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- PDB-6oec: Yeast Spc42 Trimeric Coiled-Coil Amino Acids 181-211 fused to PDB... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6oec
タイトルYeast Spc42 Trimeric Coiled-Coil Amino Acids 181-211 fused to PDB: 3H5I
要素Response regulator/sensory box protein/GGDEF domain protein,Spindle pole body component SPC42
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN (タンパク質) / Yeast Centrosome (中心体) / Spindle Pole Body / Trimeric Coiled-coil
機能・相同性
機能・相同性情報


intermediate layer of spindle pole body / central plaque of spindle pole body / spindle pole body duplication / regulation of microtubule nucleation / phosphorelay signal transduction system / structural constituent of cytoskeleton / DNA修復 / 細胞核 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Spindle pole body component Spc42 / Spindle pole body component Spc42p / Diguanylate cyclase, GGDEF domain / diguanylate cyclase / GGDEF domain profile. / GGDEF domain / PAS-associated, C-terminal / PAS domain / PAC domain profile. / Nucleotide cyclase ...Spindle pole body component Spc42 / Spindle pole body component Spc42p / Diguanylate cyclase, GGDEF domain / diguanylate cyclase / GGDEF domain profile. / GGDEF domain / PAS-associated, C-terminal / PAS domain / PAC domain profile. / Nucleotide cyclase / Response regulator receiver domain / cheY-homologous receiver domain / Signal transduction response regulator, receiver domain / Response regulatory domain profile. / CheY-like superfamily / PAS domain / PAS repeat profile. / PAS domain / PAS domain superfamily / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Spindle pole body component SPC42 / Stage 0 sporulation protein A homolog
類似検索 - 構成要素
生物種Carboxydothermus hydrogenoformans (バクテリア)
Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.514 Å
データ登録者Drennan, A.C. / Shivaani, K. / Seeger, M.A. / Andreas, M.P. / Gardner, J.M. / Sether, E.K.R. / Jasperson, S.L. / Rayment, I.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)P01GM105537 米国
引用ジャーナル: Mol.Biol.Cell / 年: 2019
タイトル: Structure and function of Spc42 coiled-coils in yeast centrosome assembly and duplication.
著者: Drennan, A.C. / Krishna, S. / Seeger, M.A. / Andreas, M.P. / Gardner, J.M. / Sether, E.K.R. / Jaspersen, S.L. / Rayment, I.
履歴
登録2019年3月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年4月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年6月12日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Response regulator/sensory box protein/GGDEF domain protein,Spindle pole body component SPC42
B: Response regulator/sensory box protein/GGDEF domain protein,Spindle pole body component SPC42
C: Response regulator/sensory box protein/GGDEF domain protein,Spindle pole body component SPC42
D: Response regulator/sensory box protein/GGDEF domain protein,Spindle pole body component SPC42
E: Response regulator/sensory box protein/GGDEF domain protein,Spindle pole body component SPC42
F: Response regulator/sensory box protein/GGDEF domain protein,Spindle pole body component SPC42
G: Response regulator/sensory box protein/GGDEF domain protein,Spindle pole body component SPC42
H: Response regulator/sensory box protein/GGDEF domain protein,Spindle pole body component SPC42
I: Response regulator/sensory box protein/GGDEF domain protein,Spindle pole body component SPC42
J: Response regulator/sensory box protein/GGDEF domain protein,Spindle pole body component SPC42
K: Response regulator/sensory box protein/GGDEF domain protein,Spindle pole body component SPC42
L: Response regulator/sensory box protein/GGDEF domain protein,Spindle pole body component SPC42
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)214,03019
ポリマ－213,74912
非ポリマー2817
水82946
1
A: Response regulator/sensory box protein/GGDEF domain protein,Spindle pole body component SPC42
B: Response regulator/sensory box protein/GGDEF domain protein,Spindle pole body component SPC42
C: Response regulator/sensory box protein/GGDEF domain protein,Spindle pole body component SPC42
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,5175
ポリマ－53,4373
非ポリマー802
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6930 Å2
ΔGint-58 kcal/mol
Surface area22270 Å2
手法PISA
2
D: Response regulator/sensory box protein/GGDEF domain protein,Spindle pole body component SPC42
E: Response regulator/sensory box protein/GGDEF domain protein,Spindle pole body component SPC42
F: Response regulator/sensory box protein/GGDEF domain protein,Spindle pole body component SPC42
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,5175
ポリマ－53,4373
非ポリマー802
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6700 Å2
ΔGint-63 kcal/mol
Surface area22010 Å2
手法PISA
3
G: Response regulator/sensory box protein/GGDEF domain protein,Spindle pole body component SPC42
H: Response regulator/sensory box protein/GGDEF domain protein,Spindle pole body component SPC42
I: Response regulator/sensory box protein/GGDEF domain protein,Spindle pole body component SPC42
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,5175
ポリマ－53,4373
非ポリマー802
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6350 Å2
ΔGint-59 kcal/mol
Surface area22020 Å2
手法PISA
4
J: Response regulator/sensory box protein/GGDEF domain protein,Spindle pole body component SPC42
K: Response regulator/sensory box protein/GGDEF domain protein,Spindle pole body component SPC42
L: Response regulator/sensory box protein/GGDEF domain protein,Spindle pole body component SPC42
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,4774
ポリマ－53,4373
非ポリマー401
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6520 Å2
ΔGint-44 kcal/mol
Surface area22340 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)133.197, 169.723, 122.028
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質
Response regulator/sensory box protein/GGDEF domain protein,Spindle pole body component SPC42


分子量: 17812.424 Da / 分子数: 12 / 変異: T193E, S195E / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Carboxydothermus hydrogenoformans (strain ATCC BAA-161 / DSM 6008 / Z-2901) (バクテリア), (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC BAA-161 / DSM 6008 / Z-2901, ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: CHY_0880, SPC42, YKL042W, YKL255 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q3ADQ4, UniProt: P36094
#2: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 46 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.77 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: Crystals grown from 1:1 mixture of 12 mg/ml protein stored in 20 mM HEPES pH 7.6, 100 mM NaCl and a well solution consiting of 100 mM PIPES pH 6.0, 10% (w/v) MEPEG 5K, 700 mM tetramethylamine chloride

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97962 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 X 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年8月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97962 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 88519 / % possible obs: 94.3 % / 冗長度: 6 % / Rmerge(I) obs: 0.094 / Rpim(I) all: 0.034 / Rrim(I) all: 0.101 / Χ2: 0.744 / Net I/σ(I): 5.3 / Num. measured all: 527628
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.5-2.592.90.26181570.6360.1560.3070.32888.1
2.59-2.693.40.23983340.7740.130.2740.36889.7
2.69-2.823.60.21481180.8630.1110.2430.40287.7
2.82-2.964.50.18988050.9280.0880.210.45194.6
2.96-3.155.10.16489010.9610.0710.180.51995.3
3.15-3.395.60.13588930.9770.0550.1470.62995.3
3.39-3.737.10.11490690.9880.0420.1220.81797.1
3.73-4.278.20.09793050.9930.0330.1030.99298.8
4.27-5.388.90.08492960.9940.0280.0890.95198.3
5.38-509.10.06396410.9980.0210.0670.83798.1

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX1.14_3260精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3H5I

3h5i


解像度: 2.514→48.142 Å / SU ML: 0.35 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.5 / 位相誤差: 23.68
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2493 4392 4.96 %
Rwork0.1949 --
obs0.1976 88485 93.61 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 119.28 Å2 / Biso mean: 45.9306 Å2 / Biso min: 10.49 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.514→48.142 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14344 0 7 46 14397
Biso mean--67.72 31.24 -
残基数----1846
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.514-2.5430.32671260.26861955208166
2.543-2.5730.30631330.25792611274489
2.573-2.60430.37181250.26442637276289
2.6043-2.63730.30171450.25632616276190
2.6373-2.6720.33341430.24262660280389
2.672-2.70860.30531500.23892651280190
2.7086-2.74730.3071270.23292644277189
2.7473-2.78830.30771260.2372581270787
2.7883-2.83190.30481400.22772570271087
2.8319-2.87830.26471560.21652781293795
2.8783-2.92790.30151560.21892791294795
2.9279-2.98110.28651660.21672803296995
2.9811-3.03850.29661390.2272836297595
3.0385-3.10050.29471490.23412819296896
3.1005-3.16790.32761420.23092870301296
3.1679-3.24160.25041250.22672856298196
3.2416-3.32260.27481590.21642865302495
3.3226-3.41240.25131320.20852827295995
3.4124-3.51280.25411330.20832799293294
3.5128-3.62620.26451500.20152933308398
3.6262-3.75570.24511560.20132959311599
3.7557-3.9060.27441350.19362984311999
3.906-4.08370.24631820.17552938312099
4.0837-4.29890.22191470.15952985313299
4.2989-4.5680.18891420.14442933307597
4.568-4.92040.19291540.14393002315699
4.9204-5.4150.20951540.16732991314599
5.415-6.19710.23111580.19023027318599
6.1971-7.80230.24961580.19643021317998
7.8023-48.15050.17591840.15183148333298

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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