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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6lvo | ||||||
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タイトル | Enoyl-CoA isomerase (BoECI) from Bosea sp. PAMC 26642 | ||||||
要素 | Enoyl-CoA hydratase | ||||||
キーワード | ISOMERASE (異性化酵素) / enoyl-CoA | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Bosea sp. PAMC 26642 (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.36 Å | ||||||
データ登録者 | Hwang, J. / Jung, C. / Lee, C.W. / Lee, J.H. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Microbiol / 年: 2020 タイトル: Structural and sequence comparisons of bacterial enoyl-CoA isomerase and enoyl-CoA hydratase. 著者: Hwang, J. / Jeong, C.S. / Lee, C.W. / Shin, S.C. / Kim, H.W. / Lee, S.G. / Youn, U.J. / Lee, C.S. / Oh, T.J. / Kim, H.J. / Park, H. / Park, H.H. / Lee, J.H. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6lvo.cif.gz | 57.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6lvo.ent.gz | 39.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6lvo.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lv/6lvo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lv/6lvo | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 25303.451 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Bosea sp. PAMC 26642 (バクテリア) 遺伝子: AXW83_14375 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A126P0C4 |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.92 % |
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結晶化 | 温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 0.2M zinc acetate, 0.1M imidazole (pH 8.0), 20% (v/v) 1,4-butanediol |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 200 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 5C (4A) / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2019年4月15日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.35→50 Å / Num. obs: 10379 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 33.3 % / Biso Wilson estimate: 40.78 Å2 / CC1/2: 1 / Net I/σ(I): 69.8 |
反射 シェル | 解像度: 2.35→2.39 Å / Num. unique obs: 521 / CC1/2: 0.949 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 3fdu 解像度: 2.36→46.74 Å / SU ML: 0.3056 / 交差検証法: NONE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 31.5905
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 44.24 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.36→46.74 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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