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- PDB-4ksr: Crystal Structure of the Vibrio cholerae ATPase GspE Hexamer -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ksr
タイトルCrystal Structure of the Vibrio cholerae ATPase GspE Hexamer
要素Type II secretion system protein E, Hemolysin-coregulated protein
キーワードPROTEIN TRANSPORT / T2SS secretion ATPase / EpsE / Hexamer / C2 cyclic symmetry
機能・相同性
機能・相同性情報


protein-exporting ATPase activity / protein-secreting ATPase / protein secretion by the type II secretion system / type II protein secretion system complex / ATP hydrolysis activity / ATP binding / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / GSPII protein E, N1E domain / Type II secretion system protein GspE / Type VI secretion system effector Hcp / Hcp1-like superfamily / Type II secretion system protein GspE, N-terminal superfamily / Type VI secretion system effector, Hcp / Bacterial type II secretion system protein E signature. / Type II/IV secretion system protein / Type II/IV secretion system protein ...: / GSPII protein E, N1E domain / Type II secretion system protein GspE / Type VI secretion system effector Hcp / Hcp1-like superfamily / Type II secretion system protein GspE, N-terminal superfamily / Type VI secretion system effector, Hcp / Bacterial type II secretion system protein E signature. / Type II/IV secretion system protein / Type II/IV secretion system protein / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Type II secretion system ATPase E / Uncharacterized protein
類似検索 - 構成要素
生物種Vibrio cholerae O1 (コレラ菌)
Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 4.2 Å
データ登録者Hol, W.G. / Turley, S. / Lu, C.Y. / Park, Y.J. / Marionni, S.T. / Lee, K. / Patrick, M. / Sandkvist, M. / Bush, M. / Shah, R.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2013
タイトル: Hexamers of the Type II Secretion ATPase GspE from Vibrio cholerae with Increased ATPase Activity.
著者: Lu, C. / Turley, S. / Marionni, S.T. / Park, Y.J. / Lee, K.K. / Patrick, M. / Shah, R. / Sandkvist, M. / Bush, M.F. / Hol, W.G.
履歴
登録2013年5月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年9月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年10月9日Group: Database references
改定 1.22017年8月23日Group: Refinement description / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / software
改定 1.32024年2月28日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Type II secretion system protein E, Hemolysin-coregulated protein
B: Type II secretion system protein E, Hemolysin-coregulated protein
C: Type II secretion system protein E, Hemolysin-coregulated protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)192,8803
ポリマ－192,8803
非ポリマー00
水00
1
A: Type II secretion system protein E, Hemolysin-coregulated protein
B: Type II secretion system protein E, Hemolysin-coregulated protein
C: Type II secretion system protein E, Hemolysin-coregulated protein

A: Type II secretion system protein E, Hemolysin-coregulated protein
B: Type II secretion system protein E, Hemolysin-coregulated protein
C: Type II secretion system protein E, Hemolysin-coregulated protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)385,7606
ポリマ－385,7606
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555x,-y,-z1
Buried area33180 Å2
ΔGint-166 kcal/mol
Surface area136200 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)112.467, 132.911, 142.750
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP22121

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要素

#1: タンパク質 Type II secretion system protein E, Hemolysin-coregulated protein / T2SS protein E / Cholera toxin secretion protein EpsE / General secretion pathway protein E / Type ...T2SS protein E / Cholera toxin secretion protein EpsE / General secretion pathway protein E / Type II traffic warden ATPase


分子量: 64293.371 Da / 分子数: 3 / 断片: T2SS EpsE, P37093 residues 100-503, Q02UZ4 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Chimeric Protein
由来: (組換発現) Vibrio cholerae O1 (コレラ菌), (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
株: ATCC 39315 / El Tor Inaba N16961, UCBPP-PA14 / 遺伝子: epsE, VC_2732, PA14_01030 / プラスミド: pET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P37093, UniProt: Q02UZ4

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.77 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.53 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.1
詳細: 0.1M BisTris, 5mM ADP, 5mM MgCl2, 5mM AlCl3, 15mM NaF, 16% PEG300, 0.2M ammonium sulfate, pH 6.1, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年12月6日
放射モノクロメーター: Liquid nitrogen-cooled double crystal
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 3.78→38.72 Å / Num. obs: 21927 / Rmerge(I) obs: 0.106 / Net I/σ(I): 12.2
反射 シェル解像度: 3.78→3.98 Å / % possible all: 96.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
XDSデータスケーリング
PHASES位相決定
精密化解像度: 4.2→38.72 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.834 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.831 / SU B: 265.976 / SU ML: 1.517 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 1.439 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.37624 829 5.2 %RANDOM
Rwork0.38437 ---
obs0.38393 15196 98.78 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 136.894 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-18.05 Å2-0 Å2-0 Å2
2---12.4 Å2-0 Å2
3----5.64 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 4.2→38.72 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12063 0 0 0 12063
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0380.01912231
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d00.0212135
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7381.97416491
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg3.6123.00127900
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.44651545
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.0223.966522
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.492152286
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.24515102
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0480.21923
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0020.02113626
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.022610
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 4.2→4.309 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.465 64 -
Rwork0.418 1107 -
obs--99.49 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.82941.1769-2.914716.5301-4.02965.59610.2649-0.00710.57831.0755-0.4807-1.4986-2.23522.05860.21581.5013-1.0386-0.15661.81480.55731.1818-10.573346.2777-17.4163
27.4898-1.03835.67078.56832.17097.5907-0.45220.0896-0.3933-2.03430.8452-2.4273-0.11011.7375-0.39291.49730.1471.20931.34240.33861.7479-11.03957.6487-40.9977
37.5591.0703-0.08363.65435.719813.49520.359-0.0790.5205-1.2810.4093-1.25720.10161.4803-0.76832.11840.33051.02510.4198-0.08161.3819-13.0074-33.9112-21.7434
43.1181-2.26462.04818.8399-4.09427.2567-0.3839-0.11260.23550.18090.39350.5323-1.1801-0.3988-0.00960.83720.14340.09880.0736-0.0670.4903-39.222346.3991.0127
55.25652.07573.7886.50942.492114.8949-0.06520.4620.1014-1.46220.00950.34730.6929-0.40640.05570.60680.07210.050.15690.14570.395-36.21924.4796-29.3327
65.77443.8456-0.416612.3372-1.29426.24620.30630.1522-0.4967-1.3037-0.07160.19560.8705-0.8127-0.23470.70420.0878-0.24090.24490.05520.2431-37.1655-10.2059-24.4845
72.4402-0.6561-0.08622.99842.12514.95860.02640.540.2557-0.2268-0.33440.3019-1.0674-1.68840.3081.94550.1244-0.08342.55620.1540.911-88.43356.6899-18.7906
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A121 - 229
2X-RAY DIFFRACTION2B121 - 229
3X-RAY DIFFRACTION3C121 - 229
4X-RAY DIFFRACTION4A235 - 500
5X-RAY DIFFRACTION5B235 - 500
6X-RAY DIFFRACTION6C235 - 500
7X-RAY DIFFRACTION7A513 - 673
8X-RAY DIFFRACTION7B513 - 673
9X-RAY DIFFRACTION7C513 - 673

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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