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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6me0 | |||||||||||||||
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タイトル | Structure of a group II intron retroelement prior to DNA integration | |||||||||||||||
要素 |
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キーワード | RNA/DNA/Nucleic Acid Binding protein / Group II intron / Retroelement / Retrotransposition / RNA-DNA-Nucleic Acid Binding protein complex | |||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 RNA-directed DNA polymerase activity / endonuclease activity / nucleic acid binding / zinc ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||
生物種 | Thermosynechococcus elongatus (バクテリア) | |||||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å | |||||||||||||||
データ登録者 | Haack, D. / Yan, X. / Zhang, C. / Hingey, J. / Lyumkis, D. / Baker, T.S. / Toor, N. | |||||||||||||||
資金援助 | 米国, 4件
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引用 | ジャーナル: Cell / 年: 2019 タイトル: Cryo-EM Structures of a Group II Intron Reverse Splicing into DNA. 著者: Daniel B Haack / Xiaodong Yan / Cheng Zhang / Jason Hingey / Dmitry Lyumkis / Timothy S Baker / Navtej Toor / 要旨: Group II introns are a class of retroelements that invade DNA through a copy-and-paste mechanism known as retrotransposition. Their coordinated activities occur within a complex that includes a ...Group II introns are a class of retroelements that invade DNA through a copy-and-paste mechanism known as retrotransposition. Their coordinated activities occur within a complex that includes a maturase protein, which promotes splicing through an unknown mechanism. The mechanism of splice site exchange within the RNA active site during catalysis also remains unclear. We determined two cryo-EM structures at 3.6-Å resolution of a group II intron reverse splicing into DNA. These structures reveal that the branch-site domain VI helix swings 90°, enabling substrate exchange during DNA integration. The maturase assists catalysis through a transient RNA-protein contact with domain VI that positions the branch-site adenosine for lariat formation during forward splicing. These findings provide the first direct evidence of the role the maturase plays during group II intron catalysis. The domain VI dynamics closely parallel spliceosomal branch-site helix movement and provide strong evidence for a retroelement origin of the spliceosome. | |||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6me0.cif.gz | 501 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6me0.ent.gz | 373.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6me0.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6me0_validation.pdf.gz | 740.4 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6me0_full_validation.pdf.gz | 808.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | 6me0_validation.xml.gz | 47.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6me0_validation.cif.gz | 76 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/me/6me0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/me/6me0 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: RNA鎖 | 分子量: 280508.812 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Thermosynechococcus elongatus (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) | ||
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#2: DNA鎖 | 分子量: 14032.991 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 由来: (合成) Thermosynechococcus elongatus (バクテリア) | ||
#3: タンパク質 | 分子量: 65065.121 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Thermosynechococcus elongatus (strain BP-1) (バクテリア) 株: BP-1 / 遺伝子: tll0114 / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8DMK2 | ||
#4: 化合物 | ChemComp-MG / #5: 化合物 | ChemComp-NA / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: T.el4h group II intron retroelement / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#3 / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Thermosynechococcus elongatus (バクテリア) |
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 濃度: 0.1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | 詳細: unspecified |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 58 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
-解析
ソフトウェア |
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 73144 / クラス平均像の数: 2 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 4R0D Accession code: 4R0D / Source name: PDB / タイプ: experimental model | ||||||||||||||||||||||||
精密化 | 立体化学のターゲット値: CDL v1.2 | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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