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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6k4y | ||||||
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タイトル | CryoEM structure of sigma appropriation complex | ||||||
要素 |
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キーワード | TRANSCRIPTION (転写 (生物学)) / RNA polymerase (RNAポリメラーゼ) / sigma appropriation / transcription activation / promoter | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 sigma factor antagonist complex / RNA polymerase complex / submerged biofilm formation / cellular response to cell envelope stress / cytosolic DNA-directed RNA polymerase complex / regulation of DNA-templated transcription initiation / bacterial-type flagellum assembly / sigma factor activity / bacterial-type flagellum-dependent cell motility / nitrate assimilation ...sigma factor antagonist complex / RNA polymerase complex / submerged biofilm formation / cellular response to cell envelope stress / cytosolic DNA-directed RNA polymerase complex / regulation of DNA-templated transcription initiation / bacterial-type flagellum assembly / sigma factor activity / bacterial-type flagellum-dependent cell motility / nitrate assimilation / transcription elongation factor complex / regulation of DNA-templated transcription elongation / transcription antitermination / 運動性 / DNA-templated transcription initiation / ribonucleoside binding / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / ポリメラーゼ / response to heat / protein-containing complex assembly / intracellular iron ion homeostasis / protein dimerization activity / response to antibiotic / negative regulation of DNA-templated transcription / regulation of DNA-templated transcription / magnesium ion binding / DNA binding / zinc ion binding / 生体膜 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Escherichia coli K-12 (大腸菌) Enterobacteria phage T4 (ファージ) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.79 Å | ||||||
データ登録者 | Shi, J. / Wen, A. / Feng, Y. | ||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nucleic Acids Res / 年: 2019 タイトル: Structural basis of σ appropriation. 著者: Jing Shi / Aijia Wen / Minxing Zhao / Linlin You / Yu Zhang / Yu Feng / 要旨: Bacteriophage T4 middle promoters are activated through a process called σ appropriation, which requires the concerted effort of two T4-encoded transcription factors: AsiA and MotA. Despite ...Bacteriophage T4 middle promoters are activated through a process called σ appropriation, which requires the concerted effort of two T4-encoded transcription factors: AsiA and MotA. Despite extensive biochemical and genetic analyses, puzzle remains, in part, because of a lack of precise structural information for σ appropriation complex. Here, we report a single-particle cryo-electron microscopy (cryo-EM) structure of an intact σ appropriation complex, comprising AsiA, MotA, Escherichia coli RNA polymerase (RNAP), σ70 and a T4 middle promoter. As expected, AsiA binds to and remodels σ region 4 to prevent its contact with host promoters. Unexpectedly, AsiA undergoes a large conformational change, takes over the job of σ region 4 and provides an anchor point for the upstream double-stranded DNA. Because σ region 4 is conserved among bacteria, other transcription factors may use the same strategy to alter the landscape of transcription immediately. Together, the structure provides a foundation for understanding σ appropriation and transcription activation. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6k4y.cif.gz | 753.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6k4y.ent.gz | 600.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6k4y.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k4/6k4y ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k4/6k4y | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-DNA-directed RNA polymerase subunit ... , 4種, 5分子 ABCDE
#1: タンパク質 | 分子量: 36558.680 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K-12 / 遺伝子: rpoA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7Z4, ポリメラーゼ #2: タンパク質 | | 分子量: 150820.875 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K-12 / 遺伝子: rpoB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A8V2, ポリメラーゼ #3: タンパク質 | | 分子量: 155366.781 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K-12 / 遺伝子: rpoC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A8T7, ポリメラーゼ #4: タンパク質 | | 分子量: 10249.547 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K-12 / 遺伝子: rpoZ / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A800, ポリメラーゼ |
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-タンパク質 , 3種, 3分子 FIM
#5: タンパク質 | 分子量: 70352.242 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K-12 / 遺伝子: rpoD / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00579 |
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#6: タンパク質 | 分子量: 12775.375 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Enterobacteria phage T4 (ファージ) 遺伝子: asiA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P32267 |
#7: タンパク質 | 分子量: 23608.334 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Enterobacteria phage T4 (ファージ) 遺伝子: motA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P22915 |
-DNA鎖 , 2種, 2分子 NT
#8: DNA鎖 | 分子量: 18642.982 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Enterobacteria phage T4 (ファージ) |
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#9: DNA鎖 | 分子量: 18504.877 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Enterobacteria phage T4 (ファージ) |
-非ポリマー , 2種, 3分子
#10: 化合物 | ChemComp-MG / |
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#11: 化合物 |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: sigma appropriation complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#9 / 由来: MULTIPLE SOURCES | ||||||||||||
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分子量 | 実験値: NO | ||||||||||||
由来(天然) |
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由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) | ||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.9 | ||||||||||||
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy |
撮影 | 平均露光時間: 12 sec. / 電子線照射量: 56 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
-解析
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION |
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対称性 | 点対称性: C1 (非対称) |
3次元再構成 | 解像度: 3.79 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 105108 / 対称性のタイプ: POINT |