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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6k9q | |||||||||||||||
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タイトル | Structure of the native supercoiled hook as a universal joint | |||||||||||||||
要素 | Flagellar hook protein FlgE | |||||||||||||||
キーワード | MOTOR PROTEIN / Flagella motor / Hook / Native structure / Supercoiled / FlgE | |||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 bacterial-type flagellum basal body / bacterial-type flagellum-dependent swarming motility 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||
生物種 | Salmonella typhimurium (サルモネラ菌) | |||||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å | |||||||||||||||
データ登録者 | Kato, T. / Miyata, T. / Makino, F. / Horvath, P. / Namba, K. | |||||||||||||||
資金援助 | 日本, 4件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2019 タイトル: Structure of the native supercoiled flagellar hook as a universal joint. 著者: Takayuki Kato / Fumiaki Makino / Tomoko Miyata / Péter Horváth / Keiichi Namba / 要旨: The Bacterial flagellar hook is a short supercoiled tubular structure made from a helical assembly of the hook protein FlgE. The hook acts as a universal joint that connects the flagellar basal body ...The Bacterial flagellar hook is a short supercoiled tubular structure made from a helical assembly of the hook protein FlgE. The hook acts as a universal joint that connects the flagellar basal body and filament, and smoothly transmits torque generated by the rotary motor to the helical filament propeller. In peritrichously flagellated bacteria, the hook allows the filaments to form a bundle behind the cell for swimming, and for the bundle to fall apart for tumbling. Here we report a native supercoiled hook structure at 3.6 Å resolution by cryoEM single particle image analysis of the polyhook. The atomic model built into the three-dimensional (3D) density map reveals the changes in subunit conformation and intersubunit interactions that occur upon compression and extension of the 11 protofilaments during their smoke ring-like rotation. These observations reveal how the hook functions as a dynamic molecular universal joint with high bending flexibility and twisting rigidity. | |||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6k9q.cif.gz | 1.6 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6k9q.ent.gz | 1.3 MB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6k9q.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6k9q_validation.pdf.gz | 1.4 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6k9q_full_validation.pdf.gz | 1.5 MB | 表示 | |
XML形式データ | 6k9q_validation.xml.gz | 257.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6k9q_validation.cif.gz | 396.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k9/6k9q ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k9/6k9q | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 42101.957 Da / 分子数: 26 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Salmonella typhimurium (サルモネラ菌) 参照: UniProt: A0A0J1A5C1, UniProt: P0A1J1*PLUS |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: FILAMENT / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Native supercoiled hook / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: NATURAL | |||||||||||||||
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分子量 | 値: 42979 kDa/nm / 実験値: NO | |||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌) | |||||||||||||||
緩衝液 | pH: 8 | |||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 0.5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | |||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: MOLYBDENUM / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 | |||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 90 % / 凍結前の試料温度: 291 K |
-電子顕微鏡撮影
顕微鏡 | モデル: JEOL CRYO ARM 200 |
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電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 50000 X / Cs: 1.4 mm / アライメント法: COMA FREE |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN / 最高温度: 100.5 K / 最低温度: 99.7 K |
撮影 | 平均露光時間: 10 sec. / 電子線照射量: 0.87 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 1702 |
電子光学装置 | エネルギーフィルター名称: In-column Omega Filter エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV |
画像スキャン | 横: 3710 / 縦: 3838 / 動画フレーム数/画像: 50 / 利用したフレーム数/画像: 2-50 |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 418814 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 157334 / アルゴリズム: BACK PROJECTION / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | 3D fitting-ID: 1 / PDB chain-ID: A / Source name: PDB / タイプ: experimental model
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