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- PDB-6n9e: Crystal structure of the Thermus thermophilus 70S ribosome in com... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6n9e
タイトルCrystal structure of the Thermus thermophilus 70S ribosome in complex with a short substrate mimic CC-Pmn and bound to mRNA and P-site tRNA at 3.7A resolution
要素
  • (30S Ribosomal Protein ...) x 20
  • (50S Ribosomal Protein ...) x 29
  • 16S Ribosomal RNA
  • 23S Ribosomal RNA
  • 5S Ribosomal RNA
  • CC-Pmn
  • P-site tRNA, Deacylated Initiator Methionyl-tRNA
  • mRNA
キーワードRIBOSOME / D-amino acids / ribosome structure / peptidyl transferase center / expanded genetic code / ribosome engineering
機能・相同性
機能・相同性情報


large ribosomal subunit / small ribosomal subunit / small ribosomal subunit rRNA binding / 5S rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit / cytosolic large ribosomal subunit / tRNA binding / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome ...large ribosomal subunit / small ribosomal subunit / small ribosomal subunit rRNA binding / 5S rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit / cytosolic large ribosomal subunit / tRNA binding / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / translation / ribonucleoprotein complex / response to antibiotic / zinc ion binding / metal ion binding / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
30S ribosomal protein Thx / 30S ribosomal protein Thx / 30S ribosomal protein / Ribosomal protein L25, long-form / Ribosomal protein L25, beta domain / Ribosomal protein L25, C-terminal / Ribosomal protein TL5, C-terminal domain / : / Ribosomal protein S14, type Z / Ribosomal protein L31 type A ...30S ribosomal protein Thx / 30S ribosomal protein Thx / 30S ribosomal protein / Ribosomal protein L25, long-form / Ribosomal protein L25, beta domain / Ribosomal protein L25, C-terminal / Ribosomal protein TL5, C-terminal domain / : / Ribosomal protein S14, type Z / Ribosomal protein L31 type A / Ribosomal protein L31 signature. / Ribosomal protein L31 / Ribosomal protein L31 superfamily / Ribosomal protein L31 / : / Ribosomal L25p family / Ribosomal protein L25 / Ribosomal protein L25/Gln-tRNA synthetase, N-terminal / Ribosomal protein L32p, bacterial type / Ribosomal protein L25/Gln-tRNA synthetase, anti-codon-binding domain superfamily / Ribosomal protein S12, bacterial-type / : / Ribosomal protein L28 / Ribosomal protein L33, conserved site / Ribosomal protein L33 signature. / Ribosomal protein S14/S29 / Ribosomal protein S11, bacterial-type / Ribosomal protein S13, bacterial-type / Ribosomal protein S9, bacterial/plastid / Ribosomal protein L27, conserved site / Ribosomal protein L27 signature. / 30S ribosomal protein S17 / Ribosomal protein L34, conserved site / Ribosomal protein L34 signature. / Ribosomal L28 family / Ribosomal protein L33 / Ribosomal protein L33 / Ribosomal protein L28/L24 / Ribosomal protein L33 superfamily / Ribosomal protein L30, bacterial-type / Ribosomal protein S18, conserved site / Ribosomal protein S18 signature. / Ribosomal protein S16 / Ribosomal protein S16 / Ribosomal protein S16 domain superfamily / L28p-like / Ribosomal protein S15, bacterial-type / Ribosomal protein L27 / Ribosomal L27 protein / Ribosomal proteins 50S L24/mitochondrial 39S L24 / Ribosomal L32p protein family / Ribosomal protein L32p / Ribosomal protein L24 / Ribosomal protein L34 / Ribosomal protein L34 / Ribosomal protein S18 / Ribosomal protein S18 / Ribosomal protein S18 superfamily / Ribosomal protein L30, conserved site / Ribosomal protein L30 signature. / Ribosomal protein S10, conserved site / Ribosomal protein S10 signature. / Ribosomal protein S14, conserved site / Ribosomal protein S14 signature. / Ribosomal protein S12 signature. / Ribosomal protein S12/S23 / Ribosomal protein L29, conserved site / Ribosomal protein L29 signature. / Ribosomal protein S10 / Ribosomal protein S17, conserved site / Ribosomal protein S17 signature. / Ribosomal protein S13, conserved site / Ribosomal protein S13 signature. / Ribosomal protein S13 / 30s ribosomal protein S13, C-terminal / Ribosomal protein S13/S18 / Ribosomal protein S13 family profile. / Ribosomal protein S15 signature. / Ribosomal protein S14 / Ribosomal protein S14p/S29e / Ribosomal protein S12/S23 / Ribosomal S11, conserved site / Ribosomal protein S11 signature. / Ribosomal protein S10p/S20e / Ribosomal protein S11 / Ribosomal protein S10 domain / Ribosomal protein S10 domain superfamily / Ribosomal protein S10p/S20e / Ribosomal protein S9, conserved site / Ribosomal protein S9 signature. / Ribosomal protein S13-like, H2TH / Ribosomal protein S11 / Ribosomal L29 protein / Ribosomal protein L29/L35 / Ribosomal protein L29/L35 superfamily / Ribosomal protein S9 / Ribosomal protein S9/S16 / Ribosomal protein S17/S11 / Ribosomal protein S17 / Ribosomal protein S15
類似検索 - ドメイン・相同性
IRON/SULFUR CLUSTER / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Small ribosomal subunit protein uS17 / Small ribosomal subunit protein uS12 / Small ribosomal subunit protein uS14 / Large ribosomal subunit protein bL27 / Large ribosomal subunit protein bL28 ...IRON/SULFUR CLUSTER / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Small ribosomal subunit protein uS17 / Small ribosomal subunit protein uS12 / Small ribosomal subunit protein uS14 / Large ribosomal subunit protein bL27 / Large ribosomal subunit protein bL28 / Small ribosomal subunit protein bS16 / Small ribosomal subunit protein bTHX / Small ribosomal subunit protein uS11 / Small ribosomal subunit protein uS13 / Small ribosomal subunit protein bS18 / Large ribosomal subunit protein uL30 / Large ribosomal subunit protein bL32 / Large ribosomal subunit protein bL34 / Small ribosomal subunit protein uS9 / Small ribosomal subunit protein uS10 / Small ribosomal subunit protein uS15 / Large ribosomal subunit protein uL24 / Large ribosomal subunit protein bL33 / Large ribosomal subunit protein uL29 / Large ribosomal subunit protein bL25 / Large ribosomal subunit protein bL31
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
Thermus thermophilus (バクテリア)
Enterobacteria phage T4 (ファージ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.7 Å
データ登録者Melnikov, S.V. / Khabibullina, N.F. / Mairhofer, E. / Vargas-Rodriguez, O. / Reynolds, N.M. / Micura, R. / Soll, D. / Polikanov, Y.S.
資金援助 米国, オーストリア, 3件
組織認可番号国
Illinois State Startup Funds 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)RO1-GM122560 米国
Austrian Science FundP27947 オーストリア
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2019
タイトル: Mechanistic insights into the slow peptide bond formation with D-amino acids in the ribosomal active site.
著者: Melnikov, S.V. / Khabibullina, N.F. / Mairhofer, E. / Vargas-Rodriguez, O. / Reynolds, N.M. / Micura, R. / Soll, D. / Polikanov, Y.S.
履歴
登録2018年12月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年12月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年12月19日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22019年3月13日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / pdbx_database_proc / pdbx_seq_map_depositor_info
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _pdbx_seq_map_depositor_info.one_letter_code / _pdbx_seq_map_depositor_info.one_letter_code_mod
改定 1.32019年11月6日Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: pdbx_audit_support
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_audit_support.grant_number
改定 1.42020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52023年10月11日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_PDB_ins_code / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_PDB_ins_code / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id
改定 1.62023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
1A: 23S Ribosomal RNA
1B: 5S Ribosomal RNA
1D: 50S Ribosomal Protein L2
1E: 50S Ribosomal Protein L3
1F: 50S Ribosomal Protein L4
1G: 50S Ribosomal Protein L5
1H: 50S Ribosomal Protein L6
1I: 50S Ribosomal Protein L9
1N: 50S Ribosomal Protein L13
1O: 50S Ribosomal Protein L14
1P: 50S Ribosomal Protein L15
1Q: 50S Ribosomal Protein L16
1R: 50S Ribosomal Protein L17
1S: 50S Ribosomal Protein L18
1T: 50S Ribosomal Protein L19
1U: 50S Ribosomal Protein L20
1V: 50S Ribosomal Protein L21
1W: 50S Ribosomal Protein L22
1X: 50S Ribosomal Protein L23
1Y: 50S ribosomal protein L24
1Z: 50S ribosomal protein L25
10: 50S ribosomal protein L27
11: 50S ribosomal protein L28
12: 50S ribosomal protein L29
13: 50S ribosomal protein L30
14: 50S ribosomal protein L31
15: 50S ribosomal protein L32
16: 50S ribosomal protein L33
17: 50S ribosomal protein L34
18: 50S Ribosomal Protein L35
19: 50S Ribosomal Protein L36
1a: 16S Ribosomal RNA
1b: 30S Ribosomal Protein S2
1c: 30S Ribosomal Protein S3
1d: 30S Ribosomal Protein S4
1e: 30S Ribosomal Protein S5
1f: 30S Ribosomal Protein S6
1g: 30S Ribosomal Protein S7
1h: 30S Ribosomal Protein S8
1i: 30S ribosomal protein S9
1j: 30S ribosomal protein S10
1k: 30S ribosomal protein S11
1l: 30S ribosomal protein S12
1m: 30S ribosomal protein S13
1n: 30S ribosomal protein S14 type Z
1o: 30S ribosomal protein S15
1p: 30S ribosomal protein S16
1q: 30S ribosomal protein S17
1r: 30S ribosomal protein S18
1s: 30S Ribosomal Protein S19
1t: 30S Ribosomal Protein S20
1u: 30S ribosomal protein Thx
1v: mRNA
1w: CC-Pmn
1x: P-site tRNA, Deacylated Initiator Methionyl-tRNA
2A: 23S Ribosomal RNA
2B: 5S Ribosomal RNA
2D: 50S Ribosomal Protein L2
2E: 50S Ribosomal Protein L3
2F: 50S Ribosomal Protein L4
2G: 50S Ribosomal Protein L5
2H: 50S Ribosomal Protein L6
2I: 50S Ribosomal Protein L9
2N: 50S Ribosomal Protein L13
2O: 50S Ribosomal Protein L14
2P: 50S Ribosomal Protein L15
2Q: 50S Ribosomal Protein L16
2R: 50S Ribosomal Protein L17
2S: 50S Ribosomal Protein L18
2T: 50S Ribosomal Protein L19
2U: 50S Ribosomal Protein L20
2V: 50S Ribosomal Protein L21
2W: 50S Ribosomal Protein L22
2X: 50S Ribosomal Protein L23
2Y: 50S ribosomal protein L24
2Z: 50S ribosomal protein L25
20: 50S ribosomal protein L27
21: 50S ribosomal protein L28
22: 50S ribosomal protein L29
23: 50S ribosomal protein L30
24: 50S ribosomal protein L31
25: 50S ribosomal protein L32
26: 50S ribosomal protein L33
27: 50S ribosomal protein L34
28: 50S Ribosomal Protein L35
29: 50S Ribosomal Protein L36
2a: 16S Ribosomal RNA
2b: 30S Ribosomal Protein S2
2c: 30S Ribosomal Protein S3
2d: 30S Ribosomal Protein S4
2e: 30S Ribosomal Protein S5
2f: 30S Ribosomal Protein S6
2g: 30S Ribosomal Protein S7
2h: 30S Ribosomal Protein S8
2i: 30S ribosomal protein S9
2j: 30S ribosomal protein S10
2k: 30S ribosomal protein S11
2l: 30S ribosomal protein S12
2m: 30S ribosomal protein S13
2n: 30S ribosomal protein S14 type Z
2o: 30S ribosomal protein S15
2p: 30S ribosomal protein S16
2q: 30S ribosomal protein S17
2r: 30S ribosomal protein S18
2s: 30S Ribosomal Protein S19
2t: 30S Ribosomal Protein S20
2u: 30S ribosomal protein Thx
2v: mRNA
2w: CC-Pmn
2x: P-site tRNA, Deacylated Initiator Methionyl-tRNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,434,0751280
ポリマ－4,404,490110
非ポリマー29,5851170
水2,252125
1
1A: 23S Ribosomal RNA
1B: 5S Ribosomal RNA
1D: 50S Ribosomal Protein L2
1E: 50S Ribosomal Protein L3
1F: 50S Ribosomal Protein L4
1G: 50S Ribosomal Protein L5
1H: 50S Ribosomal Protein L6
1I: 50S Ribosomal Protein L9
1N: 50S Ribosomal Protein L13
1O: 50S Ribosomal Protein L14
1P: 50S Ribosomal Protein L15
1Q: 50S Ribosomal Protein L16
1R: 50S Ribosomal Protein L17
1S: 50S Ribosomal Protein L18
1T: 50S Ribosomal Protein L19
1U: 50S Ribosomal Protein L20
1V: 50S Ribosomal Protein L21
1W: 50S Ribosomal Protein L22
1X: 50S Ribosomal Protein L23
1Y: 50S ribosomal protein L24
1Z: 50S ribosomal protein L25
10: 50S ribosomal protein L27
11: 50S ribosomal protein L28
12: 50S ribosomal protein L29
13: 50S ribosomal protein L30
14: 50S ribosomal protein L31
15: 50S ribosomal protein L32
16: 50S ribosomal protein L33
17: 50S ribosomal protein L34
18: 50S Ribosomal Protein L35
19: 50S Ribosomal Protein L36
1a: 16S Ribosomal RNA
1b: 30S Ribosomal Protein S2
1c: 30S Ribosomal Protein S3
1d: 30S Ribosomal Protein S4
1e: 30S Ribosomal Protein S5
1f: 30S Ribosomal Protein S6
1g: 30S Ribosomal Protein S7
1h: 30S Ribosomal Protein S8
1i: 30S ribosomal protein S9
1j: 30S ribosomal protein S10
1k: 30S ribosomal protein S11
1l: 30S ribosomal protein S12
1m: 30S ribosomal protein S13
1n: 30S ribosomal protein S14 type Z
1o: 30S ribosomal protein S15
1p: 30S ribosomal protein S16
1q: 30S ribosomal protein S17
1r: 30S ribosomal protein S18
1s: 30S Ribosomal Protein S19
1t: 30S Ribosomal Protein S20
1u: 30S ribosomal protein Thx
1v: mRNA
1w: CC-Pmn
1x: P-site tRNA, Deacylated Initiator Methionyl-tRNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,218,350694
ポリマ－2,202,24555
非ポリマー16,105639
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
2A: 23S Ribosomal RNA
2B: 5S Ribosomal RNA
2D: 50S Ribosomal Protein L2
2E: 50S Ribosomal Protein L3
2F: 50S Ribosomal Protein L4
2G: 50S Ribosomal Protein L5
2H: 50S Ribosomal Protein L6
2I: 50S Ribosomal Protein L9
2N: 50S Ribosomal Protein L13
2O: 50S Ribosomal Protein L14
2P: 50S Ribosomal Protein L15
2Q: 50S Ribosomal Protein L16
2R: 50S Ribosomal Protein L17
2S: 50S Ribosomal Protein L18
2T: 50S Ribosomal Protein L19
2U: 50S Ribosomal Protein L20
2V: 50S Ribosomal Protein L21
2W: 50S Ribosomal Protein L22
2X: 50S Ribosomal Protein L23
2Y: 50S ribosomal protein L24
2Z: 50S ribosomal protein L25
20: 50S ribosomal protein L27
21: 50S ribosomal protein L28
22: 50S ribosomal protein L29
23: 50S ribosomal protein L30
24: 50S ribosomal protein L31
25: 50S ribosomal protein L32
26: 50S ribosomal protein L33
27: 50S ribosomal protein L34
28: 50S Ribosomal Protein L35
29: 50S Ribosomal Protein L36
2a: 16S Ribosomal RNA
2b: 30S Ribosomal Protein S2
2c: 30S Ribosomal Protein S3
2d: 30S Ribosomal Protein S4
2e: 30S Ribosomal Protein S5
2f: 30S Ribosomal Protein S6
2g: 30S Ribosomal Protein S7
2h: 30S Ribosomal Protein S8
2i: 30S ribosomal protein S9
2j: 30S ribosomal protein S10
2k: 30S ribosomal protein S11
2l: 30S ribosomal protein S12
2m: 30S ribosomal protein S13
2n: 30S ribosomal protein S14 type Z
2o: 30S ribosomal protein S15
2p: 30S ribosomal protein S16
2q: 30S ribosomal protein S17
2r: 30S ribosomal protein S18
2s: 30S Ribosomal Protein S19
2t: 30S Ribosomal Protein S20
2u: 30S ribosomal protein Thx
2v: mRNA
2w: CC-Pmn
2x: P-site tRNA, Deacylated Initiator Methionyl-tRNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,215,725586
ポリマ－2,202,24555
非ポリマー13,480531
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)212.240, 452.840, 620.300
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

-
RNA鎖 , 6種, 12分子 1A2A1B2B1a2a1v2v1w2w1x2x

#1: RNA鎖 23S Ribosomal RNA


分子量: 948035.625 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB8
#2: RNA鎖 5S Ribosomal RNA


分子量: 39188.371 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB8
#32: RNA鎖 16S Ribosomal RNA


分子量: 493864.625 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB8
#53: RNA鎖 mRNA


分子量: 7804.735 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Synthetic 24-nt M-F-Stop mRNA / 由来: (合成) Enterobacteria phage T4 (ファージ)
#54: RNA鎖 CC-Pmn


分子量: 1098.880 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Synthetic tRNA-mimic CC-Puromycin / 由来: (合成) Escherichia coli (大腸菌)
#55: RNA鎖 P-site tRNA, Deacylated Initiator Methionyl-tRNA


分子量: 24846.902 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE-600 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): MRE-600

+
50S Ribosomal Protein ... , 29種, 58分子 1D2D1E2E1F2F1G2G1H2H1I2I1N2N1O2O1P2P1Q2Q1R2R1S2S1T2T1U2U1V2V...

#3: タンパク質 50S Ribosomal Protein L2


分子量: 30532.551 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB8
#4: タンパク質 50S Ribosomal Protein L3


分子量: 22450.213 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB8
#5: タンパク質 50S Ribosomal Protein L4


分子量: 23271.914 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB8
#6: タンパク質 50S Ribosomal Protein L5


分子量: 21061.596 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB8
#7: タンパク質 50S Ribosomal Protein L6


分子量: 19568.926 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB8
#8: タンパク質 50S Ribosomal Protein L9


分子量: 16422.180 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB8
#9: タンパク質 50S Ribosomal Protein L13


分子量: 15927.903 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB8
#10: タンパク質 50S Ribosomal Protein L14


分子量: 13323.612 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB8
#11: タンパク質 50S Ribosomal Protein L15


分子量: 16319.142 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB8
#12: タンパク質 50S Ribosomal Protein L16


分子量: 15993.909 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB8
#13: タンパク質 50S Ribosomal Protein L17


分子量: 13750.148 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB8
#14: タンパク質 50S Ribosomal Protein L18


分子量: 12639.845 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB8
#15: タンパク質 50S Ribosomal Protein L19


分子量: 17188.830 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB8
#16: タンパク質 50S Ribosomal Protein L20


分子量: 13779.275 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB8
#17: タンパク質 50S Ribosomal Protein L21


分子量: 11069.153 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB8
#18: タンパク質 50S Ribosomal Protein L22


分子量: 12808.055 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB8
#19: タンパク質 50S Ribosomal Protein L23


分子量: 10759.808 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB8
#20: タンパク質 50S ribosomal protein L24


分子量: 12085.611 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB8 / 参照: UniProt: Q56435
#21: タンパク質 50S ribosomal protein L25 / General stress protein CTC


分子量: 23238.572 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB8 / 参照: UniProt: Q72IA7
#22: タンパク質 50S ribosomal protein L27


分子量: 9529.074 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB8 / 参照: UniProt: P60493
#23: タンパク質 50S ribosomal protein L28


分子量: 11004.160 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB8 / 参照: UniProt: P60494
#24: タンパク質 50S ribosomal protein L29


分子量: 8670.258 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB8 / 参照: UniProt: Q72I12
#25: タンパク質 50S ribosomal protein L30


分子量: 6799.126 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB8 / 参照: UniProt: P74909
#26: タンパク質 50S ribosomal protein L31


分子量: 8300.543 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB8 / 参照: UniProt: Q72JR0
#27: タンパク質 50S ribosomal protein L32


分子量: 6722.050 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB8 / 参照: UniProt: P80339
#28: タンパク質 50S ribosomal protein L33


分子量: 6632.896 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB8 / 参照: UniProt: Q72GW3
#29: タンパク質・ペプチド 50S ribosomal protein L34


分子量: 6132.449 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB8 / 参照: UniProt: P80340
#30: タンパク質 50S Ribosomal Protein L35


分子量: 7506.178 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB8
#31: タンパク質・ペプチド 50S Ribosomal Protein L36


分子量: 4435.411 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB8

-
30S Ribosomal Protein ... , 20種, 40分子 1b2b1c2c1d2d1e2e1f2f1g2g1h2h1i2i1j2j1k2k1l2l1m2m1n2n1o2o1p2p...

#33: タンパク質 30S Ribosomal Protein S2


分子量: 29317.703 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB8
#34: タンパク質 30S Ribosomal Protein S3


分子量: 26751.076 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB8
#35: タンパク質 30S Ribosomal Protein S4


分子量: 24373.447 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB8
#36: タンパク質 30S Ribosomal Protein S5


分子量: 17583.416 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB8
#37: タンパク質 30S Ribosomal Protein S6


分子量: 11988.753 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB8
#38: タンパク質 30S Ribosomal Protein S7


分子量: 18050.973 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB8
#39: タンパク質 30S Ribosomal Protein S8


分子量: 15868.570 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB8
#40: タンパク質 30S ribosomal protein S9


分子量: 14410.614 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB8 / 参照: UniProt: P80374
#41: タンパク質 30S ribosomal protein S10


分子量: 11954.968 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB8 / 参照: UniProt: P80375
#42: タンパク質 30S ribosomal protein S11


分子量: 13737.868 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB8 / 参照: UniProt: P62654
#43: タンパク質 30S ribosomal protein S12


分子量: 14683.476 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB8 / 参照: UniProt: P17293
#44: タンパク質 30S ribosomal protein S13


分子量: 14338.861 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB8 / 参照: UniProt: P62655
#45: タンパク質 30S ribosomal protein S14 type Z


分子量: 7158.725 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB8 / 参照: UniProt: P24320
#46: タンパク質 30S ribosomal protein S15


分子量: 10578.407 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB8 / 参照: UniProt: P80378
#47: タンパク質 30S ribosomal protein S16


分子量: 10409.983 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB8 / 参照: UniProt: P62238
#48: タンパク質 30S ribosomal protein S17


分子量: 12325.655 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB8 / 参照: UniProt: P0DOY7
#49: タンパク質 30S ribosomal protein S18


分子量: 10258.299 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB8 / 参照: UniProt: P62659
#50: タンパク質 30S Ribosomal Protein S19


分子量: 10605.464 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB8
#51: タンパク質 30S Ribosomal Protein S20


分子量: 11736.143 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB8
#52: タンパク質・ペプチド 30S ribosomal protein Thx


分子量: 3350.030 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB8 / 参照: UniProt: P62612

-
非ポリマー , 4種, 1295分子

#56: 化合物...
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1156 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#57: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#58: 化合物 ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4
#59: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 125 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.36 % / 解説: Long needles
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.6
詳細: 0.1-0.2 M Arginine-HCl, 0.1M Tris-HCl pH 7.6, 2.5% PEG-20K, 7-12% MPD, 0.5 mM BME

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年3月24日 / 詳細: S/N 60-0112-F
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.7→146.711 Å / Num. obs: 627226 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 8.655 % / Biso Wilson estimate: 135.15 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.237 / Rrim(I) all: 0.253 / Χ2: 0.88 / Net I/σ(I): 6.87 / Num. measured all: 5428817 / Scaling rejects: 842
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
3.7-3.87.9462.5080.8836468346373458940.1882.6999
3.8-3.98.4571.9711.1637924145147448420.262.10699.3
3.9-4.018.9821.5781.4939422243948438910.3561.67999.9
4.01-4.148.9921.31.8238359242690426570.4471.38399.9
4.14-4.278.9261.0612.236975041468414220.5481.1399.9
4.27-4.428.8330.8432.7535378040091400500.6480.89999.9
4.42-4.598.7490.6843.3233767138632385940.7350.72999.9
4.59-4.788.5380.563.9231805337285372520.7950.59899.9
4.78-4.998.0580.4594.5528591335772354820.8430.49299.2
4.99-5.238.5850.3635.8629000934172337820.8990.38898.9
5.23-5.529.0820.3047.1229560532593325490.9340.32399.9
5.52-5.858.9910.2618.0527707930883308190.9510.27899.8
5.85-6.258.8980.2298.9525795929066289900.9620.24499.7
6.25-6.768.6770.19610.0623379127040269430.9730.20999.6
6.76-7.48.0140.14412.5819767724939246660.9850.15498.9
7.4-8.278.7180.11216.5719409022636222640.9920.11998.4
8.27-9.558.9580.09220.4817876820056199560.9950.09799.5
9.55-11.78.7860.06926.8914854617048169080.9970.07399.2
11.7-16.557.9590.05830.8310243313299128700.9970.06196.8
16.55-146.7118.9190.04839.2565955760773950.9970.05297.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.8.2精密化
Coot0.8.2モデル構築
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4Y4P

4y4p


解像度: 3.7→146.711 Å / SU ML: 0.59 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 28.89 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2777 31413 5.03 %
Rwork0.2367 593530 -
obs0.2388 624943 99.08 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 192.93 Å2 / Biso mean: 113.0649 Å2 / Biso min: 61.62 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.7→146.711 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数90996 195523 1309 0 287828
Biso mean--80.65 --
残基数----20658
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.003312845
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.635466494
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.03459077
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00425179
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.65166185
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3.7-3.7420.36639750.339192262020197
3.742-3.78610.37259830.3395188131979695
3.7861-3.83230.353210240.3354188781990295
3.8323-3.88080.350210160.3118196332064999
3.8808-3.93180.336310080.30161985320861100
3.9318-3.98570.352310010.30431977520776100
3.9857-4.04260.332210550.29331986920924100
4.0426-4.1030.334510610.29121978820849100
4.103-4.16710.324610730.28491985620929100
4.1671-4.23540.328610660.28451982120887100
4.2354-4.30850.317110510.28081982520876100
4.3085-4.38680.317610520.27321983220884100
4.3868-4.47120.311210220.27431986920891100
4.4712-4.56250.280810710.26541983020901100
4.5625-4.66170.301210820.25911982820910100
4.6617-4.77010.302510450.25321998021025100
4.7701-4.88940.30610790.251981220891100
4.8894-5.02160.297610100.249194302044098
5.0216-5.16940.291110820.2346197982088099
5.1694-5.33630.276210150.2291994820963100
5.3363-5.5270.259310810.21881989820979100
5.527-5.74830.264510650.21551996821033100
5.7483-6.00990.266910760.21651990820984100
6.0099-6.32680.277910640.22281993921003100
6.3268-6.72320.275110260.21721997521001100
6.7232-7.24230.251310590.2112200282108799
7.2423-7.9710.241810630.206196142067798
7.971-9.12430.263511120.21252006321175100
9.1243-11.4950.22110370.1897202012123899
11.495-146.82630.225210590.2004202722133197

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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