PDB-6jyu: Crystal structure of Human G6PD Canton

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6jyu

タイトル

Crystal structure of Human G6PD Canton

要素

Glucose-6-phosphate 1-dehydrogenase

キーワード

OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / G6PD deficiency / Hemolytic anemia /

Oxidative stress (酸化ストレス)

機能・相同性

機能・相同性情報

negative regulation of protein glutathionylation / pentose biosynthetic process / ribose phosphate biosynthetic process / glucose-6-phosphate dehydrogenase (NADP+) / positive regulation of calcium ion transmembrane transport via high voltage-gated calcium channel / pentose-phosphate shunt, oxidative branch /

glucose-6-phosphate dehydrogenase activity / response to iron(III) ion /

ペントースリン酸経路 / NADPH regeneration ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 1.89 Å

データ登録者

Au, S.W.N.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of Human G6PD Canton
著者: Au, S.W.N.

履歴

登録	2019年4月28日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2020年4月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年3月27日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6jyu.cif.gz	267.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6jyu.ent.gz	176.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6jyu.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jy/6jyu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jy/6jyu	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	6e07-4 6e07-2 2bh9-1 6e07-1 2bhl-d 1e7m-1 6e07-3 0915 1h9b-1 1e77-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Glucose-6-phosphate 1-dehydrogenase

ヘテロ分子

56.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Glucose-6-phosphate 1-dehydrogenase

ヘテロ分子

A: Glucose-6-phosphate 1-dehydrogenase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, Null
113 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	60.422, 172.830, 215.522
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	22
Space group name H-M	F222
Space group name Hall	F22
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x,-y,-z #3: -x,y,-z #4: -x,-y,z #5: x,y+1/2,z+1/2 #6: x,-y+1/2,-z+1/2 #7: -x,y+1/2,-z+1/2 #8: -x,-y+1/2,z+1/2 #9: x+1/2,y,z+1/2 #10: x+1/2,-y,-z+1/2 #11: -x+1/2,y,-z+1/2 #12: -x+1/2,-y,z+1/2 #13: x+1/2,y+1/2,z #14: x+1/2,-y+1/2,-z #15: -x+1/2,y+1/2,-z #16: -x+1/2,-y+1/2,z

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-708- HOH
2	1	A-727- HOH
3	1	A-898- HOH
4	1	A-969- HOH
5	1	A-1036- HOH
6	1	A-1162- HOH
7	1	A-1321- HOH

#1: タンパク質	Glucose-6-phosphate 1-dehydrogenase / G6PD 分子量: 55883.625 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: G6PD / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DF213 参照: UniProt: P11413, glucose-6-phosphate dehydrogenase (NADP+)
#2: 化合物	ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE / ニコチンアミドアデニンジヌクレオチドリン酸分子量: 743.405 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₈N₇O₁₇P₃
#3: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 623 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.52 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.13 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.1M Tris, 20% glycerol ethoxylate, 10% tetrahydrofuran

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: TPS 05A / 波長: 0.98 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2019年3月25日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.89→25.21 Å / Num. obs: 45396 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 5.9 % / B_iso Wilson estimate: 19.3 Å² / Net I/σ(I): 34.25
反射シェル	解像度: 1.9→1.97 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.15.2_3472	精密化
HKL-2000		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

解像度: 1.89→25.21 Å / SU ML: 0.187 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 17.8813

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1919	2000	4.5 %
R_work	0.1539	-	-
obs	0.1557	44443	98.81 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 22.8 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.89→25.21 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3934	0	48	623	4605

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0066	4082
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.8507	5533
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0557	588
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0052	715
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	4.8493	2425

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.89-1.94	0.2305	133	0.189	2828	X-RAY DIFFRACTION	93.79
1.94-1.99	0.2219	142	0.1751	3029	X-RAY DIFFRACTION	99.81
1.99-2.05	0.2183	144	0.164	3028	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.05-2.12	0.2321	143	0.1632	3029	X-RAY DIFFRACTION	100
2.12-2.19	0.2198	144	0.1579	3058	X-RAY DIFFRACTION	100
2.19-2.28	0.2031	143	0.1503	3045	X-RAY DIFFRACTION	100
2.28-2.39	0.1909	143	0.152	3035	X-RAY DIFFRACTION	100
2.39-2.51	0.2047	145	0.1556	3078	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.51-2.67	0.1762	143	0.1519	3035	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.67-2.88	0.2045	146	0.1562	3078	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.88-3.16	0.1936	144	0.1544	3075	X-RAY DIFFRACTION	99.97
3.16-3.62	0.1727	145	0.1447	3079	X-RAY DIFFRACTION	99.69
3.62-4.56	0.1768	142	0.1334	3026	X-RAY DIFFRACTION	96.97
4.56-25.21	0.1718	143	0.1668	3020	X-RAY DIFFRACTION	93.58

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.88601920277	-0.72413999478	0.53505605391	1.94167223765	-0.773703920775	2.02743686428	-0.0321857050217	-0.0861784124178	0.186110344124	0.0733565704276	-0.0109800513219	-0.112373751307	-0.136383389136	0.142625089793	0.0440746260192	0.0835517777979	-0.0130557038943	0.0210553567319	0.100549025562	-0.0326816597036	0.0788814596401	-1.24722828803	34.2822670258	42.6954575562
2	1.14683573071	-0.460635319387	-0.163830927067	1.22578324981	0.395817693668	1.60279061797	-0.0456691051667	-0.141486798296	-0.135429200021	0.0750683049608	0.0440463988998	-0.171770951228	0.174093090076	0.188540163822	-0.0302469354474	0.133324489451	0.00704463482257	0.00932269470112	0.124762891572	0.0140614168679	0.129439343687	4.19234285828	17.7623215445	43.9042132249
3	0.482375223355	-0.151134724551	-0.504625451033	0.359861884608	0.476241065928	1.30266627993	0.0167634185867	0.00318385416229	-0.00568587747672	-0.00592009476548	0.0154195276822	0.0198581104368	-0.0285371211446	0.023916750828	-0.0189179852593	0.127297803247	-0.00668925508638	-0.000865028676662	0.0945166793341	0.00632992589522	0.119687023682	3.70306375339	14.497146003	18.5352362912
4	1.78389413835	0.596751159611	0.408486821722	0.8464898741	0.221004673263	0.796137720589	0.0125804093539	-0.0636677110773	0.149809903803	0.0838658973737	0.0155507727274	-0.107957856952	-0.119995938977	0.108273503429	-0.0308973916795	0.123583470432	-0.0104254048594	0.0029578454465	0.0942760042046	-0.0353005110929	0.13567529705	17.9805809714	18.0310383907	20.1571802957
5	0.269085854631	-0.00812423080421	-0.172473384507	0.177384162734	0.0263153318267	2.03715634038	0.0308196305366	0.0566124449517	0.0866195029123	-0.0295227045601	0.0098779256641	-0.0545514617489	-0.255196419114	0.0119393016376	-0.0318886569421	0.139440117946	-0.00714609557584	0.0107841440234	0.11288341476	0.00478865515833	0.146206317469	4.46703601475	22.3105563171	6.37189864714
6	1.03307120714	0.537874072245	-0.293582385706	1.41973155638	-0.034572697733	1.7218100133	-0.00358995224874	0.026145634141	0.0977115727156	-0.0422343418044	0.0484810892192	-0.137739854301	-0.165289211189	0.233268647973	-0.0309564654836	0.0964552274483	-0.00717868453348	0.020539608959	0.132883799928	-0.0424375377544	0.182399218497	22.4328980435	17.2238584807	15.1578972764

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 29 through 126 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 127 through 188 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 189 through 238 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 239 through 373 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 374 through 454 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 455 through 513 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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