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- PDB-6ljk: Crystal structure of human Sirt5 in complex with an internally qu... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ljk
タイトルCrystal structure of human Sirt5 in complex with an internally quenched fluorescent substrate GluIQF
要素
  • BE2-SER-ALA-ILE-LYS-SER-NIY-GLY-SET
  • NAD-dependent protein deacylase sirtuin-5, mitochondrial
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / Sirt5 / inhibitor (酵素阻害剤) / HYDROLASE (加水分解酵素)
機能・相同性
機能・相同性情報


protein demalonylation / protein deglutarylation / regulation of ketone biosynthetic process / peptidyl-lysine demalonylation / protein desuccinylation / peptidyl-lysine desuccinylation / protein-glutaryllysine deglutarylase activity / protein-malonyllysine demalonylase activity / protein-succinyllysine desuccinylase activity / NAD-dependent protein lysine deacetylase activity ...protein demalonylation / protein deglutarylation / regulation of ketone biosynthetic process / peptidyl-lysine demalonylation / protein desuccinylation / peptidyl-lysine desuccinylation / protein-glutaryllysine deglutarylase activity / protein-malonyllysine demalonylase activity / protein-succinyllysine desuccinylase activity / NAD-dependent protein lysine deacetylase activity / protein deacetylation / negative regulation of cardiac muscle cell apoptotic process / NAD+ binding / negative regulation of reactive oxygen species metabolic process / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの / mitochondrion organization / response to nutrient levels / Transcriptional activation of mitochondrial biogenesis / ミトコンドリア / transferase activity / ミトコンドリアマトリックス / ミトコンドリア / zinc ion binding / 細胞核 / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
Sirtuin, class III / Sirtuin, catalytic core small domain superfamily / Sirtuin family / Sir2 family / Sirtuin family, catalytic core domain / Sirtuin catalytic domain profile. / DHS-like NAD/FAD-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
グルタル酸 / NAD-dependent protein deacylase sirtuin-5, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.394 Å
データ登録者Chen, Q. / Yu, Y.
引用ジャーナル: Eur.J.Med.Chem. / 年: 2020
タイトル: Sensitive fluorogenic substrates for sirtuin deacylase inhibitor discovery.
著者: Yang, L.L. / Wang, H.L. / Yan, Y.H. / Liu, S. / Yu, Z.J. / Huang, M.Y. / Luo, Y. / Zheng, X. / Yu, Y. / Li, G.B.
履歴
登録2019年12月17日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年12月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_validate_main_chain_plane / pdbx_validate_rmsd_angle / struct_conn
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.12023年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NAD-dependent protein deacylase sirtuin-5, mitochondrial
B: BE2-SER-ALA-ILE-LYS-SER-NIY-GLY-SET
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,7655
ポリマ－30,5452
非ポリマー2213
水6,990388
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1950 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area12470 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)33.997, 72.754, 55.876
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 97.060, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 NAD-dependent protein deacylase sirtuin-5, mitochondrial / Regulatory protein SIR2 homolog 5 / SIR2-like protein 5


分子量: 29568.674 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SIRT5, SIR2L5 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q9NXA8, 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの
#2: タンパク質・ペプチド BE2-SER-ALA-ILE-LYS-SER-NIY-GLY-SET


分子量: 976.022 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

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非ポリマー , 4種, 391分子

#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 化合物 ChemComp-GUA / GLUTARIC ACID / グルタル酸 / グルタル酸


分子量: 132.115 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H8O4
#6: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 388 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.25 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 25%-27% (v/v) PEG 3350, 0.1 M MES, pH 5.5-6.0, 0.1-0.2 M NaCl
PH範囲: 5.5-6.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.9789 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年12月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9789 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.39→44.102 Å / Num. obs: 47791 / % possible obs: 88.84 % / 冗長度: 4.02 % / Biso Wilson estimate: 10.14 Å2 / CC1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 17.24
反射 シェル解像度: 1.39→1.48 Å / Num. unique obs: 7194 / CC1/2: 0.97

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.10.1_2155精密化
XDSデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5XHS

5xhs


解像度: 1.394→44.102 Å / SU ML: 0.12 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.44 / 位相誤差: 14.57
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1582 1431 3 %
Rwork0.1222 --
obs0.1233 47773 88.81 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 65.47 Å2 / Biso mean: 15.0322 Å2 / Biso min: 3.3 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.394→44.102 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2058 0 146 391 2595
Biso mean--22.09 28.58 -
残基数----269
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0092310
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.113147
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.082337
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007423
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.441837
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.394-1.44390.16821250.1521405978
1.4439-1.50170.17281440.1259468390
1.5017-1.570.16191380.0987447786
1.57-1.65280.13561450.0968469990
1.6528-1.75640.14691460.1034474791
1.7564-1.8920.14681400.1076450787
1.892-2.08240.14861490.1063484393
2.0824-2.38370.14691440.1109465289
2.3837-3.00310.15311510.1238488794
3.0031-44.10.18091490.151478890

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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