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- PDB-6nsq: Crystal structure of BRAF kinase domain bound to the inhibitor 2l -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6nsq
タイトルCrystal structure of BRAF kinase domain bound to the inhibitor 2l
要素Serine/threonine-protein kinase B-raf
キーワードTRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / BRAF inhibitors / SIGNALING PROTEIN / TRANSFERASE-TRANSFERASE Inhibitor complex / TRANSFERASE (転移酵素)
機能・相同性
機能・相同性情報


trehalose metabolism in response to stress / CD4-positive, alpha-beta T cell differentiation / CD4-positive or CD8-positive, alpha-beta T cell lineage commitment / negative regulation of synaptic vesicle exocytosis / head morphogenesis / Signalling to p38 via RIT and RIN / myeloid progenitor cell differentiation / ARMS-mediated activation / SHOC2 M1731 mutant abolishes MRAS complex function / Gain-of-function MRAS complexes activate RAF signaling ...trehalose metabolism in response to stress / CD4-positive, alpha-beta T cell differentiation / CD4-positive or CD8-positive, alpha-beta T cell lineage commitment / negative regulation of synaptic vesicle exocytosis / head morphogenesis / Signalling to p38 via RIT and RIN / myeloid progenitor cell differentiation / ARMS-mediated activation / SHOC2 M1731 mutant abolishes MRAS complex function / Gain-of-function MRAS complexes activate RAF signaling / endothelial cell apoptotic process / negative regulation of fibroblast migration / positive regulation of glucose transmembrane transport / establishment of protein localization to membrane / mitogen-activated protein kinase kinase binding / regulation of T cell differentiation / Negative feedback regulation of MAPK pathway / positive regulation of axonogenesis / Frs2-mediated activation / stress fiber assembly / positive regulation of axon regeneration / face development / synaptic vesicle exocytosis / somatic stem cell population maintenance / thyroid gland development / MAP kinase kinase activity / MAP kinase kinase kinase activity / negative regulation of endothelial cell apoptotic process / positive regulation of substrate adhesion-dependent cell spreading / response to cAMP / positive regulation of stress fiber assembly / ERK1 and ERK2 cascade / cellular response to calcium ion / substrate adhesion-dependent cell spreading / cellular response to nerve growth factor stimulus / thymus development / long-term synaptic potentiation / animal organ morphogenesis / Spry regulation of FGF signaling / RAF activation / Signaling by high-kinase activity BRAF mutants / visual learning / MAP2K and MAPK activation / epidermal growth factor receptor signaling pathway / response to peptide hormone / Negative regulation of MAPK pathway / Signaling by RAF1 mutants / Signaling by moderate kinase activity BRAF mutants / Paradoxical activation of RAF signaling by kinase inactive BRAF / Signaling downstream of RAS mutants / 分裂促進因子活性化タンパク質キナーゼ / Signaling by BRAF and RAF1 fusions / cellular response to xenobiotic stimulus / presynapse / positive regulation of peptidyl-serine phosphorylation / T cell differentiation in thymus / cell body / regulation of cell population proliferation / T cell receptor signaling pathway / scaffold protein binding / negative regulation of neuron apoptotic process / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / neuron projection / protein phosphorylation / protein serine kinase activity / intracellular membrane-bounded organelle / protein serine/threonine kinase activity / calcium ion binding / protein-containing complex binding / positive regulation of gene expression / negative regulation of apoptotic process / ミトコンドリア / ATP binding / identical protein binding / 細胞核 / 細胞膜 / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
Raf-like Ras-binding domain / Raf-like Ras-binding / Ras-binding domain (RBD) profile. / Raf-like Ras-binding domain / Diacylglycerol/phorbol-ester binding / Phorbol esters/diacylglycerol binding domain (C1 domain) / Zinc finger phorbol-ester/DAG-type signature. / Zinc finger phorbol-ester/DAG-type profile. / Protein kinase C conserved region 1 (C1) domains (Cysteine-rich domains) / Protein kinase C-like, phorbol ester/diacylglycerol-binding domain ...Raf-like Ras-binding domain / Raf-like Ras-binding / Ras-binding domain (RBD) profile. / Raf-like Ras-binding domain / Diacylglycerol/phorbol-ester binding / Phorbol esters/diacylglycerol binding domain (C1 domain) / Zinc finger phorbol-ester/DAG-type signature. / Zinc finger phorbol-ester/DAG-type profile. / Protein kinase C conserved region 1 (C1) domains (Cysteine-rich domains) / Protein kinase C-like, phorbol ester/diacylglycerol-binding domain / C1-like domain superfamily / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Ubiquitin-like domain superfamily / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-KZP / Serine/threonine-protein kinase B-raf
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.05 Å
データ登録者Maisonneuve, P. / Kurinov, I. / Assadieskandar, A. / Yu, C. / Zhang, C. / Sicheri, F.
引用ジャーナル: Acs Med.Chem.Lett. / 年: 2019
タイトル: Rigidification Dramatically Improves Inhibitor Selectivity for RAF Kinases.
著者: Assadieskandar, A. / Yu, C. / Maisonneuve, P. / Kurinov, I. / Sicheri, F. / Zhang, C.
履歴
登録2019年1月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年6月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年7月31日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Serine/threonine-protein kinase B-raf
A: Serine/threonine-protein kinase B-raf
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,4084
ポリマ－64,5002
非ポリマー9082
水1086
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2330 Å2
ΔGint1 kcal/mol
Surface area23290 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)62.543, 89.393, 112.982
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP22121
Space group name HallP22ab(z,x,y)
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-y,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x,-y+1/2,z+1/2
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ASPASPPHEPHE(chain 'A' and ((resid 448 through 449 and (name N...AB448 - 5959 - 156
12GLYGLYILEILE(chain 'A' and ((resid 448 through 449 and (name N...AB615 - 625176 - 186
13PROPROSERSER(chain 'A' and ((resid 448 through 449 and (name N...AB632 - 722193 - 283
24ASPASPPHEPHE(chain 'B' and (resid 448 through 492 or (resid 493...BA448 - 5959 - 156
25GLYGLYILEILE(chain 'B' and (resid 448 through 492 or (resid 493...BA615 - 625176 - 186
26PROPROSERSER(chain 'B' and (resid 448 through 492 or (resid 493...BA632 - 722193 - 283

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要素

#1: タンパク質 Serine/threonine-protein kinase B-raf / Proto-oncogene B-Raf / p94 / v-Raf murine sarcoma viral oncogene homolog B1


分子量: 32249.941 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 444-723
変異: I543A, I544S, I551K, Q562R, L588N, K630S, F667E, Y673S, A688R, L706S, Q709R, S713E, L716E, S720E, P722S, K723G
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BRAF, BRAF1, RAFB1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P15056, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物 ChemComp-KZP / 5-[(4-amino-1-ethyl-1H-pyrazolo[3,4-d]pyrimidin-3-yl)ethynyl]-N-(4-chlorophenyl)-6-methylisoquinolin-1-amine


分子量: 453.926 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C25H20ClN7
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.15 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 25% PEG 3350, 0.1M Bis-Tris Propane pH 7.75, 0.2M Sodium Malonate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年4月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.05→62.54 Å / Num. obs: 12438 / % possible obs: 98.34 % / 冗長度: 2 % / Biso Wilson estimate: 76.96 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.07208 / Rrim(I) all: 0.1019 / Net I/σ(I): 6.11
反射 シェル解像度: 3.05→3.159 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.7207 / Mean I/σ(I) obs: 0.96 / Num. unique obs: 1175 / CC1/2: 0.405 / % possible all: 94.26

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14_3260精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4R5Y

4r5y


解像度: 3.05→62.54 Å / SU ML: 0.5714 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 33.7096
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2746 636 5.13 %Random selection
Rwork0.2347 ---
obs0.2369 12406 98.34 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 85.85 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.05→62.54 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3975 0 66 6 4047
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00194136
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.49175622
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0422628
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0043711
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.30412416
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection obs% reflection obs (%)
3.05-3.1590.47560.36791167
3.159-3.290.42781160.3431227296.33
3.29-3.620.29531300.2712230998.99
3.62-4.140.27251120.2252234698.44
4.14-5.210.22741380.2039237499.33
5.21-62.560.26971400.2233246998.6
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.44431008526-3.448996913590.3520921449149.65353189081-1.241192550743.27794756621-0.449643810122-0.312694074727-0.09807429351580.8039121789860.2120084612640.266642927214-0.2963957305860.03581558972080.06756885592220.812708582732-0.0489000226078-0.09029329970991.06842600235-0.09619755290920.7541295164463.2954003458-13.174997100228.3827491626
22.59601653615-1.48452862482-3.051741742512.98593700699-1.294059339747.936302136650.134944475922-0.601834405681-0.124839435060.471928827547-0.373073059198-0.183106354329-0.07407220775410.1925338652490.1148343591590.698002346615-0.0163304505807-0.1948251555650.786429623296-0.1057798727920.504749799542-2.49909170693-16.12083692233.401691052
37.68788442636-1.985752730562.359312638537.6893654698-2.171008827715.49763215819-0.2059422720610.1556084537860.9613693683860.952849707125-0.185830539473-0.530332509038-0.5499299314010.2513838363460.4674291436040.491625991183-0.01840719494330.008355496995180.411053953953-0.0569944083970.481545023003-6.61756473927-8.9531737820.9377311081
47.365389666032.583733610351.019441114987.82868153395-4.889966405848.826964522370.1815677576720.02440894416680.4613149881620.299148842824-0.01692101246570.8088782046230.374721211031-0.826557502656-0.02964549395430.5965553680910.02407098432510.04026649475570.43944269496-0.1041092079120.620035595031-16.4324887946-10.639271890317.7304820171
55.47693976603-1.313623961580.08244022265216.256282507310.9794041349763.972454486990.123535254222-0.6944652501850.822559508580.3912647680280.1292427208341.02211260091-0.521993851449-0.354389193987-0.1861847572140.8851058242080.0796363446630.2338497531680.720246808024-0.05230211389980.950964991572-27.983103029-4.3091793315121.9483297898
64.27706665654-1.193979842082.517577656346.71058450873-2.664248941312.313681814450.3439336382520.751942086023-0.4239823536360.170615394244-0.7839554941690.4826800302921.09601085672-0.01179273736630.5173268026370.793804418812-0.2384248237550.2016519206331.02543471857-0.1255620192010.715913078793-14.8102767456-30.88507667687.08760244242
73.15548092398-3.906419201080.2330158291347.24573124432-2.059178404764.61610502176-0.2375670748240.0547915560502-0.446772283701-0.386855190438-0.01122075229540.639225683093-0.2401256921290.04058811343370.1420495966050.754287061267-0.09524880597080.1108159144780.584372856178-0.1143863173240.566292600036-9.24391103365-35.73628827059.99410415792
87.796972660061.99355290146-1.599828821087.161232438540.5495323850095.775515861540.02270942173450.4995304519850.546334023383-0.518518356908-0.1301140612910.6164512876-0.0331537430084-0.7950712918140.1835960651410.625544542250.0619413189752-0.07383802898810.693086337777-0.05037352645550.391556372664-4.41102061682-22.85692841174.52628993319
97.455740876290.07189930752891.120828772033.00308585458-1.388756754586.26360139515-0.2742345242110.5300013041770.1486686439880.3192365974740.1948770826950.05478230260620.1013687845160.203350736046-0.03524218417050.5238182591250.04559017616230.08786271889780.6135095783650.008143486670690.3703758700836.13397624375-19.89582919547.03902383355
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精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'B' and (resid 447 through 475 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'B' and (resid 476 through 507 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'B' and (resid 508 through 549 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 550 through 592 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 593 through 722 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 448 through 475 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 476 through 507 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 508 through 549 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 550 through 587 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'A' and (resid 588 through 607 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'A' and (resid 608 through 634 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'A' and (resid 635 through 722 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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