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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6ldf | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the Zn-directed tetramer of the engineered cyt cb 562 variant, C96K AB5 | ||||||
要素 | engineered cyt cb 562 variant, C96K AB5 | ||||||
キーワード | ELECTRON TRANSPORT (電子伝達系) / Artificial enzyme (人工酵素) / Metallohydrolase / Directed evolution / METAL BINDING PROTEIN | ||||||
機能・相同性 | HEME C 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.35 Å | ||||||
データ登録者 | Song, W.J. / Yu, J. | ||||||
資金援助 | 韓国, 1件
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引用 | ジャーナル: Chem Sci / 年: 2021 タイトル: Symmetry-related residues as promising hotspots for the evolution of de novo oligomeric enzymes. 著者: Yu, J. / Yang, J. / Seok, C. / Song, W.J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6ldf.cif.gz | 64 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6ldf.ent.gz | 45.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6ldf.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ld/6ldf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ld/6ldf | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 11848.258 Da / 分子数: 2 / 変異: variant, C96K / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) #2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-ZN / #4: 化合物 | ChemComp-CL / #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.92 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 45% (+/-)-2-methyl-2,4-pentanediol (MPD), 100 mM bis-tris, 200 mM sodium chloride |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 11C / 波長: 0.979 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年10月19日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.979 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.35→28.62 Å / Num. obs: 9893 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 39.4 % / Rsym value: 0.108 / Net I/σ(I): 95.02 |
反射 シェル | 解像度: 2.35→2.39 Å / Num. unique obs: 470 / Rsym value: 0.433 |
-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 3QI5 解像度: 2.35→28.62 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.925 / SU B: 7.12 / SU ML: 0.17 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.412 / ESU R Free: 0.263 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 115.45 Å2 / Biso mean: 48.278 Å2 / Biso min: 18.71 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.35→28.62 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.354→2.415 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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