+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6lms | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Solution NMR structure cold shock domain of YB1 from Homo sapiens | ||||||
要素 | Y-box-binding protein 1 | ||||||
キーワード | TRANSCRIPTION (転写 (生物学)) / CSD / DNA binding (デオキシリボ核酸) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 tRNA transport / CRD-mediated mRNA stability complex / C5-methylcytidine-containing RNA reader activity / miRNA transport / negative regulation of striated muscle cell differentiation / RNA transport / Noncanonical activation of NOTCH3 / negative regulation of nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay / CRD-mediated mRNA stabilization / protein localization to cytoplasmic stress granule ...tRNA transport / CRD-mediated mRNA stability complex / C5-methylcytidine-containing RNA reader activity / miRNA transport / negative regulation of striated muscle cell differentiation / RNA transport / Noncanonical activation of NOTCH3 / negative regulation of nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay / CRD-mediated mRNA stabilization / protein localization to cytoplasmic stress granule / messenger ribonucleoprotein complex / histone pre-mRNA 3'end processing complex / embryonic morphogenesis / U12-type spliceosomal complex / positive regulation of cytoplasmic translation / mRNA stabilization / cellular response to interleukin-7 / miRNA binding / mRNA Splicing - Minor Pathway / negative regulation of cellular senescence / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / positive regulation of cell division / epidermis development / mRNA Splicing - Major Pathway / RNA splicing / P-body / SMAD2/SMAD3:SMAD4 heterotrimer regulates transcription / 転写後修飾 / cytoplasmic stress granule / Interferon gamma signaling / sequence-specific double-stranded DNA binding / single-stranded DNA binding / GTPase binding / double-stranded DNA binding / 遺伝子発現の調節 / in utero embryonic development / negative regulation of translation / nucleic acid binding / ribonucleoprotein complex / mRNA binding / intracellular membrane-bounded organelle / シナプス / chromatin binding / regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / 小胞体 / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / RNA binding / extracellular exosome / extracellular region / 核質 / 細胞核 / 細胞膜 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | 溶液NMR / simulated annealing | ||||||
データ登録者 | Li, S. / Zhang, J. / Yang, Y. | ||||||
資金援助 | 中国, 1件
| ||||||
引用 | ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2020 タイトル: Structural basis of DNA binding to human YB-1 cold shock domain regulated by phosphorylation. 著者: Zhang, J. / Fan, J.S. / Li, S. / Yang, Y. / Sun, P. / Zhu, Q. / Wang, J. / Jiang, B. / Yang, D. / Liu, M. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6lms.cif.gz | 541.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb6lms.ent.gz | 453.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6lms.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lm/6lms ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lm/6lms | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
関連構造データ | 6lmrC C: 同じ文献を引用 (文献) |
---|---|
類似構造データ | |
その他のデータベース |
|
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| |||||||||
NMR アンサンブル |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 11600.004 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: YBX1, NSEP1, YB1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P67809 |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
NMR実験 |
|
-試料調製
詳細 | タイプ: solution 内容: 0.8 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] YB1, 90% H2O/10% D2O Label: 13C, 15N_sample / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O |
---|---|
試料 | 濃度: 0.8 mM / 構成要素: YB1 / Isotopic labeling: [U-100% 13C; U-100% 15N] |
試料状態 | 詳細: 0.8 mM, 20 mM PBS, 50 mM NaCl, 1 mM EDTA / イオン強度: 50 mM / Ionic strength err: 0.2 / Label: conditions_1 / pH: 7.4 / PH err: 0.05 / 圧: 1 atm / Pressure err: 0.01 / 温度: 298 K / Temperature err: 0.1 |
-NMR測定
NMRスペクトロメーター |
|
---|
-解析
NMR software |
| |||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1 / 詳細: eefx force-field | |||||||||||||||
代表構造 | 選択基準: medoid | |||||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20 |