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- PDB-6ogg: 70S termination complex with RF2 bound to the UGA codon. Rotated ... -

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登録情報
データベース: PDB / ID: 6ogg
タイトル70S termination complex with RF2 bound to the UGA codon. Rotated ribosome with RF2 bound (Structure IV).
要素
  • (30S ribosomal protein ...) x 20
  • (50S ribosomal protein ...) x 29
  • 16S ribosomal RNA16SリボソームRNA
  • 23S ribosomal RNA23SリボソームRNA
  • 5S ribosomal RNA5SリボソームRNA
  • Peptide chain release factor 2
  • mRNA伝令RNA
  • tRNAfMet
キーワードRIBOSOME (リボソーム) / Ribosome recycling / translation termination / RF2 / intersubunit rotation
機能・相同性
機能・相同性情報


translation release factor activity, codon specific / positive regulation of ribosome biogenesis / DnaA-L2 complex / negative regulation of DNA-templated DNA replication initiation / assembly of large subunit precursor of preribosome / cytosolic ribosome assembly / regulation of cell growth / ribosomal large subunit assembly / ribosome binding / large ribosomal subunit ...translation release factor activity, codon specific / positive regulation of ribosome biogenesis / DnaA-L2 complex / negative regulation of DNA-templated DNA replication initiation / assembly of large subunit precursor of preribosome / cytosolic ribosome assembly / regulation of cell growth / ribosomal large subunit assembly / ribosome binding / large ribosomal subunit / regulation of translation / cytoplasmic translation / small ribosomal subunit / 5S rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / transferase activity / tRNA binding / rRNA binding / リボソーム / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / 翻訳 (生物学) / mRNA binding / RNA binding / zinc ion binding / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Peptide chain release factor 2 / Peptide chain release factor / PCRF domain / PCRF / Prokaryotic-type class I peptide chain release factors signature. / Peptide chain release factor class I / RF-1 domain / Ribosomal protein L1, bacterial-type / Ribosomal protein L1, conserved site / Ribosomal protein L1 ...Peptide chain release factor 2 / Peptide chain release factor / PCRF domain / PCRF / Prokaryotic-type class I peptide chain release factors signature. / Peptide chain release factor class I / RF-1 domain / Ribosomal protein L1, bacterial-type / Ribosomal protein L1, conserved site / Ribosomal protein L1 / Ribosomal protein L1 signature. / Ribosomal protein L1, 3-layer alpha/beta-sandwich / Ribosomal protein S21, conserved site / Ribosomal protein S21 signature. / Ribosomal protein L25, short-form / Ribosomal protein L1-like / Ribosomal protein L1/ribosomal biogenesis protein / Ribosomal protein S14, bacterial/plastid / Ribosomal protein L1p/L10e family / Ribosomal protein S21 superfamily / Ribosomal protein S21 / Ribosomal protein S16, conserved site / Ribosomal protein S16 signature. / Ribosomal protein S21 / Ribosomal protein L21, conserved site / Ribosomal protein L21 signature. / Ribosomal protein L16 signature 1. / : / Ribosomal protein L6, conserved site / Ribosomal protein L6 signature 1. / Ribosomal protein L16, conserved site / Ribosomal protein L16 signature 2. / Ribosomal protein L17 signature. / Ribosomal protein L9 signature. / Ribosomal protein L9, bacteria/chloroplast / Ribosomal protein L9, C-terminal / Ribosomal protein L9, C-terminal domain / Ribosomal protein L9, C-terminal domain superfamily / Ribosomal L25p family / Ribosomal protein L25 / Ribosomal protein S14/S29 / Ribosomal protein L28/L24 superfamily / Ribosomal protein L36 signature. / Ribosomal protein L25/Gln-tRNA synthetase, N-terminal / Ribosomal protein L25/Gln-tRNA synthetase, anti-codon-binding domain superfamily / Ribosomal protein L9, N-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L9 / Ribosomal protein L9, N-terminal / Ribosomal protein L9, N-terminal domain / Ribosomal protein L28 / Ribosomal protein L35, conserved site / Ribosomal protein L35 signature. / Ribosomal protein L33, conserved site / Ribosomal protein L33 signature. / Ribosomal protein L35, non-mitochondrial / Ribosomal protein L5, bacterial-type / Ribosomal protein L6, bacterial-type / Ribosomal protein L18, bacterial-type / Ribosomal protein L19, conserved site / Ribosomal protein L19 signature. / Ribosomal protein L36 / Ribosomal protein L36 superfamily / Ribosomal protein L36 / Ribosomal protein L9/RNase H1, N-terminal / Ribosomal protein L20 signature. / Ribosomal protein S3, bacterial-type / Ribosomal protein S6, conserved site / Ribosomal protein S6 signature. / Ribosomal protein L27, conserved site / Ribosomal protein L27 signature. / Ribosomal protein S19, bacterial-type / Ribosomal protein S7, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein S11, bacterial-type / Ribosomal protein S13, bacterial-type / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein S20 superfamily / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein S9, bacterial/plastid / Ribosomal protein S4, bacterial-type / Ribosomal protein L14P, bacterial-type / Ribosomal protein L34, conserved site / Ribosomal protein L34 signature. / 30S ribosomal protein S17 / Ribosomal protein S5, bacterial-type / Ribosomal protein L22, bacterial/chloroplast-type / Ribosomal protein S6, plastid/chloroplast / Ribosomal protein L35 / Ribosomal protein L35 superfamily / Ribosomal protein L2, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein L35 / Ribosomal protein S2, bacteria/mitochondria/plastid / Ribosomal L28 family / Ribosomal protein L33 / Ribosomal protein L33 / Ribosomal protein L28/L24 / Ribosomal protein L33 superfamily / Ribosomal protein L30, bacterial-type / Ribosomal protein L16 / Ribosomal protein L18 / Ribosomal L18 of archaea, bacteria, mitoch. and chloroplast
類似検索 - ドメイン・相同性
: / : / : / : / リボ核酸 / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Large ribosomal subunit protein uL15 / Small ribosomal subunit protein bS18 ...: / : / : / : / リボ核酸 / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Large ribosomal subunit protein uL15 / Small ribosomal subunit protein bS18 / Large ribosomal subunit protein bL36 / Small ribosomal subunit protein bS21 / Peptide chain release factor 2 / Large ribosomal subunit protein bL20 / Small ribosomal subunit protein uS11 / Small ribosomal subunit protein uS3 / Large ribosomal subunit protein bL34 / Small ribosomal subunit protein bS16 / Large ribosomal subunit protein uL1 / Large ribosomal subunit protein bL17 / 50S ribosomal protein L23 / Large ribosomal subunit protein bL25 / 50S ribosomal protein L35 / 30S ribosomal protein S10 / 50S ribosomal protein L4 / 30S ribosomal protein S19 / 50S ribosomal protein L22 / 50S ribosomal protein L29 / 30S ribosomal protein S17 / 50S ribosomal protein L14 / 50S ribosomal protein L24 / 50S ribosomal protein L5 / 30S ribosomal protein S14 / 30S ribosomal protein S8 / 50S ribosomal protein L6 / 50S ribosomal protein L18 / 30S ribosomal protein S5 / 50S ribosomal protein L30 / 30S ribosomal protein S4 / 50S ribosomal protein L33 / 30S ribosomal protein S12 / 30S ribosomal protein S7 / 30S ribosomal protein S20 / 30S ribosomal protein S15 / 50S ribosomal protein L21 / 30S ribosomal protein S9 / 50S ribosomal protein L13 / 50S ribosomal protein L32 / 50S ribosomal protein L9 / 30S ribosomal protein S6 / 30S ribosomal protein S2 / 50S ribosomal protein L19 / 30S ribosomal protein S13 / Large ribosomal subunit protein bL27 / Large ribosomal subunit protein uL16 / Large ribosomal subunit protein uL2 / Large ribosomal subunit protein uL3 / 50S ribosomal protein L28
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
synthetic construct (人工物)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.2 Å
データ登録者Svidritskiy, E. / Demo, G. / Loveland, A.B. / Xu, C. / Korostelev, A.A.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01 GM107465 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35 GM127094 米国
引用ジャーナル: Elife / 年: 2019
タイトル: Extensive ribosome and RF2 rearrangements during translation termination.
著者: Egor Svidritskiy / Gabriel Demo / Anna B Loveland / Chen Xu / Andrei A Korostelev /
要旨: Protein synthesis ends when a ribosome reaches an mRNA stop codon. Release factors (RFs) decode the stop codon, hydrolyze peptidyl-tRNA to release the nascent protein, and then dissociate to allow ...Protein synthesis ends when a ribosome reaches an mRNA stop codon. Release factors (RFs) decode the stop codon, hydrolyze peptidyl-tRNA to release the nascent protein, and then dissociate to allow ribosome recycling. To visualize termination by RF2, we resolved a cryo-EM ensemble of 70S•RF2 structures at up to 3.3 Å in a single sample. Five structures suggest a highly dynamic termination pathway. Upon peptidyl-tRNA hydrolysis, the CCA end of deacyl-tRNA departs from the peptidyl transferase center. The catalytic GGQ loop of RF2 is rearranged into a long β-hairpin that plugs the peptide tunnel, biasing a nascent protein toward the ribosome exit. Ribosomal intersubunit rotation destabilizes the catalytic RF2 domain on the 50S subunit and disassembles the central intersubunit bridge B2a, resulting in RF2 departure. Our structures visualize how local rearrangements and spontaneous inter-subunit rotation poise the newly-made protein and RF2 to dissociate in preparation for ribosome recycling.
履歴
登録2019年4月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年9月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年1月8日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22024年3月20日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-20057
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
b: 50S ribosomal protein L2
c: 50S ribosomal protein L3
d: 50S ribosomal protein L4
e: 50S ribosomal protein L5
f: 50S ribosomal protein L6
g: 50S ribosomal protein L9
j: 50S ribosomal protein L13
k: 50S ribosomal protein L14
l: 50S ribosomal protein L15
m: 50S ribosomal protein L16
n: 50S ribosomal protein L17
o: 50S ribosomal protein L18
p: 50S ribosomal protein L19
q: 50S ribosomal protein L20
r: 50S ribosomal protein L21
s: 50S ribosomal protein L22
t: 50S ribosomal protein L23
u: 50S ribosomal protein L24
v: 50S ribosomal protein L25
w: 50S ribosomal protein L27
x: 50S ribosomal protein L28
y: 50S ribosomal protein L29
z: 50S ribosomal protein L30
B: 50S ribosomal protein L32
C: 50S ribosomal protein L33
D: 50S ribosomal protein L34
E: 50S ribosomal protein L35
F: 50S ribosomal protein L36
G: 30S ribosomal protein S2
H: 30S ribosomal protein S3
I: 30S ribosomal protein S4
J: 30S ribosomal protein S5
K: 30S ribosomal protein S6
L: 30S ribosomal protein S7
M: 30S ribosomal protein S8
N: 30S ribosomal protein S9
O: 30S ribosomal protein S10
P: 30S ribosomal protein S11
Q: 30S ribosomal protein S12
R: 30S ribosomal protein S13
S: 30S ribosomal protein S14
T: 30S ribosomal protein S15
U: 30S ribosomal protein S16
V: 30S ribosomal protein S17
W: 30S ribosomal protein S18
X: 30S ribosomal protein S19
Y: 30S ribosomal protein S20
Z: 30S ribosomal protein S21
a: 50S ribosomal protein L1
3: 16S ribosomal RNA
1: 23S ribosomal RNA
2: 5S ribosomal RNA
5: tRNAfMet
4: mRNA
8: Peptide chain release factor 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,228,59455
ポリマ－2,228,59455
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)1 / -
代表モデル

-
要素

+
50S ribosomal protein ... , 29種, 29分子 bcdefgjklmnopqrstuvwxyzBCDEFa

#1: タンパク質 50S ribosomal protein L2 / / Large ribosomal subunit protein uL2


分子量: 29923.619 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P60422
#2: タンパク質 50S ribosomal protein L3 / / Large ribosomal subunit protein uL3


分子量: 22277.535 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P60438
#3: タンパク質 50S ribosomal protein L4 /


分子量: 22121.566 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: D7Z9F6
#4: タンパク質 50S ribosomal protein L5 /


分子量: 20333.611 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: D7Z9G7
#5: タンパク質 50S ribosomal protein L6 /


分子量: 18932.791 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: D7Z9H0
#6: タンパク質 50S ribosomal protein L9 /


分子量: 15789.020 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: D7ZI15
#7: タンパク質 50S ribosomal protein L13 /


分子量: 16050.606 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: D7ZET0
#8: タンパク質 50S ribosomal protein L14 /


分子量: 13565.067 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: D7Z9G5
#9: タンパク質 50S ribosomal protein L15 /


分子量: 15008.471 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A037Y8L6
#10: タンパク質 50S ribosomal protein L16 / / Large ribosomal subunit protein uL16


分子量: 15312.269 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0ADY7
#11: タンパク質 50S ribosomal protein L17 /


分子量: 14423.683 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: B7N179
#12: タンパク質 50S ribosomal protein L18 /


分子量: 12794.668 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: D7Z9H1
#13: タンパク質 50S ribosomal protein L19 /


分子量: 13159.278 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: D7ZKU3
#14: タンパク質 50S ribosomal protein L20 /


分子量: 13528.024 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: B7MAS6
#15: タンパク質 50S ribosomal protein L21 /


分子量: 11586.374 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: D7ZEN7
#16: タンパク質 50S ribosomal protein L22 /


分子量: 12253.359 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: D7Z9G0
#17: タンパク質 50S ribosomal protein L23 /


分子量: 11222.160 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: D7X2Z9
#18: タンパク質 50S ribosomal protein L24 /


分子量: 11339.250 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: D7Z9G6
#19: タンパク質 50S ribosomal protein L25 /


分子量: 10713.465 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: D7XH79
#20: タンパク質 50S ribosomal protein L27 / / Large ribosomal subunit protein bL27


分子量: 9146.540 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7L8
#21: タンパク質 50S ribosomal protein L28 /


分子量: 9027.551 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: S0YB49
#22: タンパク質 50S ribosomal protein L29 /


分子量: 7286.464 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: D7Z9G3
#23: タンパク質 50S ribosomal protein L30 /


分子量: 6554.820 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: D7Z9H3
#24: タンパク質 50S ribosomal protein L32 /


分子量: 6463.445 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: D7ZGG2
#25: タンパク質 50S ribosomal protein L33 /


分子量: 6388.631 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: D7Z9P0
#26: タンパク質・ペプチド 50S ribosomal protein L34 /


分子量: 5397.463 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B7MGC4
#27: タンパク質 50S ribosomal protein L35 /


分子量: 7313.032 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: D7Z814
#28: タンパク質・ペプチド 50S ribosomal protein L36 /


分子量: 4377.390 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0E2L017
#49: タンパク質 50S ribosomal protein L1 /


分子量: 24765.660 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: B7MIX0

-
30S ribosomal protein ... , 20種, 20分子 GHIJKLMNOPQRSTUVWXYZ

#29: タンパク質 30S ribosomal protein S2 /


分子量: 26781.670 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: D7ZK99
#30: タンパク質 30S ribosomal protein S3 /


分子量: 26031.316 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: B7MCS9
#31: タンパク質 30S ribosomal protein S4 /


分子量: 23514.199 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: D7Z9H7
#32: タンパク質 30S ribosomal protein S5 /


分子量: 17629.398 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: D7Z9H2
#33: タンパク質 30S ribosomal protein S6 /


分子量: 15211.058 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: D7ZI17
#34: タンパク質 30S ribosomal protein S7 /


分子量: 17637.445 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: D7ZAN1
#35: タンパク質 30S ribosomal protein S8 /


分子量: 14146.557 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: D7Z9G9
#36: タンパク質 30S ribosomal protein S9 /


分子量: 14886.270 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: D7ZES9
#37: タンパク質 30S ribosomal protein S10 /


分子量: 11755.597 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: D7Z9F4
#38: タンパク質 30S ribosomal protein S11 /


分子量: 13870.975 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: B7MCR3
#39: タンパク質 30S ribosomal protein S12 /


分子量: 13768.157 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: D7ZAN0
#40: タンパク質 30S ribosomal protein S13 /


分子量: 13128.467 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: H4UQ02
#41: タンパク質 30S ribosomal protein S14 /


分子量: 11606.560 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: D7Z9G8
#42: タンパク質 30S ribosomal protein S15 /


分子量: 10290.816 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: D7ZEL4
#43: タンパク質 30S ribosomal protein S16 /


分子量: 9207.572 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B7MIU7
#44: タンパク質 30S ribosomal protein S17 /


分子量: 9724.491 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: D7Z9G4
#45: タンパク質 30S ribosomal protein S18 /


分子量: 9005.472 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: A0A0E2KXL3
#46: タンパク質 30S ribosomal protein S19 /


分子量: 10455.355 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: D7Z9F9
#47: タンパク質 30S ribosomal protein S20 /


分子量: 9708.464 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: D7ZAS2
#48: タンパク質 30S ribosomal protein S21 /


分子量: 8524.039 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: A0A0E2L2J1

-
RNA鎖 , 5種, 5分子 31254

#50: RNA鎖 16S ribosomal RNA / 16SリボソームRNA


分子量: 498725.406 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: GenBank: 1338015391
#51: RNA鎖 23S ribosomal RNA / 23SリボソームRNA


分子量: 941305.250 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: GenBank: 1036415628
#52: RNA鎖 5S ribosomal RNA / 5SリボソームRNA


分子量: 38813.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: GenBank: 1370526515
#53: RNA鎖 tRNAfMet


分子量: 24802.785 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: GenBank: 1384458579
#54: RNA鎖 mRNA / 伝令RNA


分子量: 8878.456 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

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タンパク質 , 1種, 1分子 8

#55: タンパク質 Peptide chain release factor 2 / RF-2


分子量: 42129.535 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: prfB, C4J69_20115 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A2S5ZJX2

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: tRNAfMet and RF2 bound to a rotated E. coli ribosome
タイプ: RIBOSOME / Entity ID: all / 由来: MULTIPLE SOURCES
分子量値: 2.5 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600
緩衝液pH: 7
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
撮影電子線照射量: 29.4 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 4.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 5881 / 対称性のタイプ: POINT
NMRアンサンブル登録したコンフォーマーの数: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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