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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6l6o | ||||||
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タイトル | Crystal structure of stabilized Rab5a GTPase domain from Leishmania donovani | ||||||
要素 | Rab5a | ||||||
キーワード | ENDOCYTOSIS (エンドサイトーシス) / Intracellular trafficking / GTPase (GTPアーゼ) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Leishmania donovani (ドノバンリーシュマニア) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å | ||||||
データ登録者 | Arora, A. / Zohib, M. / Biswal, B.K. / Maheshwari, D. / Pal, R.K. | ||||||
資金援助 | インド, 1件
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引用 | ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2020 タイトル: Crystal structure of the GDP-bound GTPase domain of Rab5a from Leishmania donovani. 著者: Zohib, M. / Maheshwari, D. / Pal, R.K. / Freitag-Pohl, S. / Biswal, B.K. / Pohl, E. / Arora, A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6l6o.cif.gz | 86.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6l6o.ent.gz | 62 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6l6o.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l6/6l6o ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l6/6l6o | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 2heiS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 19382.002 Da / 分子数: 1 / 変異: P58D, P59G, Q92L, C107S / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: residue 60-79 deletion 由来: (組換発現) Leishmania donovani (ドノバンリーシュマニア) 遺伝子: Rab5a / プラスミド: pGEX4T1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: A0A109NYM0 |
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-非ポリマー , 5種, 128分子
#2: 化合物 | ChemComp-GDP / |
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#3: 化合物 | ChemComp-GOL / |
#4: 化合物 | ChemComp-ACT / |
#5: 化合物 | ChemComp-MG / |
#6: 水 | ChemComp-HOH / |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.8 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 200mM Ammonium Acetate, 100mM Tris HCl, pH 8.5 15% PEG 3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / 波長: 1.54178 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2019年5月10日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1.54178 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.8→35 Å / Num. obs: 19056 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 15.1 % / Rmerge(I) obs: 0.057 / Rpim(I) all: 0.015 / Rrim(I) all: 0.059 / Χ2: 1.315 / Net I/σ(I): 16 / Num. measured all: 287720 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 2HEI 解像度: 1.8→24.42 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.973 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.96 / SU B: 5.151 / SU ML: 0.079 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.104 / ESU R Free: 0.106 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 87.71 Å2 / Biso mean: 35.103 Å2 / Biso min: 21.94 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.8→24.42 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.801→1.848 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: -23.061 Å / Origin y: 20.903 Å / Origin z: -13.316 Å
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精密化 TLSグループ |
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