PDB-6kgr: LSD1-FCPA-MPE N5 adduct model

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6kgr

タイトル

LSD1-FCPA-MPE N5 adduct model

要素

Lysine-specific histone demethylase 1A

キーワード

OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) /

DEMETHYLASE /

AMINE OXIDASE /

CHROMATIN (クロマチン) /

HISTONE (ヒストン) / FAD /

MECHANISM-BASED INHIBITOR

機能・相同性

機能・相同性情報

guanine metabolic process / protein demethylation / [histone H3]-N6,N6-dimethyl-L-lysine4 FAD-dependent demethylase / FAD-dependent H3K4me/H3K4me3 demethylase activity /

demethylase activity / regulation of DNA methylation-dependent heterochromatin formation /

telomeric repeat-containing RNA binding / histone H3K4 demethylase activity / muscle cell development / positive regulation of neural precursor cell proliferation ...guanine metabolic process / protein demethylation / [histone H3]-N6,N6-dimethyl-L-lysine4 FAD-dependent demethylase / FAD-dependent H3K4me/H3K4me3 demethylase activity /

demethylase activity / regulation of DNA methylation-dependent heterochromatin formation /

telomeric repeat-containing RNA binding / histone H3K4 demethylase activity / muscle cell development / positive regulation of neural precursor cell proliferation / neuron maturation / regulation of androgen receptor signaling pathway / MRF binding /

DNA repair complex / DNA repair-dependent chromatin remodeling / nuclear androgen receptor binding / regulation of double-strand break repair via homologous recombination / positive regulation of neuroblast proliferation / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage by p53 class mediator / positive regulation of stem cell proliferation / negative regulation of DNA binding / histone H3K9 demethylase activity / negative regulation of DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / positive regulation of cell size / histone demethylase activity / response to fungicide / cellular response to cAMP / NR1H3 & NR1H2 regulate gene expression linked to cholesterol transport and efflux / nuclear receptor coactivator activity / negative regulation of protein binding / Regulation of PTEN gene transcription / positive regulation of protein ubiquitination / promoter-specific chromatin binding / HDACs deacetylate histones / cellular response to gamma radiation / Activated PKN1 stimulates transcription of AR (androgen receptor) regulated genes KLK2 and KLK3 / HDMs demethylate histones / negative regulation of DNA-binding transcription factor activity / cerebral cortex development / positive regulation of neuron projection development / cellular response to UV /

regulation of protein localization /

p53 binding /

flavin adenine dinucleotide binding / positive regulation of cold-induced thermogenesis / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / DNA-binding transcription factor binding / Estrogen-dependent gene expression /

transcription regulator complex / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / Potential therapeutics for SARS /

chromosome, telomeric region /

transcription coactivator activity /

oxidoreductase activity / negative regulation of DNA-templated transcription /

chromatin binding /

クロマチン / regulation of transcription by RNA polymerase II / negative regulation of transcription by RNA polymerase II /

enzyme binding / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex /

核質 / identical protein binding /

細胞核
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.32 Å

データ登録者

Niwa, H. / Sato, S. / Handa, N. / Umehara, T.

引用

ジャーナル: Chemmedchem / 年: 2020
タイトル: Development and Structural Evaluation of N-Alkylated trans-2-Phenylcyclopropylamine-Based LSD1 Inhibitors.
著者: Niwa, H. / Sato, S. / Handa, N. / Sengoku, T. / Umehara, T. / Yokoyama, S.

履歴

登録	2019年7月12日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2020年3月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年5月20日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2024年3月27日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6kgr.cif.gz	332.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6kgr.ent.gz	224.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6kgr.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kg/6kgr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kg/6kgr	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6kgkC 6kglC 6kgmC 6kgnC 6kgoC 6kgpC 6kgqC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6kgq-d 2z5u-d 2ejr-d 2hko-d 3abu-d 6nr5-d 6kgp-d 3abt-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#7 - 2000年7月ヌクレオソーム (Nucleosome) 類似性 (2) #231 - 2019年3月麻疹ウイルスタンパク質 (Measles Virus Proteins) 類似性 (2) #155 - 2012年11月ビタミンD受容体 (Vitamin D Receptor) 類似性 (1) #122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (1) #98 - 2008年2月低分子干渉RNA (Small Interfering RNA) 類似性 (1) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#7 - 2000年7月
ヌクレオソーム (Nucleosome)
類似性 (2)
#231 - 2019年3月
麻疹ウイルスタンパク質 (Measles Virus Proteins)
類似性 (2)
#155 - 2012年11月
ビタミンD受容体 (Vitamin D Receptor)
類似性 (1)
#122 - 2010年2月
エンハンセオソーム (Enhanceosome)
類似性 (1)
#98 - 2008年2月
低分子干渉RNA (Small Interfering RNA)
類似性 (1)
#241 - 2020年1月
20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Lysine-specific histone demethylase 1A

ヘテロ分子

75.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	185.268, 185.268, 109.327
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	178
Space group name H-M	P6₁22
Space group name Hall	P6₁2(x,y,z+5/12)
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x-y,x,z+1/6 #3: y,-x+y,z+5/6 #4: -y,x-y,z+1/3 #5: -x+y,-x,z+2/3 #6: x-y,-y,-z #7: -x,-x+y,-z+2/3 #8: -x,-y,z+1/2 #9: y,x,-z+1/3 #10: -y,-x,-z+5/6 #11: -x+y,y,-z+1/2 #12: x,x-y,-z+1/6

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-1260- HOH
2	1	A-1261- HOH

#1: タンパク質	Lysine-specific histone demethylase 1A / BRAF35-HDAC complex protein BHC110 / Flavin-containing amine oxidase domain-containing protein 2 分子量: 74333.039 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: SF file contains Friedel pairs. / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KDM1A, AOF2, KDM1, KIAA0601, LSD1 / プラスミド: PETDUET-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): ROSETTA2(DE3) / 参照: UniProt: O60341, 酸化還元酵素
#2: 化合物	ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル / 2-Methyl-2,4-pentanediol 分子量: 118.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₂ / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 化合物	ChemComp-DJC / 3-[4-[5-fluoranyl-2-(trifluoromethyl)phenyl]phenyl]propanal 分子量: 296.259 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₁₆H₁₂F₄O
#4: 化合物	ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD / フラビンアデニンジヌクレオチド分子量: 785.550 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₂₇H₃₃N₉O₁₅P₂ / コメント: FAD*YM
#5: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 164 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
非ポリマーの詳細	6KGQ and 6KGR use the same data but have ligand models with possible different configurations.

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.73 Å³/Da / 溶媒含有率: 67.05 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1M HEPES (pH 7.5), 5% MPD, 3.5-4.0% PEG MME 2000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2010年11月27日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.32→48.04 Å / Num. obs: 48179 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 18.4 % / B_iso Wilson estimate: 48.35 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_pim(I) all: 0.021 / R_rim(I) all: 0.091 / R_sym value: 0.098 / Net I/σ(I): 24.4
反射シェル	解像度: 2.32→2.4 Å / 冗長度: 18.2 % / Mean I/σ(I) obs: 3 / Num. unique obs: 4362 / CC_1/2: 0.896 / R_pim(I) all: 0.315 / R_rim(I) all: 1.363 / R_sym value: 1.326 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.16_3549+SVN	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.32→34.88 Å / SU ML: 0.2482 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.32 / 位相誤差: 22.0271

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1983	4559	5.02 %
R_work	0.1682	-	-
obs	0.1698	48129	99.95 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 66.02 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.32→34.88 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5094	0	82	164	5340

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0074	5288
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.8747	7183
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0501	804
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0063	969
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.0622	3203

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.32-2.35	0.3217	146	0.2874	2878	X-RAY DIFFRACTION	99.87
2.35-2.37	0.2857	165	0.2684	2884	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.37-2.4	0.2958	167	0.2484	2843	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4-2.43	0.2693	144	0.2401	2876	X-RAY DIFFRACTION	100
2.43-2.47	0.245	142	0.2255	2881	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.47-2.5	0.2565	168	0.218	2886	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.5-2.53	0.2711	143	0.2173	2892	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.53-2.57	0.2602	115	0.2139	2887	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.57-2.61	0.2079	159	0.2187	2857	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.61-2.66	0.2446	188	0.2128	2879	X-RAY DIFFRACTION	99.84
2.66-2.7	0.248	127	0.1961	2858	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7-2.75	0.2335	138	0.2043	2879	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.75-2.8	0.2745	106	0.208	2957	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8-2.86	0.2195	145	0.1992	2866	X-RAY DIFFRACTION	100
2.86-2.92	0.2625	145	0.2018	2880	X-RAY DIFFRACTION	100
2.92-2.99	0.2124	149	0.209	2908	X-RAY DIFFRACTION	100
2.99-3.07	0.2456	146	0.2036	2857	X-RAY DIFFRACTION	100
3.07-3.15	0.2585	157	0.1973	2872	X-RAY DIFFRACTION	100
3.15-3.24	0.2124	192	0.1854	2837	X-RAY DIFFRACTION	100
3.24-3.35	0.2495	137	0.184	2891	X-RAY DIFFRACTION	100
3.35-3.46	0.2436	145	0.1777	2889	X-RAY DIFFRACTION	100
3.46-3.6	0.2023	164	0.1701	2852	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6-3.77	0.1819	151	0.1573	2913	X-RAY DIFFRACTION	100
3.77-3.97	0.1553	154	0.1444	2853	X-RAY DIFFRACTION	100
3.97-4.21	0.188	176	0.1361	2868	X-RAY DIFFRACTION	100
4.21-4.54	0.1465	184	0.1316	2838	X-RAY DIFFRACTION	100
4.54-4.99	0.1695	160	0.1322	2875	X-RAY DIFFRACTION	100
4.99-5.71	0.1533	183	0.1493	2842	X-RAY DIFFRACTION	100
5.71-7.19	0.1913	145	0.1621	2885	X-RAY DIFFRACTION	100
7.19-34.88	0.1475	118	0.128	2902	X-RAY DIFFRACTION	99.37

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.48376438649	1.61820298711	0.638987399569	3.21666453876	0.218888681551	0.971843230593	0.0458595378111	-0.238713940857	0.0948090810603	-0.0675303178848	-0.0467191619801	-0.330080505499	-0.153692880962	0.161418244687	-0.00556130254716	0.381246840194	-0.0188325107334	0.0317045670744	0.419806786364	-0.0662242983834	0.30290771963	44.128558742	-38.3662632486	22.0941881843
2	0.878367948052	-1.34610074457	-1.23864237146	5.74833353313	5.98887955804	6.66277533679	0.043329634165	0.243500432384	-0.448756427078	-0.0901787654378	0.0179112011168	-0.0650947872522	0.464057400029	0.304022401849	-0.0393405900416	0.753244569275	0.100400082859	0.0348495984591	0.630600195935	-0.152908773327	0.692466184496	35.4189557238	-82.5636829985	-30.6653527868
3	1.58247166077	0.274549835237	0.0887793450868	2.79370521689	0.741015407596	1.9039107174	0.0904036987144	-0.176567895819	0.0651071285086	-0.175579882602	-0.0634221846695	0.0272831030543	-0.085531256154	-0.165055934308	-0.0286899165894	0.259120335267	-0.000399125938745	0.00348809693974	0.348293942421	-0.00148832367325	0.243777800411	25.2023901314	-47.0760736023	14.5431700113

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 172 through 371 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 372 through 513 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 514 through 832 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

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