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万見
- PDB-6n9j: X-ray structure of a secreted C11 cysteine protease from Bacteroi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6n9j
タイトルX-ray structure of a secreted C11 cysteine protease from Bacteroides thetaiotaomicron in complex with an irreversible peptide inhibitor
要素
  • Clostripain-related protein
  • Covalently bound peptide inhibitor
キーワードhydrolase/hydrolase inhibitor / C11 protease / secreted (分泌) / covalent peptide inhibitor / microbiome / commensal / HYDROLASE (加水分解酵素) / hydrolase-hydrolase inhibitor complex
機能・相同性Peptidase C11, clostripain / Clostripain family / Clostripain-related protein
機能・相同性情報
生物種Bacteroides thetaiotaomicron (バクテリア)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.17 Å
データ登録者Wolan, D.W. / Gonzalez-Paez, G.E. / Roncase, E.J.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2019
タイトル: X-ray Structures of Two Bacteroides thetaiotaomicron C11 Proteases in Complex with Peptide-Based Inhibitors.
著者: Roncase, E.J. / Gonzalez-Paez, G.E. / Wolan, D.W.
履歴
登録2018年12月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年12月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年6月24日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / struct_conn
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_1 / _chem_comp_bond.atom_id_2 / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Clostripain-related protein
C: Covalently bound peptide inhibitor
B: Clostripain-related protein
D: Covalently bound peptide inhibitor


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,8594
ポリマ－85,8594
非ポリマー00
水6,251347
1
A: Clostripain-related protein
C: Covalently bound peptide inhibitor


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,9292
ポリマ－42,9292
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1160 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area13820 Å2
手法PISA
2
B: Clostripain-related protein
D: Covalently bound peptide inhibitor


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,9292
ポリマ－42,9292
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1140 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area14130 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)61.961, 98.964, 68.334
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 89.90, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Clostripain-related protein


分子量: 42445.680 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacteroides thetaiotaomicron (strain ATCC 29148 / DSM 2079 / NCTC 10582 / E50 / VPI-5482) (バクテリア)
株: ATCC 29148 / DSM 2079 / NCTC 10582 / E50 / VPI-5482 / 遺伝子: BT_1308 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): pLysS / 参照: UniProt: Q8A866
#2: タンパク質・ペプチド Covalently bound peptide inhibitor


分子量: 483.645 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 347 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.62 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 100 mM HEPES, pH 7.0, 1M LiCl, 26% PEG 6000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.9786 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年12月14日 / 詳細: Rh coated flat
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9786 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.17→49.482 Å / Num. obs: 40736 / % possible obs: 93.3 % / 冗長度: 2.9 % / Biso Wilson estimate: 18.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.119 / Rpim(I) all: 0.073 / Rrim(I) all: 0.094 / Net I/σ(I): 9.4
反射 シェル解像度: 2.17→2.24 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.238 / Num. unique obs: 3313 / Rpim(I) all: 0.179 / Rrim(I) all: 0.3 / % possible all: 76

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4YEC

4yec


解像度: 2.17→49.482 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 23.25 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2309 2097 5.15 %
Rwork0.1809 --
obs0.1835 40726 93.28 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.17→49.482 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5592 0 0 347 5939
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0075731
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.997805
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.2691989
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.039840
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051014
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1701-2.22050.23981150.17512084X-RAY DIFFRACTION75
2.2205-2.27610.27341220.18652220X-RAY DIFFRACTION81
2.2761-2.33760.24141470.19022312X-RAY DIFFRACTION86
2.3376-2.40640.2491520.1852423X-RAY DIFFRACTION89
2.4064-2.48410.2571440.18982560X-RAY DIFFRACTION93
2.4841-2.57280.2351590.19592592X-RAY DIFFRACTION95
2.5728-2.67580.26581520.19732642X-RAY DIFFRACTION96
2.6758-2.79760.26691410.19712655X-RAY DIFFRACTION96
2.7976-2.94510.24181510.19382682X-RAY DIFFRACTION98
2.9451-3.12960.24551370.19042694X-RAY DIFFRACTION98
3.1296-3.37120.23391180.18832726X-RAY DIFFRACTION98
3.3712-3.71030.21861230.16642717X-RAY DIFFRACTION98
3.7103-4.2470.20651510.16332757X-RAY DIFFRACTION99
4.247-5.34970.20991510.16172743X-RAY DIFFRACTION99
5.3497-49.49480.20521340.19052822X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.45490.01280.52421.6606-0.29310.92870.0143-0.11050.00750.00220.0173-0.25350.05290.36360.00020.1444-0.0006-0.00710.2083-0.02510.201313.7928-15.942-5.0048
21.3990.280.07150.79690.00421.43380.029-0.0520.12550.082-0.02750.06670.0162-0.12550.00180.1332-0.00370.01140.1137-0.01030.132-8.0246-17.3559-1.4844
31.6114-0.1090.06991.2886-0.43890.93780.05140.19440.0138-0.0310.0117-0.2209-0.06870.3283-0.00130.1499-0.0084-0.00860.2236-0.03230.212325.78097.2582-29.8529
41.0974-0.0193-0.01881.0402-0.02151.29390.0101-0.0016-0.0628-0.07690.00430.0889-0.0236-0.08990.00050.1357-0.0002-0.01450.1177-0.00430.12434.06458.8722-32.748
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and ((resseq 30:144))
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and ((resseq 148:396))
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'B' and ((resseq 31:146))
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and ((resseq 148:396))

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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