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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6nqb | ||||||
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タイトル | Role of Era in Assembly and Homeostasis of the Ribosomal Small Subunit | ||||||
要素 |
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キーワード | RIBOSOME / Ribosome assembly / 30S subunit / YjeQ protein / Era protein / cryo-electron microscopy | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 ornithine decarboxylase inhibitor activity / transcription antitermination factor activity, RNA binding / four-way junction DNA binding / negative regulation of translational initiation / mRNA regulatory element binding translation repressor activity / transcription elongation factor complex / regulation of DNA-templated transcription elongation / DNA endonuclease activity / transcription antitermination / DNA-templated transcription termination ...ornithine decarboxylase inhibitor activity / transcription antitermination factor activity, RNA binding / four-way junction DNA binding / negative regulation of translational initiation / mRNA regulatory element binding translation repressor activity / transcription elongation factor complex / regulation of DNA-templated transcription elongation / DNA endonuclease activity / transcription antitermination / DNA-templated transcription termination / maintenance of translational fidelity / mRNA 5'-UTR binding / ribosome biogenesis / regulation of translation / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / small ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit / cytoplasmic translation / tRNA binding / molecular adaptor activity / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / translation / ribonucleoprotein complex / response to antibiotic / mRNA binding / zinc ion binding / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) Escherichia coli H736 (大腸菌) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.8 Å | ||||||
データ登録者 | Ortega, J. | ||||||
資金援助 | カナダ, 1件
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引用 | ジャーナル: Nucleic Acids Res / 年: 2019 タイトル: Role of Era in assembly and homeostasis of the ribosomal small subunit. 著者: Aida Razi / Joseph H Davis / Yumeng Hao / Dushyant Jahagirdar / Brett Thurlow / Kaustuv Basu / Nikhil Jain / Josue Gomez-Blanco / Robert A Britton / Javier Vargas / Alba Guarné / Sarah A ...著者: Aida Razi / Joseph H Davis / Yumeng Hao / Dushyant Jahagirdar / Brett Thurlow / Kaustuv Basu / Nikhil Jain / Josue Gomez-Blanco / Robert A Britton / Javier Vargas / Alba Guarné / Sarah A Woodson / James R Williamson / Joaquin Ortega / 要旨: Assembly factors provide speed and directionality to the maturation process of the 30S subunit in bacteria. To gain a more precise understanding of how these proteins mediate 30S maturation, it is ...Assembly factors provide speed and directionality to the maturation process of the 30S subunit in bacteria. To gain a more precise understanding of how these proteins mediate 30S maturation, it is important to expand on studies of 30S assembly intermediates purified from bacterial strains lacking particular maturation factors. To reveal the role of the essential protein Era in the assembly of the 30S ribosomal subunit, we analyzed assembly intermediates that accumulated in Era-depleted Escherichia coli cells using quantitative mass spectrometry, high resolution cryo-electron microscopy and in-cell footprinting. Our combined approach allowed for visualization of the small subunit as it assembled and revealed that with the exception of key helices in the platform domain, all other 16S rRNA domains fold even in the absence of Era. Notably, the maturing particles did not stall while waiting for the platform domain to mature and instead re-routed their folding pathway to enable concerted maturation of other structural motifs spanning multiple rRNA domains. We also found that binding of Era to the mature 30S subunit destabilized helix 44 and the decoding center preventing binding of YjeQ, another assembly factor. This work establishes Era's role in ribosome assembly and suggests new roles in maintaining ribosome homeostasis. | ||||||
履歴 |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
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PDBx/mmCIF形式 | 6nqb.cif.gz | 952.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6nqb.ent.gz | 738.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6nqb.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6nqb_validation.pdf.gz | 908.1 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6nqb_full_validation.pdf.gz | 982.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | 6nqb_validation.xml.gz | 75.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6nqb_validation.cif.gz | 126.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nq/6nqb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nq/6nqb | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-30S ribosomal protein ... , 15種, 15分子 CJNSDEFHLOPQRTB
#1: タンパク質 | 分子量: 23078.785 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: rpsC, NCTC9094_00425 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A376HTV6, UniProt: P0A7V3*PLUS |
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#2: タンパク質 | 分子量: 11196.988 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: rpsJ, HMPREF9552_00980 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: D7X302, UniProt: P0A7R5*PLUS |
#3: タンパク質 | 分子量: 11360.276 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) 遺伝子: rpsN, C0R28_24180, D9J44_12955, ERS085374_04715, SAMEA3485113_04711 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A090BZT4, UniProt: P0AG59*PLUS |
#4: タンパク質 | 分子量: 8441.836 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli H736 (大腸菌) / 遺伝子: rpsS, ECHG_03182 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: F4SQ43 |
#6: タンパク質 | 分子量: 23383.002 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: rpsD, A1UM_03988 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: L3PZ69, UniProt: P0A7V8*PLUS |
#7: タンパク質 | 分子量: 15675.102 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: rpsE, AOX65_22485 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A1AGJ2, UniProt: P0A7W1*PLUS |
#8: タンパク質 | 分子量: 10972.643 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) 遺伝子: rpsF, B9M99_08080, BE963_12515, BMT53_12235, CIJ94_19015, D2188_21030, DTM45_20815, DU321_10545, Eco118UI_24760, ECONIH1_24970, EFV14_11625, EIA08_19855, HMPREF3040_03088, NCTC9077_05624 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A074QGH8, UniProt: P02358*PLUS |
#9: タンパク質 | 分子量: 14015.361 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: rpsH, HMPREF9530_00381 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: D8A1L7 |
#10: タンパク質 | 分子量: 13636.961 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: rpsL, EC970259_3994 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: V6FZ95 |
#11: タンパク質 | 分子量: 9944.415 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8X9M2, UniProt: P0ADZ4*PLUS |
#12: タンパク質 | 分子量: 8936.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: S0UHH0, UniProt: P0A7T3*PLUS |
#13: タンパク質 | 分子量: 9164.815 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0G3QJD8, UniProt: P0AG63*PLUS |
#14: タンパク質 | 分子量: 6109.118 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: rpsR, HMPREF9534_03906 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: D7ZI16 |
#15: タンパク質 | 分子量: 9506.190 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: rpsT, G749_00187 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: T6N332, UniProt: P0A7U7*PLUS |
#16: タンパク質 | 分子量: 24122.750 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: rpsB, HMPREF1620_04659 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: U9ZNW8, UniProt: P0A7V0*PLUS |
-RNA鎖 / 非ポリマー , 2種, 2分子 A
#17: 化合物 | ChemComp-MG / |
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#5: RNA鎖 | 分子量: 499690.031 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: 30S assembly intermediate (class P) / タイプ: RIBOSOME 詳細: 30S assembly intermediate (class P) purified from Era-depleted E.coli cells Entity ID: #1-#16 / 由来: NATURAL |
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分子量 | 値: 0.9 MDa / 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: K-12 |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | 詳細: 5 mA / グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: C-flat-2/2 |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK III / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 298.15 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 75000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 2750 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1250 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 100 µm / アライメント法: COMA FREE |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 電子線照射量: 35 e/Å2 / 検出モード: INTEGRATING フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k) |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.13_2998: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 847135 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 423567 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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