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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6pdw | ||||||||||||
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タイトル | Msp1-substrate complex in closed conformation | ||||||||||||
要素 |
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キーワード | PROTEIN TRANSPORT / membrane protein / tail-anchored protein / protein quality control | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 extraction of mislocalized protein from mitochondrial outer membrane / mitochondrial outer membrane / ATP hydrolysis activity / ATP binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Chaetomium thermophilum (菌類) Escherichia coli (大腸菌) | ||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Wang, L. / Myasnikov, A. / Pan, X. / Walter, P. | ||||||||||||
資金援助 | 米国, 3件
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引用 | ジャーナル: Elife / 年: 2020 タイトル: Structure of the AAA protein Msp1 reveals mechanism of mislocalized membrane protein extraction. 著者: Lan Wang / Alexander Myasnikov / Xingjie Pan / Peter Walter / 要旨: The AAA protein Msp1 extracts mislocalized tail-anchored membrane proteins and targets them for degradation, thus maintaining proper cell organization. How Msp1 selects its substrates and firmly ...The AAA protein Msp1 extracts mislocalized tail-anchored membrane proteins and targets them for degradation, thus maintaining proper cell organization. How Msp1 selects its substrates and firmly engages them during the energetically unfavorable extraction process remains a mystery. To address this question, we solved cryo-EM structures of Msp1-substrate complexes at near-atomic resolution. Akin to other AAA proteins, Msp1 forms hexameric spirals that translocate substrates through a central pore. A singular hydrophobic substrate recruitment site is exposed at the spiral's seam, which we propose positions the substrate for entry into the pore. There, a tight web of aromatic amino acids grips the substrate in a sequence-promiscuous, hydrophobic milieu. Elements at the intersubunit interfaces coordinate ATP hydrolysis with the subunits' positions in the spiral. We present a comprehensive model of Msp1's mechanism, which follows general architectural principles established for other AAA proteins yet specializes Msp1 for its unique role in membrane protein extraction. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6pdw.cif.gz | 265.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6pdw.ent.gz | 213.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6pdw.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6pdw_validation.pdf.gz | 966.4 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6pdw_full_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 6pdw_validation.xml.gz | 54.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6pdw_validation.cif.gz | 79.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pd/6pdw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pd/6pdw | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 42599.152 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Chaetomium thermophilum (菌類) / 遺伝子: CTHT_0034230 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: G0S654 #2: タンパク質・ペプチド | | 分子量: 869.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) #3: 化合物 | ChemComp-ADP / #4: 化合物 | #5: 化合物 | ChemComp-MG / |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Msp1-substrate complex in closed conformation / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#2 / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 値: 0.24 MDa / 実験値: YES |
由来(天然) | 生物種: Chaetomium thermophilum (菌類) |
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: BL21DE3 |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 濃度: 4 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | 詳細: unspecified |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: SPOT SCAN |
電子レンズ | モード: DIFFRACTION |
撮影 | 電子線照射量: 70 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
-解析
EMソフトウェア | 名称: SerialEM / カテゴリ: 画像取得 |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION |
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) |
3次元再構成 | 解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 48861 / 対称性のタイプ: POINT |