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万見
- PDB-6k7x: Human MCU-EMRE complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6k7x
タイトルHuman MCU-EMRE complex
要素
  • Calcium uniporter protein, mitochondrial
  • Essential MCU regulator, mitochondrial
キーワードTRANSPORT PROTEIN (運搬体タンパク質) / ion channel (イオンチャネル) / Mitochondrial Ca2+ uptake / MCU
機能・相同性
機能・相同性情報


uniporter activity / Processing of SMDT1 / mitochondrial calcium ion transmembrane transport / uniplex complex / calcium import into the mitochondrion / Mitochondrial calcium ion transport / positive regulation of mitochondrial calcium ion concentration / mitochondrial calcium ion homeostasis / positive regulation of neutrophil chemotaxis / positive regulation of mitochondrial fission ...uniporter activity / Processing of SMDT1 / mitochondrial calcium ion transmembrane transport / uniplex complex / calcium import into the mitochondrion / Mitochondrial calcium ion transport / positive regulation of mitochondrial calcium ion concentration / mitochondrial calcium ion homeostasis / positive regulation of neutrophil chemotaxis / positive regulation of mitochondrial fission / calcium channel complex / calcium-mediated signaling / calcium channel activity / positive regulation of insulin secretion / glucose homeostasis / protein complex oligomerization / ミトコンドリア内膜 / ミトコンドリアマトリックス / ミトコンドリア / 核質 / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Essential MCU regulator, mitochondrial / Putative mitochondrial precursor protein / Calcium uniporter protein, C-terminal / MCU family / Mitochondrial calcium uniporter
類似検索 - ドメイン・相同性
CARDIOLIPIN / Chem-PLX / Calcium uniporter protein, mitochondrial / Essential MCU regulator, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.27 Å
データ登録者Zhuo, W. / Zhou, H. / Yang, M.
資金援助 中国, 3件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, China)21532004 中国
National Science Foundation (NSF, China)31570733 中国
National Science Foundation (NSF, China)31900857 中国
引用ジャーナル: Protein Cell / 年: 2021
タイトル: Structure of intact human MCU supercomplex with the auxiliary MICU subunits.
著者: Wei Zhuo / Heng Zhou / Runyu Guo / Jingbo Yi / Laixing Zhang / Lei Yu / Yinqiang Sui / Wenwen Zeng / Peiyi Wang / Maojun Yang /
履歴
登録2019年6月10日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年9月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年3月3日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.22024年3月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-9944
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: Calcium uniporter protein, mitochondrial
A: Calcium uniporter protein, mitochondrial
B: Calcium uniporter protein, mitochondrial
D: Calcium uniporter protein, mitochondrial
H: Essential MCU regulator, mitochondrial
E: Essential MCU regulator, mitochondrial
F: Essential MCU regulator, mitochondrial
G: Essential MCU regulator, mitochondrial
K: Calcium uniporter protein, mitochondrial
L: Calcium uniporter protein, mitochondrial
M: Calcium uniporter protein, mitochondrial
N: Calcium uniporter protein, mitochondrial
O: Essential MCU regulator, mitochondrial
P: Essential MCU regulator, mitochondrial
Q: Essential MCU regulator, mitochondrial
R: Essential MCU regulator, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)330,57446
ポリマ－306,34716
非ポリマー24,22730
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質
Calcium uniporter protein, mitochondrial / HsMCU / Coiled-coil domain-containing protein 109A


分子量: 32300.203 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MCU, C10orf42, CCDC109A / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q8NE86
#2: タンパク質
Essential MCU regulator, mitochondrial / Single-pass membrane protein with aspartate-rich tail 1 / mitochondrial


分子量: 5993.192 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SMDT1, C22orf32, EMRE / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9H4I9
#3: 化合物
ChemComp-CDL / CARDIOLIPIN / DIPHOSPHATIDYL GLYCEROL / BIS-(1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHO)-1',3'-SN-GLYCEROL / Cardiolipin


分子量: 1464.043 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C81H156O17P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: リン脂質*YM
#4: 化合物
ChemComp-PLX / (9R,11S)-9-({[(1S)-1-HYDROXYHEXADECYL]OXY}METHYL)-2,2-DIMETHYL-5,7,10-TRIOXA-2LAMBDA~5~-AZA-6LAMBDA~5~-PHOSPHAOCTACOSANE-6,6,11-TRIOL


分子量: 767.132 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: C42H89NO8P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: リン脂質*YM
#5: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Human MCU-EMRE complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#2 / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Homo sapiens (ヒト)
緩衝液pH: 7.4
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
撮影電子線照射量: 50 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.15_3459: / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
9PHENIX1.15モデル精密化
13RELION3３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: C2 (2回回転対称)
3次元再構成解像度: 3.27 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 179468 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: AB INITIO MODEL
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00723356
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d1.01731336
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d16.23814436
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.1053460
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0083784

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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