PDB-6lag: Solution structure of SPA-2 SHD

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6lag

タイトル

Solution structure of SPA-2 SHD

要素

Spa2-like protein

キーワード

SIGNALING PROTEIN / SHD / SPA-2 / GIT-PIX / polarity

機能・相同性

Protein Spa2/Sph1 / cell cortex of growing cell tip / GIT, Spa2 homology (SHD) domain / Spa2 homology domain (SHD) of GIT / Helical motif in the GIT family of ADP-ribosylation factor GTPase-activating proteins / actomyosin contractile ring / MAP-kinase scaffold activity / Spa2-like protein

機能・相同性情報

生物種

Neurospora crassa (アカパンカビ)

手法

溶液NMR /

simulated annealing

データ登録者

Fan, J.S. / Wong, J.Y. / Zheng, P. / Yang, D. / Jedd, G.

資金援助

シンガポール, 1件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020
タイトル: Spitzenkorper assembly mechanisms reveal conserved features of fungal and metazoan polarity scaffolds.
著者: Zheng, P. / Nguyen, T.A. / Wong, J.Y. / Lee, M. / Nguyen, T.A. / Fan, J.S. / Yang, D. / Jedd, G.

履歴

登録	2019年11月12日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2020年4月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年11月11日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2023年6月14日	Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.3	2024年5月15日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6lag.cif.gz	854.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6lag.ent.gz	721.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6lag.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/la/6lag ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/la/6lag	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	4oa5-5 5jez-d 5kci-d 1jeo-d 4oa5-3 6zbo-2 6qgv-d 1rbz-2 5jf4-d 4oa5-4 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	BMRB: 36299

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Spa2-like protein

17.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 100	structures with the lowest energy
代表モデル	モデル #1	closest to the average

#1: タンパク質	Spa2-like protein / SPA-2 分子量: 17781.943 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Neurospora crassa (アカパンカビ) 遺伝子: spa2, NCU03115 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: V5IQM7

-
実験

実験

手法:

溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	Sample state	Spectrometer-ID	タイプ
1	1	1	isotropic	1	2D 1H-15N HSQC
1	2	1	isotropic	1	3D HNCA
1	3	1	isotropic	1	3D HN(CO)CA
1	4	1	isotropic	1	3D (H)CCH-TOCSY
1	5	1	isotropic	1	4D NOESY

-
試料調製

詳細	タイプ: solution / 内容: 2 mM [U-13C; U-15N] SHD, 90% H2O/10% D2O / Label: 13C,15N_labeled sample / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料	濃度: 2 mM / 構成要素: SHD / Isotopic labeling: [U-13C; U-15N]
試料状態	イオン強度: 10 mM / Ionic strength err: 0.1 / Label: condition_1 / pH: 6.5 / PH err: 0.05 / 圧: 1 atm / Pressure err: 0.01 / 温度: 298 K / Temperature err: 0.1

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Bruker AVANCE / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 800 MHz / 詳細: with cryoprobe

-
解析

NMR software

名称	開発者	分類
TopSpin	Bruker Biospin	collection
NMRDraw	Delaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax	解析
Sparky	Goddard	データ解析
X-PLOR NIH	Schwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore	structure calculation
X-PLOR NIH	Schwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore	精密化

精密化

手法:

simulated annealing / ソフトェア番号: 5

代表構造

選択基準: closest to the average

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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