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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6pqi | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of Class D Beta-lactamase OXA-48 with Cefotaxime | ||||||
要素 | Class D Carbapenemase OXA-48 | ||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / Carbapenemase (Β-ラクタマーゼ) / Carbapenem (カルバペネム系抗生物質) / substrate / Hydrolyzed product | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 penicillin binding / antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / Β-ラクタマーゼ / response to antibiotic 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.05 Å | ||||||
データ登録者 | Akhtar, A. / Chen, Y. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Acs Infect Dis. / 年: 2020 タイトル: Structural Basis for Substrate Specificity and Carbapenemase Activity of OXA-48 Class D beta-Lactamase. 著者: Akhtar, A. / Pemberton, O.A. / Chen, Y. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6pqi.cif.gz | 221.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6pqi.ent.gz | 176 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6pqi.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pq/6pqi ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pq/6pqi | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 30826.881 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌) / 遺伝子: blaOXA / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: A0A482LRD5, UniProt: Q6XEC0*PLUS, Β-ラクタマーゼ #2: 化合物 | ChemComp-CEF / #3: 化合物 | ChemComp-CL / #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.12 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: 0.2 M Ammonium Acetate, 0.1 M Sodium Acetate pH 4.6, 30%(w/v) PEG-4000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2017年7月29日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.04→50 Å / Num. obs: 73475 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.074 / Rpim(I) all: 0.045 / Rrim(I) all: 0.087 / Χ2: 1.013 / Net I/σ(I): 7.3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 | |||||||||
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Phasing MR |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 3HBR 解像度: 2.05→41.643 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 29.53
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 107.94 Å2 / Biso mean: 43.9058 Å2 / Biso min: 23.23 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.05→41.643 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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