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- PDB-6q6h: Cryo-EM structure of the APC/C-Cdc20-Cdk2-cyclinA2-Cks2 complex, ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6q6h
タイトルCryo-EM structure of the APC/C-Cdc20-Cdk2-cyclinA2-Cks2 complex, the D2 box class
要素
  • (Anaphase-promoting complex subunit ...後期促進複合体) x 10
  • (Cell division cycle protein ...細胞周期) x 4
  • Apc1
  • Cyclin-A2
キーワードCELL CYCLE (細胞周期) / spindle assembly checkpoint / anaphase-promoting complex (後期促進複合体) / cyclin (サイクリン) / ubiquitination (ユビキチン)
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of anaphase-promoting complex-dependent catabolic process / ubiquitin ligase activator activity / regulation of mitotic cell cycle spindle assembly checkpoint / regulation of meiotic nuclear division / metaphase/anaphase transition of mitotic cell cycle / positive regulation of synapse maturation / positive regulation of mitotic metaphase/anaphase transition / 後期促進複合体 / cellular response to luteinizing hormone stimulus / cellular response to cocaine ...positive regulation of anaphase-promoting complex-dependent catabolic process / ubiquitin ligase activator activity / regulation of mitotic cell cycle spindle assembly checkpoint / regulation of meiotic nuclear division / metaphase/anaphase transition of mitotic cell cycle / positive regulation of synapse maturation / positive regulation of mitotic metaphase/anaphase transition / 後期促進複合体 / cellular response to luteinizing hormone stimulus / cellular response to cocaine / anaphase-promoting complex binding / regulation of exit from mitosis / regulation of mitotic metaphase/anaphase transition / cell cycle G1/S phase transition / protein K11-linked ubiquitination / ubiquitin-ubiquitin ligase activity / regulation of dendrite development / male pronucleus / mitotic cell cycle phase transition / female pronucleus / cullin-RING ubiquitin ligase complex / positive regulation of synaptic plasticity / cellular response to insulin-like growth factor stimulus / positive regulation of ubiquitin protein ligase activity / mitotic sister chromatid cohesion / cellular response to leptin stimulus / mitotic metaphase plate congression / response to glucagon / positive regulation of dendrite morphogenesis / cyclin-dependent protein serine/threonine kinase regulator activity / cullin family protein binding / cochlea development / cellular response to platelet-derived growth factor stimulus / mitotic spindle assembly checkpoint / condensed chromosome kinetochore / positive regulation of axon extension / regulation of DNA replication / intracellular anatomical structure / mitotic spindle assembly / cyclin A2-CDK2 complex / regulation of cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity / histone phosphorylation / regulation of mitotic cell cycle phase transition / nuclear periphery / molecular adaptor activity / cyclin-dependent protein kinase holoenzyme complex / cellular response to nitric oxide / regulation of mitotic cell cycle / 動原体 / cellular response to estradiol stimulus / animal organ regeneration / spindle / ubiquitin protein ligase activity / positive regulation of fibroblast proliferation / 紡錘体 / ubiquitin-protein transferase activity / histone deacetylase binding / anaphase-promoting complex-dependent catabolic process / cellular response to hypoxia / G2/M transition of mitotic cell cycle / mitotic cell cycle / Ras protein signal transduction / ubiquitin-dependent protein catabolic process / protein C-terminus binding / protein phosphatase binding / protein ubiquitination / 細胞周期 / protein deubiquitination / negative regulation of gene expression / 細胞分裂 / 中心体 / protein domain specific binding / 核小体 / ubiquitin protein ligase binding / positive regulation of cell population proliferation / viral process / protein kinase binding / positive regulation of transcription, DNA-templated / perinuclear region of cytoplasm / host cell nucleus / enzyme binding / protein-containing complex / 核質 / metal ion binding / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質
Zinc finger, RING-type / Anaphase-promoting complex subunit 16 / Anaphase-promoting complex subunit 4 / Anaphase-promoting complex subunit 4 long domain / Anaphase-promoting complex subunit 4, WD40 domain / Anaphase-promoting complex subunit 1 / Anaphase-promoting complex subunit 11 / Anaphase-promoting complex subunit 5 domain / Anaphase-promoting complex subunit 15 / Cyclin-A, N-terminal ...Zinc finger, RING-type / Anaphase-promoting complex subunit 16 / Anaphase-promoting complex subunit 4 / Anaphase-promoting complex subunit 4 long domain / Anaphase-promoting complex subunit 4, WD40 domain / Anaphase-promoting complex subunit 1 / Anaphase-promoting complex subunit 11 / Anaphase-promoting complex subunit 5 domain / Anaphase-promoting complex subunit 15 / Cyclin-A, N-terminal / Tetratricopeptide repeat / The WD repeat Cdc20/Fizzy family / Cullin homology domain superfamily / WD40-repeat-containing domain / WD40-repeat-containing domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Cyclin-like superfamily / WD40 repeat, conserved site / Cullin, N-terminal / サイクリン / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / Anaphase-promoting complex subunit APC10/Doc1 / Cullin homology domain / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / Anaphase-promoting complex subunit 2, C-terminal / Cyclin-like / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / Tetratricopeptide repeat-containing domain / Galactose-binding-like domain superfamily / Tetratricopeptide repeat 1 / Apc13 / Cdc23 / Cyclin, N-terminal / APC10/DOC domain / Cyclin, C-terminal domain / Anaphase-promoting complex, subunit CDC26 / WD40リピート / Anaphase-promoting complex subunit 5 / Anaphase-promoting complex subunit 4, metazoa / Anaphase-promoting complex subunit 1, C-terminal / Anaphase-promoting complex, subunit 16 / Anaphase-promoting complex, subunit 10 (APC10) / Tetratricopeptide repeat / Anaphase-promoting complex, cyclosome, subunit 3 / Tetratricopeptide repeat / Anaphase-promoting complex, cyclosome, subunit 4 / Apc13p protein / Cullin family / Anaphase promoting complex (APC) subunit 2 / Anaphase-promoting complex subunit 4 WD40 domain / Anaphase-promoting complex subunit 1 / Anaphase-promoting complex subunit 5 / WD domain, G-beta repeat / Cyclin, N-terminal domain / Cyclin, C-terminal domain / N-terminal region of cyclin_N / Anaphase-promoting complex APC subunit CDC26 / Anaphase promoting complex subunit 8 / Cdc23 / Anaphase-promoting complex subunit 15 / Tetratricopeptide repeat / Anaphase-promoting complex subunit 11 RING-H2 finger / Anaphase-promoting complex sub unit 1 C-terminal domain / Tetratricopeptide repeat / Tetratricopeptide repeat / Tetratricopeptide repeat domain / Zinc/RING finger domain, C3HC4 (zinc finger) / Herpes Virus-1 / Galactose-binding domain-like / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Αソレノイド / Jelly Rolls / サンドイッチ / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
Cell division cycle protein 20 homolog / Cell division cycle protein 16 homolog / Cyclin-A2 / Cell division cycle protein 27 homolog / Anaphase-promoting complex subunit 15 / Anaphase-promoting complex subunit 2 / Anaphase-promoting complex subunit 4 / Anaphase-promoting complex subunit 5 / Anaphase-promoting complex subunit 7 / Cell division cycle protein 23 homolog ...Cell division cycle protein 20 homolog / Cell division cycle protein 16 homolog / Cyclin-A2 / Cell division cycle protein 27 homolog / Anaphase-promoting complex subunit 15 / Anaphase-promoting complex subunit 2 / Anaphase-promoting complex subunit 4 / Anaphase-promoting complex subunit 5 / Anaphase-promoting complex subunit 7 / Cell division cycle protein 23 homolog / Anaphase-promoting complex subunit 11 / Anaphase-promoting complex subunit 1 / Anaphase-promoting complex subunit 13 / Anaphase-promoting complex subunit 16 / Anaphase-promoting complex subunit CDC26 / Anaphase-promoting complex subunit 10
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Zhang, S. / Barford, D.
資金援助 英国, 2件
組織認可番号
Medical Research Council (United Kingdom)MC_UP_1021/6 英国
Cancer Research UKC576/A14109 英国
引用ジャーナル: Nat Commun / : 2019
タイトル: Cyclin A2 degradation during the spindle assembly checkpoint requires multiple binding modes to the APC/C.
著者: Suyang Zhang / Thomas Tischer / David Barford /
要旨: The anaphase-promoting complex/cyclosome (APC/C) orchestrates cell cycle progression by controlling the temporal degradation of specific cell cycle regulators. Although cyclin A2 and cyclin B1 are ...The anaphase-promoting complex/cyclosome (APC/C) orchestrates cell cycle progression by controlling the temporal degradation of specific cell cycle regulators. Although cyclin A2 and cyclin B1 are both targeted for degradation by the APC/C, during the spindle assembly checkpoint (SAC), the mitotic checkpoint complex (MCC) represses APC/C's activity towards cyclin B1, but not cyclin A2. Through structural, biochemical and in vivo analysis, we identify a non-canonical D box (D2) that is critical for cyclin A2 ubiquitination in vitro and degradation in vivo. During the SAC, cyclin A2 is ubiquitinated by the repressed APC/C-MCC, mediated by the cooperative engagement of its KEN and D2 boxes, ABBA motif, and the cofactor Cks. Once the SAC is satisfied, cyclin A2 binds APC/C-Cdc20 through two mutually exclusive binding modes, resulting in differential ubiquitination efficiency. Our findings reveal that a single substrate can engage an E3 ligase through multiple binding modes, affecting its degradation timing and efficiency.
構造検証レポート
簡易版詳細版構造検証レポートについて
履歴
登録2018年12月11日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年9月11日Provider: repository / タイプ: Initial release

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  • マップデータ: EMDB-4466
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MolmilJmol/JSmol

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集合体

登録構造単位
L: Anaphase-promoting complex subunit 10
D: Anaphase-promoting complex subunit 15
A: Apc1
N: Anaphase-promoting complex subunit 2
I: Anaphase-promoting complex subunit 4
O: Anaphase-promoting complex subunit 5
K: Cell division cycle protein 16 homolog
C: Anaphase-promoting complex subunit 11
G: Anaphase-promoting complex subunit CDC26
W: Anaphase-promoting complex subunit CDC26
M: Anaphase-promoting complex subunit 13
H: Anaphase-promoting complex subunit 16
J: Cell division cycle protein 27 homolog
P: Cell division cycle protein 27 homolog
Q: Cell division cycle protein 16 homolog
Y: Anaphase-promoting complex subunit 7
U: Cell division cycle protein 23 homolog
V: Cell division cycle protein 23 homolog
Z: Anaphase-promoting complex subunit 7
R: Cell division cycle protein 20 homolog
S: Cyclin-A2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,262,16221
ポリマ-1,262,16221
非ポリマー00
0
1


タイプ名称対称操作
identity operation1_5551
Buried area112190 Å2
ΔGint-554 kcal/mol
Surface area333360 Å2
手法PISA

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要素

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Anaphase-promoting complex subunit ... , 10種, 12分子 LDNIOCGWMHYZ

#1: タンパク質 Anaphase-promoting complex subunit 10 / 後期促進複合体 / APC10 / Cyclosome subunit 10


分子量: 21282.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ANAPC10, APC10 / 発現宿主: unidentified baculovirus (ウイルス) / 参照: UniProt: Q9UM13
#2: タンパク質 Anaphase-promoting complex subunit 15 / 後期促進複合体 / APC15


分子量: 14286.727 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ANAPC15, C11orf51, HSPC020 / 発現宿主: unidentified baculovirus (ウイルス) / 参照: UniProt: P60006
#4: タンパク質 Anaphase-promoting complex subunit 2 / 後期促進複合体 / APC2 / Cyclosome subunit 2


分子量: 93938.977 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ANAPC2, APC2, KIAA1406 / 発現宿主: unidentified baculovirus (ウイルス) / 参照: UniProt: Q9UJX6
#5: タンパク質 Anaphase-promoting complex subunit 4 / 後期促進複合体 / APC4 / Cyclosome subunit 4


分子量: 92219.227 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ANAPC4, APC4 / 発現宿主: unidentified baculovirus (ウイルス) / 参照: UniProt: Q9UJX5
#6: タンパク質 Anaphase-promoting complex subunit 5 / 後期促進複合体 / APC5 / Cyclosome subunit 5


分子量: 85179.766 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ANAPC5, APC5 / 発現宿主: unidentified baculovirus (ウイルス) / 参照: UniProt: Q9UJX4
#8: タンパク質 Anaphase-promoting complex subunit 11 / 後期促進複合体 / APC11 / Cyclosome subunit 11 / Hepatocellular carcinoma-associated RING finger protein


分子量: 9854.647 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ANAPC11, HSPC214 / 発現宿主: unidentified baculovirus (ウイルス) / 参照: UniProt: Q9NYG5
#9: タンパク質 Anaphase-promoting complex subunit CDC26 / 後期促進複合体 / Anaphase-promoting complex subunit 12 / APC12 / Cell division cycle protein 26 homolog


分子量: 9793.999 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CDC26, ANAPC12, C9orf17 / 発現宿主: unidentified baculovirus (ウイルス) / 参照: UniProt: Q8NHZ8
#10: タンパク質 Anaphase-promoting complex subunit 13 / 後期促進複合体 / APC13 / Cyclosome subunit 13


分子量: 8528.309 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ANAPC13 / 発現宿主: unidentified baculovirus (ウイルス) / 参照: UniProt: Q9BS18
#11: タンパク質 Anaphase-promoting complex subunit 16 / 後期促進複合体 / APC16 / Cyclosome subunit 16


分子量: 11677.995 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ANAPC16, C10orf104, CENP-27 / 発現宿主: unidentified baculovirus (ウイルス) / 参照: UniProt: Q96DE5
#13: タンパク質 Anaphase-promoting complex subunit 7 / 後期促進複合体 / APC7 / Cyclosome subunit 7


分子量: 66929.367 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ANAPC7, APC7 / 発現宿主: unidentified baculovirus (ウイルス) / 参照: UniProt: Q9UJX3

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タンパク質 , 2種, 2分子 AS

#3: タンパク質 Apc1


分子量: 207240.234 Da / 分子数: 1 / Mutation: deletion of residues 307-395 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: unidentified baculovirus (ウイルス) / 参照: UniProt: Q9H1A4*PLUS
#16: タンパク質 Cyclin-A2 / Cyclin-A / Cyclin A


分子量: 44427.766 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CCNA2, CCN1, CCNA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P20248

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Cell division cycle protein ... , 4種, 7分子 KQJPUVR

#7: タンパク質 Cell division cycle protein 16 homolog / 細胞周期 / Anaphase-promoting complex subunit 6 / APC6 / CDC16 homolog / CDC16Hs / Cyclosome subunit 6


分子量: 71747.516 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CDC16, ANAPC6 / 発現宿主: unidentified baculovirus (ウイルス) / 参照: UniProt: Q13042
#12: タンパク質 Cell division cycle protein 27 homolog / 細胞周期 / Anaphase-promoting complex subunit 3 / APC3 / CDC27 homolog / CDC27Hs / H-NUC


分子量: 91973.125 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CDC27, ANAPC3, D0S1430E, D17S978E / 発現宿主: unidentified baculovirus (ウイルス) / 参照: UniProt: P30260
#14: タンパク質 Cell division cycle protein 23 homolog / 細胞周期 / Anaphase-promoting complex subunit 8 / APC8 / Cyclosome subunit 8


分子量: 68921.031 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CDC23, ANAPC8 / 発現宿主: unidentified baculovirus (ウイルス) / 参照: UniProt: Q9UJX2
#15: タンパク質 Cell division cycle protein 20 homolog / 細胞周期 / p55CDC


分子量: 54796.508 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CDC20 / 発現宿主: unidentified baculovirus (ウイルス) / 参照: UniProt: Q12834

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来
1Cryo-EM structure of the APC/C-Cdc20-Cdk2-cyclinA2-Cks2 complex, the D2 box classCOMPLEX#1-#160MULTIPLE SOURCES
2Cryo-EM structure of the APC/C-Cdc20-Cdk2-cyclinA2-Cks2 complex, the D2 box classCOMPLEX#1-#151RECOMBINANT
3Cryo-EM structure of the APC/C-Cdc20-Cdk2-cyclinA2-Cks2 complex, the D2 box classCOMPLEX#161RECOMBINANT
分子量: 1.3 MDa
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
22Homo sapiens (ヒト)9606
33Homo sapiens (ヒト)9606
由来(組換発現)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
22unidentified baculovirus (ウイルス)10469
33Esacherichia coli562
緩衝液pH: 8 / 詳細: 20mM Hepes, 150mM NaCl, 0.5mM TCEP
試料濃度: 0.15 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
撮影電子線照射量: 28 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

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解析

EMソフトウェア名称: RELION / バージョン: 3 / カテゴリ: 3次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 3.2 Å / 分解能の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 117044 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2020年8月12日: New: 新型コロナ情報

New: 新型コロナ情報

  • 新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: New: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語"EMD-"は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:PDBeのEMDBサイト / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。詳細は下記のリンクをご覧ください。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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2017年6月16日: Omokage検索で絞り込み

Omokage検索で絞り込み

  • Omokage検索の結果をキーワードとデータベースの種類で絞り込むことができるようになりました。

関連情報:Omokage検索

すべてのお知らせ

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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