: 2.36 / Num. unique obs: 1956 / Rrim(I) all: 0.536 / % possible all: 81.5 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.9→39.14 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.939 / SU B: 3.483 / SU ML: 0.1 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.15 / ESU R Free: 0.138 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 25.692 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 1.9→39.14 Å
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拘束条件 |
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