[日本語] English
万見
- PDB-6mat: Cryo-EM structure of the essential ribosome assembly AAA-ATPase Rix7 -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6mat
タイトルCryo-EM structure of the essential ribosome assembly AAA-ATPase Rix7
要素
  • Rix7 mutant
  • unknown protein
キーワードRIBOSOMAL PROTEIN / AAA-ATPase
機能・相同性
機能・相同性情報


preribosome binding / ribosome biogenesis / ATP hydrolysis activity / RNA binding / ATP binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
: / AAA ATPase, AAA+ lid domain / AAA+ lid domain / ATPase, AAA-type, conserved site / AAA-protein family signature. / ATPase family associated with various cellular activities (AAA) / ATPase, AAA-type, core / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / AAA+ ATPase domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Chaetomium thermophilum (菌類)
Chaetomium thermophilum var. thermophilum DSM 1495 (菌類)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.5 Å
データ登録者Lo, Y.H. / Sobhany, M. / Hsu, A.L. / Ford, B.L. / Krahn, J.M. / Borgnia, M.J. / Stanley, R.E.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of Environmental Health Sciences (NIH/NIEHS)ZIA ES103247 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2019
タイトル: Cryo-EM structure of the essential ribosome assembly AAA-ATPase Rix7.
著者: Yu-Hua Lo / Mack Sobhany / Allen L Hsu / Brittany L Ford / Juno M Krahn / Mario J Borgnia / Robin E Stanley /
要旨: Rix7 is an essential type II AAA-ATPase required for the formation of the large ribosomal subunit. Rix7 has been proposed to utilize the power of ATP hydrolysis to drive the removal of assembly ...Rix7 is an essential type II AAA-ATPase required for the formation of the large ribosomal subunit. Rix7 has been proposed to utilize the power of ATP hydrolysis to drive the removal of assembly factors from pre-60S particles, but the mechanism of release is unknown. Rix7's mammalian homolog, NVL2 has been linked to cancer and mental illness disorders, highlighting the need to understand the molecular mechanisms of this essential machine. Here we report the cryo-EM reconstruction of the tandem AAA domains of Rix7 which form an asymmetric stacked homohexameric ring. We trapped Rix7 with a polypeptide in the central channel, revealing Rix7's role as a molecular unfoldase. The structure establishes that type II AAA-ATPases lacking the aromatic-hydrophobic motif within the first AAA domain can engage a substrate throughout the entire central channel. The structure also reveals that Rix7 contains unique post-α7 insertions within both AAA domains important for Rix7 function.
履歴
登録2018年8月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年2月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年2月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22019年12月18日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32020年7月1日Group: Refinement description / カテゴリ: refine / Item: _refine.pdbx_refine_id
改定 1.42024年3月13日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_3d_fitting_list / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type

-
構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-9063
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Rix7 mutant
B: Rix7 mutant
C: Rix7 mutant
D: Rix7 mutant
E: Rix7 mutant
F: Rix7 mutant
G: unknown protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)544,40418
ポリマ－538,8257
非ポリマー5,57911
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area53540 Å2
ΔGint-187 kcal/mol
Surface area162790 Å2

-
要素

#1: タンパク質
Rix7 mutant


分子量: 89418.266 Da / 分子数: 6 / 変異: E303Q/E602Q / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類)
株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 / 遺伝子: CTHT_0002840 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: G0RZG1
#2: タンパク質・ペプチド unknown protein


分子量: 2315.846 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Chaetomium thermophilum var. thermophilum DSM 1495 (菌類)
株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: 化合物
ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP


分子量: 507.181 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3 / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM

-
実験情報

-
実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素名称: AAA-ATPase Rix7 / タイプ: RIBOSOME / Entity ID: #1-#2 / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
緩衝液pH: 8
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのタイプ: C-flat-1.2/1.3 4C
急速凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 59000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: -2700 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: -1200 nm
撮影電子線照射量: 40 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)

-
解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
4CTFFIND4.1.10CTF補正
7Coot0.8.9.1モデルフィッティング
11RELION2.1.0分類
12RELION2.1.0３次元再構成
13CNS1.3モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 4.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 64386 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築詳細: 5C18 was used for reference restraints in refinement
原子モデル構築PDB-ID: 5FTK

5ftk


Accession code: 5FTK / Source name: PDB / タイプ: experimental model
精密化最高解像度: 4.5 Å

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る