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- PDB-6o9t: KirBac3.1 mutant at a resolution of 4.1 Angstroms -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6o9t
タイトルKirBac3.1 mutant at a resolution of 4.1 Angstroms
要素Inward rectifier potassium channel Kirbac3.1
キーワードMEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質)
機能・相同性
機能・相同性情報


inward rectifier potassium channel activity / monoatomic ion channel complex / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Potassium channel, inwardly rectifying, Kir, cytoplasmic / Potassium channel, inwardly rectifying, Kir / Inward rectifier potassium channel, C-terminal / Inward rectifier potassium channel C-terminal domain / Potassium channel domain / イオンチャネル / Immunoglobulin E-set
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-6E3 / : / Inward rectifier potassium channel Kirbac3.1
類似検索 - 構成要素
生物種Magnetospirillum magnetotacticum (マグネトスピリルム属)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 4.01 Å
データ登録者Gulbis, J.M. / Black, K.A. / Miller, D.M.
資金援助 オーストラリア, 1件
組織認可番号国
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia) オーストラリア
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020
タイトル: A constricted opening in Kir channels does not impede potassium conduction.
著者: Black, K.A. / He, S. / Jin, R. / Miller, D.M. / Bolla, J.R. / Clarke, O.B. / Johnson, P. / Windley, M. / Burns, C.J. / Hill, A.P. / Laver, D. / Robinson, C.V. / Smith, B.J. / Gulbis, J.M.
履歴
登録2019年3月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年5月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年12月9日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_conn_type.id
改定 1.22020年12月16日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Inward rectifier potassium channel Kirbac3.1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,0634
ポリマ－33,7931
非ポリマー2703
水0
1
A: Inward rectifier potassium channel Kirbac3.1
ヘテロ分子

A: Inward rectifier potassium channel Kirbac3.1
ヘテロ分子

A: Inward rectifier potassium channel Kirbac3.1
ヘテロ分子

A: Inward rectifier potassium channel Kirbac3.1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)136,25316
ポリマ－135,1714
非ポリマー1,08212
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_545-x,-y-1,z1
crystal symmetry operation3_445-y-1/2,x-1/2,z1
crystal symmetry operation4_545y+1/2,-x-1/2,z1
Buried area17030 Å2
ΔGint-144 kcal/mol
Surface area46270 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)103.110, 103.110, 89.270
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number90
Space group name H-MP4212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-401-

K

21A-402-

K

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要素

#1: タンパク質 Inward rectifier potassium channel Kirbac3.1


分子量: 33792.785 Da / 分子数: 1 / 変異: C71V, C119V, C262S, A133C, T136C / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Magnetospirillum magnetotacticum (マグネトスピリルム属)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: D9N164
#2: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#3: 化合物 ChemComp-6E3 / 2,3,5,6-tetramethyl-1H,7H-pyrazolo[1,2-a]pyrazole-1,7-dione / 2,3,5,6-テトラメチル-1H,7H-ピラゾロ[1,2-a]ピラゾ-ル-1,7-ジオン


分子量: 192.214 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H12N2O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.96 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 33% (v/v) PEG 400, 0.1 M MES, pH 6.5; 4% (v/v) ethylene glycol, 0.1 M NaCl

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2015年9月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.9→46.11 Å / Num. obs: 4688 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 7 % / CC1/2: 0.999 / Rrim(I) all: 0.168 / Net I/σ(I): 7.74
反射 シェル解像度: 3.9→4.14 Å / 冗長度: 6.3 % / Mean I/σ(I) obs: 1 / Num. unique obs: 702 / CC1/2: 0.33 / % possible all: 96.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.2精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
XDSデータ削減
TRUNCATEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1XL4

1xl4


解像度: 4.01→46.11 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.8761 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9283 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU Rfree Blow DPI: 0.759
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2725 195 4.49 %RANDOM
Rwork0.246 ---
obs0.2472 4340 99.56 %-
原子変位パラメータBiso max: 280.17 Å2 / Biso mean: 219.28 Å2 / Biso min: 140.79 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--4.2824 Å20 Å20 Å2
2---4.2824 Å20 Å2
3---8.5648 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 1.179 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 4.01→46.11 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2055 0 16 0 2071
Biso mean--223.25 --
残基数----274
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d661SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes41HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes343HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it2124HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd8SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion293SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact2387SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d2124HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg2907HARMONIC21.19
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.7
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion22.7
LS精密化 シェル解像度: 4.01→4.48 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 5
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2571 52 4.34 %
Rwork0.2519 1147 -
all0.2521 1199 -
obs--99.56 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
19.6819-6.7486-5.006710.75861.85672.23340.05370.03210.0818-0.03680.01590.1359-0.6243-0.0775-0.0696-0.60250.387-0.2268-0.102-0.18210.826-11.1923-23.5736.6611
26.60621.27591.95033.3799-0.692513.8738-0.0622-1.82020.94791.22690.12431.06010.0545-1.218-0.0620.62180.26180.29040.3856-0.3811-0.547-9.2904-41.955347.2484
321.9316-7.22268.43018.1776-1.41177.73880.38370.881.4039-0.5737-0.7319-0.57060.75810.3690.3482-0.4013-0.03090.20120.07910.38960.31565.4702-31.2040.5893
40.26540.1696-0.08350.4231-0.08350.2575-0.00390.01050.0051-0.00320.0036-0.0132-0.0234-0.00940.00030.3232-0.3515-0.03760.38530.25260.09766.8566-44.812924.8819
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|8 - A|26 }A8 - 26
2X-RAY DIFFRACTION2{ A|35 - A|136 }A35 - 136
3X-RAY DIFFRACTION3{ A|137 - A|295 }A137 - 295
4X-RAY DIFFRACTION4{ A|403 - A|403 }A403

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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