[日本語] English
万見
- PDB-6pze: Crystal structure of human NA-45 Fab in complex with neuraminidas... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6pze
タイトルCrystal structure of human NA-45 Fab in complex with neuraminidase Y169aH mutant from A/Shanghai/2/2013 (H7N9)
要素
  • NA-45 FAB HEAVY CHAIN
  • NA-45 FAB LIGHT CHAIN
  • Neuraminidaseノイラミニダーゼ
キーワードIMMUNE SYSTEM (免疫系) / antibody (抗体) / inhibition mechanism
機能・相同性
機能・相同性情報


exo-alpha-(2->3)-sialidase activity / exo-alpha-(2->6)-sialidase activity / exo-alpha-(2->8)-sialidase activity / ノイラミニダーゼ / viral budding from plasma membrane / carbohydrate metabolic process / host cell plasma membrane / virion membrane / 生体膜 / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Sialidase, Influenza viruses A/B / Glycoside hydrolase, family 34 / ノイラミニダーゼ / Neuraminidase - #10 / Sialidase superfamily / 6 Propeller / ノイラミニダーゼ / 抗体 / Immunoglobulin-like / サンドイッチ / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ノイラミニダーゼ / ノイラミニダーゼ
類似検索 - 構成要素
生物種Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Zhu, X. / Wilson, I.A.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)U19 AI117905 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)HHSN272201400024C 米国
引用ジャーナル: Cell Host Microbe / 年: 2019
タイトル: Structural Basis of Protection against H7N9 Influenza Virus by Human Anti-N9 Neuraminidase Antibodies.
著者: Xueyong Zhu / Hannah L Turner / Shanshan Lang / Ryan McBride / Sandhya Bangaru / Iuliia M Gilchuk / Wenli Yu / James C Paulson / James E Crowe / Andrew B Ward / Ian A Wilson /
要旨: Influenza virus neuraminidase (NA) is a major target for small-molecule antiviral drugs. Antibodies targeting the NA surface antigen could also inhibit virus entry and egress to provide host ...Influenza virus neuraminidase (NA) is a major target for small-molecule antiviral drugs. Antibodies targeting the NA surface antigen could also inhibit virus entry and egress to provide host protection. However, our understanding of the nature and range of target epitopes is limited because of a lack of human antibody structures with influenza neuraminidase. Here, we describe crystal and cryogenic electron microscopy (cryo-EM) structures of NAs from human-infecting avian H7N9 viruses in complex with five human anti-N9 antibodies, systematically defining several antigenic sites and antibody epitope footprints. These antibodies either fully or partially block the NA active site or bind to epitopes distant from the active site while still showing neuraminidase inhibition. The inhibition of antibodies to NAs was further analyzed by glycan array and solution-based NA activity assays. Together, these structural studies provide insights into protection by anti-NA antibodies and templates for the development of NA-based influenza virus vaccines and therapeutics.
履歴
登録2019年7月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年12月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年12月25日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_special_symmetry / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_special_symmetry.label_asym_id / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年10月11日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Neuraminidase
L: NA-45 FAB LIGHT CHAIN
H: NA-45 FAB HEAVY CHAIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,4746
ポリマ－92,2883
非ポリマー2,1863
水10,629590
1
A: Neuraminidase
ヘテロ分子

A: Neuraminidase
ヘテロ分子

A: Neuraminidase
ヘテロ分子

A: Neuraminidase
ヘテロ分子

L: NA-45 FAB LIGHT CHAIN
H: NA-45 FAB HEAVY CHAIN

L: NA-45 FAB LIGHT CHAIN
H: NA-45 FAB HEAVY CHAIN

L: NA-45 FAB LIGHT CHAIN
H: NA-45 FAB HEAVY CHAIN

L: NA-45 FAB LIGHT CHAIN
H: NA-45 FAB HEAVY CHAIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)377,89424
ポリマ－369,15012
非ポリマー8,74412
水21612
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_455-x-1,-y,z1
crystal symmetry operation3_455-y-1/2,x+1/2,z1
crystal symmetry operation4_445y-1/2,-x-1/2,z1
crystal symmetry operation1_556x,y,z+11
crystal symmetry operation2_456-x-1,-y,z+11
crystal symmetry operation3_456-y-1/2,x+1/2,z+11
crystal symmetry operation4_446y-1/2,-x-1/2,z+11
Buried area40520 Å2
ΔGint14 kcal/mol
Surface area123810 Å2
手法PISA
2


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7190 Å2
ΔGint11 kcal/mol
Surface area33890 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)161.268, 161.268, 87.382
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number90
Space group name H-MP4212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-782-

HOH

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Neuraminidase / ノイラミニダーゼ


分子量: 44014.000 Da / 分子数: 1 / 変異: Y169H / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Influenza A virus (A/Shanghai/02/2013(H7N9)) (A型インフルエンザウイルス)
株: A/Shanghai/02/2013(H7N9)
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: V9NZ28, UniProt: R4NFR6*PLUS, ノイラミニダーゼ

-
抗体 , 2種, 2分子 LH

#2: 抗体 NA-45 FAB LIGHT CHAIN


分子量: 22909.289 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
#3: 抗体 NA-45 FAB HEAVY CHAIN


分子量: 25364.260 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)

-
糖 , 2種, 2分子

#4: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D- ...alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 1721.527 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-2DManpa1-2DManpa1-3[DManpa1-2DManpa1-3[DManpa1-6]DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,10,9/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3-3-3-3-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-g1_d2-e1_e2-f1_g3-h1_g6-j1_h2-i1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][a-D-Manp]{}}}[(6+1)][a-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][a-D-Manp]{}}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE

-
非ポリマー , 2種, 591分子

#6: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 590 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.04 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.1 M Hepes, pH 7.0 and 10% (w/v) polyethylene glycol 6000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.97946 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年7月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97946 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→45.8 Å / Num. obs: 51133 / % possible obs: 98.3 % / 冗長度: 6.6 % / CC1/2: 0.997 / Rpim(I) all: 0.05 / Rsym value: 0.12 / Net I/σ(I): 11.7
反射 シェル解像度: 2.3→2.35 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 3164 / CC1/2: 0.962 / Rpim(I) all: 0.26 / Rsym value: 0.62 / % possible all: 99.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.12_2829)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5L14, 5T93, 5BV7

5l14

5t93

5bv7


解像度: 2.3→45.786 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 17.85
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1973 2564 5.02 %
Rwork0.1559 --
obs0.158 51085 98.2 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→45.786 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6260 0 145 590 6995
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0076596
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9449037
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d5.6643894
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0551031
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061132
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2944-2.33850.25111380.18842631X-RAY DIFFRACTION98
2.3385-2.38620.26421310.18222677X-RAY DIFFRACTION98
2.3862-2.43810.25061550.18182672X-RAY DIFFRACTION99
2.4381-2.49480.22891380.17872626X-RAY DIFFRACTION97
2.4948-2.55720.23621230.17352566X-RAY DIFFRACTION95
2.5572-2.62640.21961430.16822697X-RAY DIFFRACTION99
2.6264-2.70360.20861330.16822688X-RAY DIFFRACTION99
2.7036-2.79090.18771420.15352686X-RAY DIFFRACTION99
2.7909-2.89060.22421370.1572712X-RAY DIFFRACTION99
2.8906-3.00630.20681590.15842698X-RAY DIFFRACTION99
3.0063-3.14310.20441300.16122707X-RAY DIFFRACTION99
3.1431-3.30880.20391230.16012591X-RAY DIFFRACTION94
3.3088-3.5160.17811640.15882716X-RAY DIFFRACTION99
3.516-3.78740.22781300.16972744X-RAY DIFFRACTION99
3.7874-4.16830.16261560.14112759X-RAY DIFFRACTION100
4.1683-4.77090.16311420.11712707X-RAY DIFFRACTION97
4.7709-6.00870.16541680.12992745X-RAY DIFFRACTION98
6.0087-45.79490.19791520.16842899X-RAY DIFFRACTION97
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.55390.3897-0.22150.4612-0.08160.49760.0378-0.02730.04470.01320.0270.0488-0.00870.0018-0.07470.1630.0208-0.01220.12930.00460.1547-66.197-10.073137.5891
20.3422-0.079-0.25380.82430.06691.26580.0007-0.0038-0.04120.04740.0089-0.02680.0631-0.0677-0.04940.15070.0276-0.02710.1948-0.0260.1464-51.3051-5.21743.4068
30.7936-0.21720.07620.90970.39861.1739-0.0237-0.1273-0.09570.07180.0371-0.09790.05290.1086-0.03660.15240.0395-0.06380.20050.01760.1967-47.0605-17.903846.2027
40.81390.3504-0.05810.6513-0.08370.30340.0307-0.0197-0.10650.01270.0136-0.07590.07120.0869-0.04150.14050.0287-0.02640.149-0.01630.1334-58.2613-21.929234.057
50.85890.03140.3891.2182-0.94763.5533-0.07290.2843-0.2598-0.28950.2370.21190.2068-0.4054-0.1240.3379-0.0089-0.00520.4761-0.05910.2189-47.5155-20.1779-3.6987
62.12740.30430.42621.4840.43163.51830.01530.41940.1792-0.15120.06260.04810.0734-0.0334-0.06110.1743-0.00860.00610.27530.01780.2121-48.754-12.93314.8695
70.4822-0.1397-0.6260.30610.18220.8072-0.25790.04440.20350.008-0.003-0.02780.21550.14190.26220.335-0.0193-0.0980.52210.00570.2536-38.1283-11.7565-17.9329
83.3570.97090.74632.92080.32852.3837-0.21950.47440.0347-0.64170.11-0.2805-0.56670.37010.08550.3927-0.12380.02450.5491-0.0280.3572-20.5651-8.4499-25.3875
90.85980.3579-1.32722.25810.21812.31970.12860.06510.4354-0.03750.0576-0.1877-0.10840.4377-0.18550.2309-0.04380.06920.3099-0.01630.3275-25.11420.65518.4749
101.81731.25710.3541.5909-0.7272.26350.1020.20460.2319-0.02260.09070.0185-0.17520.0057-0.19020.18030.02040.0420.2712-0.06750.2907-36.1313-1.434512.7898
113.44240.1655-0.31143.26180.34923.20930.1637-0.4616-0.10240.16540.0191-0.2386-0.13950.2764-0.15340.2023-0.02440.0060.2583-0.0270.2066-33.9043-5.683722.2792
122.1551-1.1353-0.52510.94370.07571.41650.1007-0.09120.25460.11220.0166-0.2833-0.10520.1449-0.14360.2023-0.04780.0250.2979-0.0490.2663-28.11380.065415.8282
132.210.3522-1.89620.3517-0.27381.65210.21120.22940.26580.11470.18470.0231-0.0691-0.1476-0.30580.19170.03470.01330.2303-0.01040.2338-42.8034-6.264217.3429
143.26120.5717-3.65461.0837-0.60684.1146-0.09580.0520.4339-0.08180.23810.0293-0.0091-0.1255-0.16330.18350.00280.00910.2325-0.01210.2527-39.3763-2.79987.9702
152.51991.10840.10351.63160.36433.7552-0.30850.23420.5892-0.4358-0.04070.3482-0.7663-0.07050.33180.43780.0021-0.07940.33540.00570.4377-21.10411.486-12.7435
160.1645-0.0091-0.002-0.0004-0.0018-0.0010.10011.03560.9809-0.899-0.08760.4131-0.6745-0.0973-0.12911.26680.1426-0.32350.65090.3431.0297-27.188111.1918-25.5233
172.2013-0.78390.89631.1566-0.51841.7082-0.46430.12041.1428-0.6886-0.0360.4558-1.17-0.04940.40350.9056-0.0387-0.20110.37490.05060.8755-19.182910.3189-12.2936
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND RESID 82:190 )A82 - 190
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN A AND RESID 191:246 )A191 - 246
3X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN A AND RESID 247:318 )A247 - 318
4X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN A AND RESID 319:468 )A319 - 468
5X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN L AND RESID 2:18 )L2 - 18
6X-RAY DIFFRACTION6( CHAIN L AND RESID 19:98 )L19 - 98
7X-RAY DIFFRACTION7( CHAIN L AND RESID 99:118 )L99 - 118
8X-RAY DIFFRACTION8( CHAIN L AND RESID 119:208 )L119 - 208
9X-RAY DIFFRACTION9( CHAIN H AND RESID 2:17 )H2 - 17
10X-RAY DIFFRACTION10( CHAIN H AND RESID 18:51 )H18 - 51
11X-RAY DIFFRACTION11( CHAIN H AND RESID 52:66 )H52 - 66
12X-RAY DIFFRACTION12( CHAIN H AND RESID 67:87 )H67 - 87
13X-RAY DIFFRACTION13( CHAIN H AND RESID 88:100 )H88 - 100
14X-RAY DIFFRACTION14( CHAIN H AND RESID 101:109 )H101 - 109
15X-RAY DIFFRACTION15( CHAIN H AND RESID 110:177 )H110 - 177
16X-RAY DIFFRACTION16( CHAIN H AND RESID 178:194 )H178 - 194
17X-RAY DIFFRACTION17( CHAIN H AND RESID 195:213 )H195 - 213

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る