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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6mt1 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Inorganic Pyrophosphatase from Medicago truncatula (R3 crystal form) | ||||||
要素 | Soluble inorganic pyrophosphatase | ||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / pyrophosphate (ピロリン酸塩) / PPA / autoproteolysis | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 無機ピロホスファターゼ / inorganic diphosphate phosphatase activity / phosphate-containing compound metabolic process / magnesium ion binding / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Medicago truncatula (タルウマゴヤシ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.84 Å | ||||||
データ登録者 | Ruszkowski, M. / Grzechowiak, M. / Dauter, Z. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochem.J. / 年: 2019 タイトル: Crystal structures of plant inorganic pyrophosphatase, an enzyme with a moonlighting autoproteolytic activity. 著者: Grzechowiak, M. / Ruszkowski, M. / Sliwiak, J. / Szpotkowski, K. / Sikorski, M. / Jaskolski, M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6mt1.cif.gz | 161.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6mt1.ent.gz | 129.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6mt1.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mt/6mt1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mt/6mt1 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 24656.223 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Medicago truncatula (タルウマゴヤシ) 遺伝子: 25500596, MTR_8g024050 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: A0A072TMB0 #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.74 % |
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結晶化 | 温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: 1.6% Tacsimate pH 5.0, 80 mM Na Citrate tribasic pH 5.6, 12.8% PEG 3350, 20% Glycerol Bromelain 5 ug/ml MtPPA1 7.7 mg/ml |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9793 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年4月6日 |
放射 | モノクロメーター: Si (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9793 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.84→50 Å / Num. obs: 37764 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 5.6 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.045 / Rrim(I) all: 0.049 / Net I/σ(I): 17.22 |
反射 シェル | 解像度: 1.84→1.95 Å / 冗長度: 5.4 % / Rmerge(I) obs: 0.87 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique obs: 5879 / CC1/2: 0.79 / Rrim(I) all: 0.96 / % possible all: 95.7 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 4lug 解像度: 1.84→40.89 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.978 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.968 / SU B: 7.394 / SU ML: 0.101 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.108 / ESU R Free: 0.108 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 50.482 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 1.84→40.89 Å
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拘束条件 |
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