PDB-6ki9: Apo structure of FabMG, novel types of Enoyl-acyl carrier protein...

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登録情報

データベース: PDB / ID: 6ki9

タイトル

Apo structure of FabMG, novel types of Enoyl-acyl carrier protein reductase

要素

FabMG, novel types of Enoyl-acyl carrier protein reductase

キーワード

OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) /

Enoyl-acyl carrier protein reductase (エノイル(アシル輸送タンパク質)レダクターゼ (NADH)) / FabMG

機能・相同性

SIR2_2 domain-containing protein

機能・相同性情報

生物種

uncultured bacterium (環境試料)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.64 Å

データ登録者

Kim, S. / Rhee, S.

資金援助

韓国, 2件

引用

ジャーナル: Febs J. / 年: 2020
タイトル: A triclosan-resistance protein from the soil metagenome is a novel enoyl-acyl carrier protein reductase: Structure-guided functional analysis.
著者: Kim, S.H. / Khan, R. / Choi, K. / Lee, S.W. / Rhee, S.

履歴

登録	2019年7月17日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2020年5月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年11月25日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2024年3月27日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6ki9.cif.gz	619.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6ki9.ent.gz	423 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6ki9.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ki/6ki9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ki/6ki9	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6kiaC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6kia-2 6kia-1 4s3n-d 4g3j-1 3zg3-d 6hhh-d 6ayb-d 4ysv-d 6ob2-2 5e58-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: FabMG, novel types of Enoyl-acyl carrier protein reductase

B: FabMG, novel types of Enoyl-acyl carrier protein reductase

C: FabMG, novel types of Enoyl-acyl carrier protein reductase

ヘテロ分子

150 kDa, 3 ポリマー
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1

A: FabMG, novel types of Enoyl-acyl carrier protein reductase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
50.1 kDa, 1 ポリマー
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2

B: FabMG, novel types of Enoyl-acyl carrier protein reductase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
50 kDa, 1 ポリマー
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3

C: FabMG, novel types of Enoyl-acyl carrier protein reductase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
49.7 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	63.862, 137.005, 156.862
Angle α, β, γ (deg.)	90.0, 90.0, 90.0
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID
1	1
2	1

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-ID	Component-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	MET	MET	ARG	ARG	chain 'A'	A	A	1 - 56	1 - 56
1	2	ASN	ASN	GLU	GLU	chain 'A'	A	A	60 - 440	60 - 440
2	3	MET	MET	ARG	ARG	chain 'B'	B	B	1 - 56	1 - 56
2	4	ASN	ASN	GLU	GLU	chain 'B'	B	B	60 - 440	60 - 440

#1: タンパク質	FabMG, novel types of Enoyl-acyl carrier protein reductase 分子量: 49423.273 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) uncultured bacterium (環境試料) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A1C9HA64
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール分子量: 62.068 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 化合物	ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル / ポリエチレングリコール分子量: 194.226 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈O₅ / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 918 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.41 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.88 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 0.1 M Bis-tris (pH 6.5), 23% (w/v) PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 7A (6B, 6C1) / 波長: 0.97933 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2014年9月26日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97933 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.64→50 Å / Num. obs: 168488 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 14 % / B_iso Wilson estimate: 22.0727481816 Å² / CC_1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 32.8
反射シェル	解像度: 1.644→1.703 Å / Num. unique obs: 16628 / CC_1/2: 0.841

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.64→26.7277265571 Å / SU ML: 0.174965452937 / 交差検証法: NONE / σ(F): 1.33792973872 / 位相誤差: 25.740589025

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.241672819757	2000	1.18795179292 %
R_work	0.216979745648	-	-
obs	0.217272860095	168357	99.9246219226 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 32.6359567753 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.64→26.7277265571 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9587	0	98	918	10603

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.00450484905799	9858
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.87361213875	13280
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0337428833715	1468
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.00466991197198	1703
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.4002153859	3607

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.64-1.6817	0.320628061814	141	0.285969168024	11754	X-RAY DIFFRACTION	99.848904558
1.6817-1.7271	0.28482187468	142	0.273505390806	11765	X-RAY DIFFRACTION	99.9580255205
1.7271-1.7779	0.337598029033	141	0.278077740915	11776	X-RAY DIFFRACTION	99.9496770947
1.7779-1.8353	0.268390721113	142	0.261184063662	11732	X-RAY DIFFRACTION	99.9494949495
1.8353-1.9009	0.271417642302	141	0.257780226997	11785	X-RAY DIFFRACTION	99.974851203
1.9009-1.977	0.286842670329	142	0.252263989013	11818	X-RAY DIFFRACTION	99.991639495
1.977-2.0669	0.270098528625	143	0.241740528966	11862	X-RAY DIFFRACTION	99.9916708313
2.0669-2.1758	0.28367901249	142	0.228855274012	11824	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1758-2.3121	0.250508165224	143	0.231557207525	11847	X-RAY DIFFRACTION	99.991660412
2.3121-2.4905	0.263024043693	142	0.229662588	11871	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4905-2.7409	0.246761751728	144	0.224512140811	11937	X-RAY DIFFRACTION	99.9917232246
2.7409-3.137	0.271436084205	143	0.221448760453	11957	X-RAY DIFFRACTION	99.983473806
3.137-3.9502	0.198823942069	145	0.192108430656	12070	X-RAY DIFFRACTION	99.9918140144
3.9502-26.727	0.201809149369	149	0.180961599261	12359	X-RAY DIFFRACTION	99.3486894361

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: -15.0214671035 Å / Origin y: 21.2549402238 Å / Origin z: 32.0679171839 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.150990816777 Å²	0.00513040573484 Å²	0.00319246288151 Å²	-	0.162331556815 Å²	0.0516506590137 Å²	-	-	0.240014270466 Å²
L	0.0574361386837 °²	0.0546377795978 °²	-0.0351505485932 °²	-	0.113321388837 °²	-0.146351156737 °²	-	-	0.34338646088 °²
S	0.00624738891465 Å °	-0.0280643155341 Å °	-0.0297520082378 Å °	0.0854838496624 Å °	0.0157575384023 Å °	-0.00833413707392 Å °	-0.00958346178226 Å °	-0.0260695183182 Å °	-0.0253256024526 Å °

精密化 TLSグループ

Selection details: all

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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