+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6l4a | |||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | H3-H3-H3 tri-nucleosome with the 22 base-pair linker DNA | |||||||||||||||||||||
![]() |
| |||||||||||||||||||||
![]() | ![]() ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||
機能・相同性 | ![]() negative regulation of megakaryocyte differentiation / CENP-A containing nucleosome assembly / negative regulation of tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / DNA replication-independent nucleosome assembly / telomere capping / interleukin-7-mediated signaling pathway / chromatin silencing / telomere organization / DNA replication-dependent nucleosome assembly / nucleosome => GO:0000786 ...negative regulation of megakaryocyte differentiation / CENP-A containing nucleosome assembly / negative regulation of tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / DNA replication-independent nucleosome assembly / telomere capping / interleukin-7-mediated signaling pathway / chromatin silencing / telomere organization / DNA replication-dependent nucleosome assembly / nucleosome => GO:0000786 / ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||
生物種 | ![]() ![]() synthetic construct (人工物) | |||||||||||||||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||
![]() | Takizawa, Y. / Ho, C.-H. / Tachiwana, H. / Matsunami, H. / Ohi, M. / Wolf, M. / Kurumizaka, H. | |||||||||||||||||||||
資金援助 | ![]()
| |||||||||||||||||||||
![]() | ![]() タイトル: Cryo-EM Structures of Centromeric Tri-nucleosomes Containing a Central CENP-A Nucleosome. 著者: Yoshimasa Takizawa / Cheng-Han Ho / Hiroaki Tachiwana / Hideyuki Matsunami / Wataru Kobayashi / Midori Suzuki / Yasuhiro Arimura / Tetsuya Hori / Tatsuo Fukagawa / Melanie D Ohi / Matthias ...著者: Yoshimasa Takizawa / Cheng-Han Ho / Hiroaki Tachiwana / Hideyuki Matsunami / Wataru Kobayashi / Midori Suzuki / Yasuhiro Arimura / Tetsuya Hori / Tatsuo Fukagawa / Melanie D Ohi / Matthias Wolf / Hitoshi Kurumizaka / ![]() ![]() 要旨: The histone H3 variant CENP-A is a crucial epigenetic marker for centromere specification. CENP-A forms a characteristic nucleosome and dictates the higher-order configuration of centromeric ...The histone H3 variant CENP-A is a crucial epigenetic marker for centromere specification. CENP-A forms a characteristic nucleosome and dictates the higher-order configuration of centromeric chromatin. However, little is known about how the CENP-A nucleosome affects the architecture of centromeric chromatin. In this study, we reconstituted tri-nucleosomes mimicking a centromeric nucleosome arrangement containing the CENP-A nucleosome, and determined their 3D structures by cryoelectron microscopy. The H3-CENP-A-H3 tri-nucleosomes adopt an untwisted architecture, with an outward-facing linker DNA path between nucleosomes. This is distinct from the H3-H3-H3 tri-nucleosome architecture, with an inward-facing DNA path. Intriguingly, the untwisted architecture may allow the CENP-A nucleosome to be exposed to the solvent in the condensed chromatin model. These results provide a structural basis for understanding the 3D configuration of CENP-A-containing chromatin, and may explain how centromeric proteins can specifically target the CENP-A nucleosomes buried in robust amounts of H3 nucleosomes in centromeres. | |||||||||||||||||||||
構造検証レポート | ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
ムービー |
![]() |
---|---|
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmcif形式 | ![]() ![]() ![]() |
---|---|
PDB形式 | ![]() ![]() |
PDBML Plus | ![]() |
その他 | ![]() |
-関連構造データ
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
|
---|---|
1 |
|
-
要素
-タンパク質 , 4種, 24分子 AEKOSWBFLPTXCGMQUYDHNRVZ
#1: タンパク質 | ![]() 分子量: 15719.445 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: HIST1H3A, H3FA, HIST1H3B, H3FL, HIST1H3C, H3FC, HIST1H3D, H3FB, HIST1H3E, H3FD, HIST1H3F, H3FI, HIST1H3G, H3FH, HIST1H3H, H3FK, HIST1H3I, H3FF, HIST1H3J, H3FJ 発現宿主: ![]() ![]() ![]() #2: タンパク質 | ![]() 分子量: 11676.703 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: HIST1H4A, H4/A, H4FA, HIST1H4B, H4/I, H4FI, HIST1H4C, H4/G, H4FG, HIST1H4D, H4/B, H4FB, HIST1H4E, H4/J, H4FJ, HIST1H4F, H4/C, H4FC, HIST1H4H, H4/H, H4FH, HIST1H4I, H4/M, H4FM, HIST1H4J, ...遺伝子: HIST1H4A, H4/A, H4FA, HIST1H4B, H4/I, H4FI, HIST1H4C, H4/G, H4FG, HIST1H4D, H4/B, H4FB, HIST1H4E, H4/J, H4FJ, HIST1H4F, H4/C, H4FC, HIST1H4H, H4/H, H4FH, HIST1H4I, H4/M, H4FM, HIST1H4J, H4/E, H4FE, HIST1H4K, H4/D, H4FD, HIST1H4L, H4/K, H4FK, HIST2H4A, H4/N, H4F2, H4FN, HIST2H4, HIST2H4B, H4/O, H4FO, HIST4H4 発現宿主: ![]() ![]() ![]() #3: タンパク質 | 分子量: 14447.825 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() #4: タンパク質 | 分子量: 14217.516 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() |
---|
-DNA鎖 , 2種, 2分子 IJ
#5: DNA鎖 | 分子量: 149214.703 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
---|---|
#6: DNA鎖 | 分子量: 150401.328 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|---|
EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: ![]() |
-
試料調製
構成要素 | 名称: H3-H3-H3 tri-nucleosome with the 22 base-pair linker DNA タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#6 / 由来: RECOMBINANT |
---|---|
分子量 | 値: 0.6 kDa/nm / 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
由来(組換発現) | 生物種: ![]() ![]() ![]() |
緩衝液 | pH: 7.8 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色![]() ![]() 詳細: H3-H3-H3 tri-nucleosome with the 22 base-pair linker DNA |
試料支持 | グリッドの材料: ![]() |
急速凍結![]() | 凍結剤: ETHANE |
-
電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company |
---|---|
顕微鏡 | モデル: FEI TALOS ARCTICA |
電子銃 | 電子線源![]() ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD![]() |
撮影 | 電子線照射量: 80 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) |
-
解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: (1.14_3260: phenix.real_space_refine) / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
EMソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||
CTF補正![]() | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成![]() | 解像度: 12.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 7312 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: RIGID BODY FIT |