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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6n5x | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the SNX5 PX domain in complex with the CI-MPR (space group P212121 - Form 1) | ||||||
要素 | Sorting nexin-5,Cation-independent mannose-6-phosphate receptor | ||||||
キーワード | ENDOCYTOSIS (エンドサイトーシス) / sorting nexin / SNX / endosome (エンドソーム) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 retromer, tubulation complex / 飲作用 / cytoplasmic side of early endosome membrane / tubular endosome / macropinocytic cup / Retrograde transport at the Trans-Golgi-Network / clathrin coat / retromer complex binding / response to tetrachloromethane / insulin-like growth factor receptor activity ...retromer, tubulation complex / 飲作用 / cytoplasmic side of early endosome membrane / tubular endosome / macropinocytic cup / Retrograde transport at the Trans-Golgi-Network / clathrin coat / retromer complex binding / response to tetrachloromethane / insulin-like growth factor receptor activity / insulin-like growth factor binding / retromer complex / insulin-like growth factor II binding / trans-Golgi network transport vesicle / positive regulation by host of viral process / retinoic acid binding / retrograde transport, endosome to Golgi / lysosomal transport / phagocytic cup / Golgi Associated Vesicle Biogenesis / nuclear envelope lumen / dynactin binding / D-mannose binding / endocytic vesicle / G-protein alpha-subunit binding / regulation of macroautophagy / animal organ regeneration / response to retinoic acid / positive regulation of insulin receptor signaling pathway / 小胞 / ruffle / phosphatidylinositol binding / receptor-mediated endocytosis / post-embryonic development / secretory granule membrane / trans-Golgi network membrane / liver development / phosphoprotein binding / intracellular protein transport / clathrin-coated endocytic vesicle membrane / ゴルジ体 / cytoplasmic side of plasma membrane / late endosome / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / signaling receptor activity / Clathrin-mediated endocytosis / 精子形成 / エンドソーム / endosome membrane / エンドソーム / cadherin binding / positive regulation of apoptotic process / G protein-coupled receptor signaling pathway / ゴルジ体 / focal adhesion / intracellular membrane-bounded organelle / Neutrophil degranulation / perinuclear region of cytoplasm / positive regulation of DNA-templated transcription / ゴルジ体 / enzyme binding / 細胞膜 / シグナル伝達 / extracellular exosome / 生体膜 / identical protein binding / 細胞膜 / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.051 Å | ||||||
データ登録者 | Collins, B. / Paul, B. / Weeratunga, S. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nat.Cell Biol. / 年: 2019 タイトル: Molecular identification of a BAR domain-containing coat complex for endosomal recycling of transmembrane proteins. 著者: Simonetti, B. / Paul, B. / Chaudhari, K. / Weeratunga, S. / Steinberg, F. / Gorla, M. / Heesom, K.J. / Bashaw, G.J. / Collins, B.M. / Cullen, P.J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6n5x.cif.gz | 80.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6n5x.ent.gz | 60 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6n5x.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n5/6n5x ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n5/6n5x | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 21024.410 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SNX5, IGF2R, MPRI / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9Y5X3, UniProt: P11717 |
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#2: 化合物 | ChemComp-GOL / |
#3: 化合物 | ChemComp-JEF / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.57 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.5 詳細: 75% of 0.2 M (NH4)SO4, 0.1 M MES pH 6.5, 30% (w/v) PEG5000 MME + 15% glycerol + 40% v/v Polypropylene glycol P400 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.97803 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年11月1日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97803 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.05→48.6 Å / Num. obs: 14255 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 13.2 % / Net I/σ(I): 15.9 |
反射 シェル | 解像度: 2.05→2.11 Å |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.051→47.289 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.91 / 位相誤差: 25.7
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.051→47.289 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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