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万見
- PDB-6mec: Structure of a group II intron retroelement after DNA integration -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6mec
タイトルStructure of a group II intron retroelement after DNA integration
要素
  • Maturase reverse transcriptase
  • Sense Target DNA
  • T.el4h RNA
キーワードRNA/DNA/RNA Binding Protein / group II intron (グループIIイントロン) / retroelement / retrotransposition (トランスポゾン) / RNA-DNA-RNA Binding Protein complex
機能・相同性
機能・相同性情報


RNA-directed DNA polymerase activity / endonuclease activity / nucleic acid binding / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
Reverse transcriptase, N-terminal domain / N-terminal domain of reverse transcriptase / Group II intron, maturase-specific / Group II intron reverse transcriptase/maturase / Group II intron, maturase-specific domain / HNH endonuclease / HNH endonuclease / HNH nucleases / HNH nuclease / Reverse transcriptase (RNA-dependent DNA polymerase) ...Reverse transcriptase, N-terminal domain / N-terminal domain of reverse transcriptase / Group II intron, maturase-specific / Group II intron reverse transcriptase/maturase / Group II intron, maturase-specific domain / HNH endonuclease / HNH endonuclease / HNH nucleases / HNH nuclease / Reverse transcriptase (RNA-dependent DNA polymerase) / Reverse transcriptase domain / Reverse transcriptase (RT) catalytic domain profile. / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / DNA/RNA polymerase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
デオキシリボ核酸 / DNA (> 10) / DNA/RNA hybrid / DNA/RNA hybrid (> 10) / DNA/RNA hybrid (> 100) / Maturase reverse transcriptase
類似検索 - 構成要素
生物種Thermosynechococcus elongatus (バクテリア)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å
データ登録者Haack, D. / Yan, X. / Zhang, C. / Hingey, J. / Lyumkis, D. / Baker, T.S. / Toor, N.
資金援助 米国, 4件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)1R01GM123275 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)1R01GM033050 米国
National Institutes of Health/Office of the DirectorDP5 OD021396 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)U54GM103368 米国
引用ジャーナル: Cell / 年: 2019
タイトル: Cryo-EM Structures of a Group II Intron Reverse Splicing into DNA.
著者: Daniel B Haack / Xiaodong Yan / Cheng Zhang / Jason Hingey / Dmitry Lyumkis / Timothy S Baker / Navtej Toor /
要旨: Group II introns are a class of retroelements that invade DNA through a copy-and-paste mechanism known as retrotransposition. Their coordinated activities occur within a complex that includes a ...Group II introns are a class of retroelements that invade DNA through a copy-and-paste mechanism known as retrotransposition. Their coordinated activities occur within a complex that includes a maturase protein, which promotes splicing through an unknown mechanism. The mechanism of splice site exchange within the RNA active site during catalysis also remains unclear. We determined two cryo-EM structures at 3.6-Å resolution of a group II intron reverse splicing into DNA. These structures reveal that the branch-site domain VI helix swings 90°, enabling substrate exchange during DNA integration. The maturase assists catalysis through a transient RNA-protein contact with domain VI that positions the branch-site adenosine for lariat formation during forward splicing. These findings provide the first direct evidence of the role the maturase plays during group II intron catalysis. The domain VI dynamics closely parallel spliceosomal branch-site helix movement and provide strong evidence for a retroelement origin of the spliceosome.
履歴
登録2018年9月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年8月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年1月8日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22024年3月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_3d_fitting_list / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-9106
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: T.el4h RNA
B: Sense Target DNA
C: Maturase reverse transcriptase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)361,21555
ポリマ－359,9523
非ポリマー1,26352
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: microscopy
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: DNA/RNAハイブリッド T.el4h RNA


分子量: 280854.031 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermosynechococcus elongatus (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: DNA鎖 Sense Target DNA


分子量: 14032.991 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Thermosynechococcus elongatus (バクテリア)
#3: タンパク質 Maturase reverse transcriptase


分子量: 65065.121 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermosynechococcus elongatus (strain BP-1) (バクテリア)
株: BP-1 / 遺伝子: tll0114 / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8DMK2
#4: 化合物...
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 51 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: T.el4h group II intron retroelement / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#3 / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Thermosynechococcus elongatus (バクテリア)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
緩衝液pH: 7.5
試料濃度: 0.1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持詳細: unspecified
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
撮影電子線照射量: 58 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
phenix.real_space_refine1.15.2_3472精密化
PHENIX1.15.2_3472精密化
EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
4GctfCTF補正
7Cootモデルフィッティング
9RELION初期オイラー角割当
10RELION最終オイラー角割当
11RELION分類
12RELION３次元再構成
13PHENIXモデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 3.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 87612 / クラス平均像の数: 2 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築PDB-ID: 4R0D

4r0d


Accession code: 4R0D / Source name: PDB / タイプ: experimental model
精密化立体化学のターゲット値: CDL v1.2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.010323427
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d1.219835784
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.05784644
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.00821417
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d17.46712032

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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