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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6lrg | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of the Ternary Complex of AgrE with Ornithine and NAD+ | ||||||
要素 | Alr4995 protein | ||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / arginine dihydrolase / bifunctional enzyme (ホスホフルクトキナーゼ2) / GME family | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 LOR/SDH bifunctional enzyme, conserved domain superfamily / : / : / Arginine dihydrolase ArgZ-like, C-terminal, Rossmann fold / Arginine dihydrolase ArgZ-like, C-terminal, first region / Conserved hypothetical protein CHP00300 / LOR/SDH bifunctional enzyme, conserved domain / LOR/SDH bifunctional enzyme conserved region / N,N dimethylarginine dimethylhydrolase, eukaryotic / Arginine deiminase 類似検索 - ドメイン・相同性 | ||||||
生物種 | Nostoc sp. (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4121811586 Å | ||||||
データ登録者 | Lee, H. / Rhee, S. | ||||||
資金援助 | 韓国, 1件
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引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2020 タイトル: Structural and mutational analyses of the bifunctional arginine dihydrolase and ornithine cyclodeaminase AgrE from the cyanobacteriumAnabaena. 著者: Lee, H. / Rhee, S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6lrg.cif.gz | 336 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6lrg.ent.gz | 218.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6lrg.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lr/6lrg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lr/6lrg | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 78067.219 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Nostoc sp. (strain PCC 7120 / SAG 25.82 / UTEX 2576) (バクテリア) 株: PCC 7120 / SAG 25.82 / UTEX 2576 / 遺伝子: alr4995 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8YMD9 #2: 化合物 | ChemComp-NAD / | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.9 % |
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結晶化 | 温度: 295.15 K / 手法: 蒸気拡散法 詳細: sodium acetate, sodium citrate (pH5.5), PEG4000, glycerol |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 11C / 波長: 0.979 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2019年10月30日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.979 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.4→50 Å / Num. obs: 71345 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 5.8 % / Biso Wilson estimate: 28.6547168205 Å2 / CC1/2: 0.967 / Net I/σ(I): 9.77 |
反射 シェル | 解像度: 2.4→2.49 Å / Num. unique obs: 7051 / CC1/2: 0.535 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 6LRF 解像度: 2.4121811586→46.7322103795 Å / SU ML: 0.300364896667 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.32630767749 / 位相誤差: 24.8930398103
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 33.2448740933 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.4121811586→46.7322103795 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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