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- PDB-6l4a: H3-H3-H3 tri-nucleosome with the 22 base-pair linker DNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6l4a
タイトルH3-H3-H3 tri-nucleosome with the 22 base-pair linker DNA
要素
  • (DNA (485-MER)) x 2
  • Histone H2A type 1-B/E
  • Histone H2B type 1-J
  • Histone H3.1ヒストンH3
  • Histone H4
キーワードNUCLEAR PROTEIN / Chromatin (クロマチン) / Nucleosome (ヌクレオソーム) / Centromere (セントロメア)
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of megakaryocyte differentiation / CENP-A containing nucleosome assembly / negative regulation of tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / DNA replication-independent nucleosome assembly / telomere capping / interleukin-7-mediated signaling pathway / chromatin silencing / telomere organization / DNA replication-dependent nucleosome assembly / nucleosome => GO:0000786 ...negative regulation of megakaryocyte differentiation / CENP-A containing nucleosome assembly / negative regulation of tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / DNA replication-independent nucleosome assembly / telomere capping / interleukin-7-mediated signaling pathway / chromatin silencing / telomere organization / DNA replication-dependent nucleosome assembly / nucleosome => GO:0000786 / innate immune response in mucosa / rDNA heterochromatin assembly / negative regulation of gene expression, epigenetic / regulation of gene silencing / regulation of gene silencing by miRNA / nuclear chromosome / DNA-templated transcription, initiation / regulation of megakaryocyte differentiation / nucleosome assembly / ヌクレオソーム / lipopolysaccharide binding / double-strand break repair via nonhomologous end joining / chromatin organization / chromosome, telomeric region => GO:0000781 / killing of cells of other organism / antibacterial humoral response / antimicrobial humoral immune response mediated by antimicrobial peptide / 凝固・線溶系 / protein ubiquitination / cadherin binding / protein heterodimerization activity / defense response to Gram-negative bacterium / defense response to Gram-positive bacterium / negative regulation of cell population proliferation / chromatin => GO:0000785 / protein domain specific binding / cellular protein metabolic process / protein-containing complex / RNA binding / DNA binding / extracellular space / extracellular exosome / 生体膜 / extracellular region / 核質 / 細胞核 / 細胞質基質
C-terminus of histone H2A / Histone H4, conserved site / Histone H3/CENP-A / Histone H2B / Histone H4 / Histone H2A / Histone H2A/H2B/H3 / Histone-fold / TATA box binding protein associated factor (TAF) / Histone H2A, C-terminal domain ...C-terminus of histone H2A / Histone H4, conserved site / Histone H3/CENP-A / Histone H2B / Histone H4 / Histone H2A / Histone H2A/H2B/H3 / Histone-fold / TATA box binding protein associated factor (TAF) / Histone H2A, C-terminal domain / Histone H2A conserved site / CENP-T/Histone H4, histone fold / Core histone H2A/H2B/H3/H4 / Centromere kinetochore component CENP-T histone fold
Histone H2A type 1-B/E / Histone H2B type 1-J / Histone H4 / ヒストンH3
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 12.3 Å
データ登録者Takizawa, Y. / Ho, C.-H. / Tachiwana, H. / Matsunami, H. / Ohi, M. / Wolf, M. / Kurumizaka, H.
資金援助 日本, 6件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of ScienceJP18H05534 日本
Japan Society for the Promotion of ScienceJP17H01408 日本
Japan Society for the Promotion of ScienceJP17H05013 日本
Japan Society for the Promotion of Science17H06167 日本
Japan Society for the Promotion of Science15H05972 日本
Japan Society for the Promotion of ScienceJP19K06522 日本
引用ジャーナル: Structure / 年: 2020
タイトル: Cryo-EM Structures of Centromeric Tri-nucleosomes Containing a Central CENP-A Nucleosome.
著者: Yoshimasa Takizawa / Cheng-Han Ho / Hiroaki Tachiwana / Hideyuki Matsunami / Wataru Kobayashi / Midori Suzuki / Yasuhiro Arimura / Tetsuya Hori / Tatsuo Fukagawa / Melanie D Ohi / Matthias ...著者: Yoshimasa Takizawa / Cheng-Han Ho / Hiroaki Tachiwana / Hideyuki Matsunami / Wataru Kobayashi / Midori Suzuki / Yasuhiro Arimura / Tetsuya Hori / Tatsuo Fukagawa / Melanie D Ohi / Matthias Wolf / Hitoshi Kurumizaka /
要旨: The histone H3 variant CENP-A is a crucial epigenetic marker for centromere specification. CENP-A forms a characteristic nucleosome and dictates the higher-order configuration of centromeric ...The histone H3 variant CENP-A is a crucial epigenetic marker for centromere specification. CENP-A forms a characteristic nucleosome and dictates the higher-order configuration of centromeric chromatin. However, little is known about how the CENP-A nucleosome affects the architecture of centromeric chromatin. In this study, we reconstituted tri-nucleosomes mimicking a centromeric nucleosome arrangement containing the CENP-A nucleosome, and determined their 3D structures by cryoelectron microscopy. The H3-CENP-A-H3 tri-nucleosomes adopt an untwisted architecture, with an outward-facing linker DNA path between nucleosomes. This is distinct from the H3-H3-H3 tri-nucleosome architecture, with an inward-facing DNA path. Intriguingly, the untwisted architecture may allow the CENP-A nucleosome to be exposed to the solvent in the condensed chromatin model. These results provide a structural basis for understanding the 3D configuration of CENP-A-containing chromatin, and may explain how centromeric proteins can specifically target the CENP-A nucleosomes buried in robust amounts of H3 nucleosomes in centromeres.
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簡易版詳細版構造検証レポートについて
履歴
登録2019年10月16日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年12月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年1月22日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.year

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
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  • マップデータ: EMDB-0770
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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

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集合体

登録構造単位
A: Histone H3.1
B: Histone H4
C: Histone H2A type 1-B/E
D: Histone H2B type 1-J
E: Histone H3.1
F: Histone H4
G: Histone H2A type 1-B/E
H: Histone H2B type 1-J
I: DNA (485-MER)
J: DNA (485-MER)
K: Histone H3.1
L: Histone H4
M: Histone H2A type 1-B/E
N: Histone H2B type 1-J
O: Histone H3.1
P: Histone H4
Q: Histone H2A type 1-B/E
R: Histone H2B type 1-J
S: Histone H3.1
T: Histone H4
U: Histone H2A type 1-B/E
V: Histone H2B type 1-J
W: Histone H3.1
X: Histone H4
Y: Histone H2A type 1-B/E
Z: Histone H2B type 1-J


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)635,98526
ポリマ－635,98526
非ポリマー00
水0
1


タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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タンパク質 , 4種, 24分子 AEKOSWBFLPTXCGMQUYDHNRVZ

#1: タンパク質
Histone H3.1 / ヒストンH3 / Histone H3/a / Histone H3/b / Histone H3/c / Histone H3/d / Histone H3/f / Histone H3/h / Histone ...Histone H3/a / Histone H3/b / Histone H3/c / Histone H3/d / Histone H3/f / Histone H3/h / Histone H3/i / Histone H3/j / Histone H3/k / Histone H3/l


分子量: 15719.445 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
遺伝子: HIST1H3A, H3FA, HIST1H3B, H3FL, HIST1H3C, H3FC, HIST1H3D, H3FB, HIST1H3E, H3FD, HIST1H3F, H3FI, HIST1H3G, H3FH, HIST1H3H, H3FK, HIST1H3I, H3FF, HIST1H3J, H3FJ
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P68431
#2: タンパク質
Histone H4 /


分子量: 11676.703 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
遺伝子: HIST1H4A, H4/A, H4FA, HIST1H4B, H4/I, H4FI, HIST1H4C, H4/G, H4FG, HIST1H4D, H4/B, H4FB, HIST1H4E, H4/J, H4FJ, HIST1H4F, H4/C, H4FC, HIST1H4H, H4/H, H4FH, HIST1H4I, H4/M, H4FM, HIST1H4J, ...遺伝子: HIST1H4A, H4/A, H4FA, HIST1H4B, H4/I, H4FI, HIST1H4C, H4/G, H4FG, HIST1H4D, H4/B, H4FB, HIST1H4E, H4/J, H4FJ, HIST1H4F, H4/C, H4FC, HIST1H4H, H4/H, H4FH, HIST1H4I, H4/M, H4FM, HIST1H4J, H4/E, H4FE, HIST1H4K, H4/D, H4FD, HIST1H4L, H4/K, H4FK, HIST2H4A, H4/N, H4F2, H4FN, HIST2H4, HIST2H4B, H4/O, H4FO, HIST4H4
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P62805
#3: タンパク質
Histone H2A type 1-B/E / Histone H2A.2 / Histone H2A/a / Histone H2A/m


分子量: 14447.825 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HIST1H2AB, H2AFM, HIST1H2AE, H2AFA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P04908
#4: タンパク質
Histone H2B type 1-J / Histone H2B.1 / Histone H2B.r / H2B/r


分子量: 14217.516 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HIST1H2BJ, H2BFR / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P06899

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DNA鎖 , 2種, 2分子 IJ

#5: DNA鎖 DNA (485-MER)


分子量: 149214.703 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#6: DNA鎖 DNA (485-MER)


分子量: 150401.328 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: H3-H3-H3 tri-nucleosome with the 22 base-pair linker DNA
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#6 / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 0.6 kDa/nm / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
緩衝液pH: 7.8
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
詳細: H3-H3-H3 tri-nucleosome with the 22 base-pair linker DNA
試料支持グリッドの材料: COPPER
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TALOS ARCTICA
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
撮影電子線照射量: 80 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: (1.14_3260: phenix.real_space_refine) / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
4CTFFIND4CTF補正
10RELION2.1初期オイラー角割当
11RELION2.1最終オイラー角割当
12RELION2.1分類
13RELION2.1３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: C2 (2回回転対称)
3次元再構成解像度: 12.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 7312 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: RIGID BODY FIT

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万見について

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お知らせ

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2020年8月12日: New: 新型コロナ情報

New: 新型コロナ情報

  • 新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: New: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語"EMD-"は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:PDBeのEMDBサイト / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。詳細は下記のリンクをご覧ください。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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2017年6月16日: Omokage検索で絞り込み

Omokage検索で絞り込み

  • Omokage検索の結果をキーワードとデータベースの種類で絞り込むことができるようになりました。

関連情報:Omokage検索

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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