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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6k6r | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Saccharomyces cerevisiae single domain sulfurtranferase RDL2 | ||||||
要素 | Thiosulfate sulfurtransferase RDL2, mitochondrial | ||||||
キーワード | TRANSFERASE (転移酵素) / thiosulfate:cyanide sulfurtransferase (ロダネーゼ) / Rhodanese (ロダネーゼ) / Saccharomyces cerevisiae (出芽酵母) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.471 Å | ||||||
データ登録者 | Li, H.J. / Wang, Q.D. | ||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: Antioxidants / 年: 2021 タイトル: Saccharomyces cerevisiaeRhodanese RDL2 Uses the ArgResidue of the Active-Site Loop for Thiosulfate Decomposition 著者: Wang, Q.D. / Li, H. / Xia, Y. / Xun, L. / Li, H.J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6k6r.cif.gz | 63.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6k6r.ent.gz | 45.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6k6r.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k6/6k6r ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k6/6k6r | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 3d1pS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 16758.461 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: RDL2, AIM42, FMP31, YOR286W 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: Q08742, ロダネーゼ #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.89 % |
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結晶化 | 温度: 289.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 3.5M Ammonium citrate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.9791 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年10月13日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9791 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.47→50 Å / Num. obs: 11448 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.1 % / CC1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 24.69 |
反射 シェル | 解像度: 2.47→2.51 Å |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 3D1P 解像度: 2.471→27.595 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.471→27.595 Å
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