PDB-6jcn: Yeast dehydrodolichyl diphosphate synthase complex subunit NUS1

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6jcn

タイトル

Yeast dehydrodolichyl diphosphate synthase complex subunit NUS1

要素

Dehydrodolichyl diphosphate synthase complex subunit NUS1

キーワード

TRANSFERASE (転移酵素) / dehydrodolichyl diphosphate synthesis / rossmann-like fold /

butterfly (チョウ) /

heterodimer / yeast RER2 /

human NgBR / cis-prenyl TRANSFERASE

機能・相同性

機能・相同性情報

Synthesis of Dolichyl-phosphate / dolichol biosynthetic process /

dehydrodolichyl diphosphate synthase complex / ditrans,polycis-polyprenyl diphosphate synthase [(2E,6E)-farnesyl diphosphate specific] / transferase activity, transferring alkyl or aryl (other than methyl) groups / protein glycosylation /

lipid droplet /

核膜 /

核膜 / membrane => GO:0016020 ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.998 Å

データ登録者

Ko, T.-P. / Ma, J. / Liu, W. / Chen, C.-C. / Guo, R.-T.

資金援助

台湾, 1件

引用

ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2019
タイトル: Structural insights to heterodimeric cis-prenyltransferases through yeast dehydrodolichyl diphosphate synthase subunit Nus1.
著者: Ma, J. / Ko, T.P. / Yu, X. / Zhang, L. / Ma, L. / Zhai, C. / Guo, R.T. / Liu, W. / Li, H. / Chen, C.C.

履歴

登録	2019年1月29日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2019年6月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年6月26日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title ..._citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.2	2019年7月10日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.3	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6jcn.cif.gz	192.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6jcn.ent.gz	153.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6jcn.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jc/6jcn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jc/6jcn	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5hxqS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2j9p-2 1w5d-d 2y4a-4 4b4z-2 2hdn-3 1efc-1 2xk1-1 2y59-1 5c6u-d 1qx7-4 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Dehydrodolichyl diphosphate synthase complex subunit NUS1

B: Dehydrodolichyl diphosphate synthase complex subunit NUS1

ヘテロ分子

51.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	57.328, 82.671, 131.835
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Dehydrodolichyl diphosphate synthase complex subunit NUS1 / / Nuclear undecaprenyl pyrophosphate synthase 1 分子量: 25861.492 Da / 分子数: 2 / 変異: C184A, C293A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: NUS1, YDL193W, D1239 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q12063, ditrans,polycis-polyprenyl diphosphate synthase [(2E,6E)-farnesyl diphosphate specific]
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: SO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 461 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.02 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.27 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.2M (NH4)2SO4, 0.1M Sodium Cacodylate pH 6.5, 20% PEG 8000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL15A1 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2018年8月1日
放射	散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→25 Å / Num. obs: 42913 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 18.8 % / R_merge(I) obs: 0.115 / R_pim(I) all: 0.027 / Net I/σ(I): 26.3
反射シェル	解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 11.9 % / R_merge(I) obs: 0.985 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique obs: 4133 / R_pim(I) all: 0.279 / % possible all: 97.04

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.13_2998: ???)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5HXQ

5hxq

解像度: 1.998→24.837 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 19.33 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1802	1999	4.67 %
R_work	0.1524	-	-
obs	0.1537	42840	99.12 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.998→24.837 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3274	0	10	461	3745

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	3407
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.937	4620
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.737	2042
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.06	515
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	586

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.9981-2.048	0.2665	129	0.259	2637	X-RAY DIFFRACTION	90
2.048-2.1034	0.2491	138	0.2256	2818	X-RAY DIFFRACTION	98
2.1034-2.1652	0.2615	141	0.2048	2874	X-RAY DIFFRACTION	99
2.1652-2.2351	0.2448	143	0.1782	2913	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2351-2.3149	0.2097	142	0.1713	2908	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3149-2.4075	0.2089	142	0.1664	2911	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4075-2.517	0.2158	143	0.1682	2931	X-RAY DIFFRACTION	100
2.517-2.6495	0.1989	143	0.1628	2921	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6495-2.8153	0.1963	143	0.1587	2920	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8153-3.0324	0.2071	144	0.171	2929	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0324-3.3369	0.1839	145	0.1553	2966	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3369-3.8182	0.171	145	0.1333	2969	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8182-4.8049	0.1232	147	0.1159	3014	X-RAY DIFFRACTION	100
4.8049-24.8385	0.1664	154	0.1498	3130	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.475	-0.0215	1.1841	1.6918	0.6466	2.1034	0.0371	-0.2315	0.1665	0.3556	-0.1314	0.0007	-0.1205	-0.247	-0	0.3905	-0.0389	0.003	0.2985	-0.0317	0.2713	17.919	35.8611	88.2618
2	1.7816	0.4992	0.6646	2.3403	0.1224	2.3834	-0.0674	0.0633	0.1428	-0.0857	-0.1206	0.0887	-0.458	-0.3274	-0.0265	0.3678	0.0289	-0.0397	0.2586	-0.0197	0.2768	15.8625	43.5017	80.421
3	1.5681	-2.1042	-1.1483	0.6626	1.3527	2.3994	0.271	0.0944	0.3039	-0.2571	-0.142	-0.1587	-0.5219	0.1211	0.0355	0.3219	-0.017	0.0369	0.3094	0.0245	0.3378	28.3997	32.1757	65.6382
4	1.2983	-0.6257	-1.0736	1.8061	0.6191	2.1491	-0.0156	-0.172	0.1491	0.3387	-0.0278	-0.0443	0.298	0.2527	-0.0088	0.3775	-0.0252	-0.0309	0.2759	-0.0079	0.2795	26.745	28.4439	89.188
5	0.9389	-1.339	-0.6921	1.9697	-0.3113	2.0884	-0.2863	-0.1294	0.1088	0.1204	0.1133	-0.1287	0.2839	0.4533	-0.0013	0.2618	-0.0049	-0.0223	0.3513	0.0178	0.3157	40.0849	8.2963	89.5083
6	1.782	-0.0978	-0.4041	2.7038	0.5171	2.1983	-0.1159	0.0801	-0.1036	-0.1399	-0.0841	-0.1753	0.4798	0.5584	-0.097	0.2883	0.0943	0.0413	0.3764	0.0535	0.2908	43.781	0.8873	82.074
7	0.96	-1.1552	0.6553	0.7683	-0.5818	3.3152	0.1852	0.108	-0.2751	-0.1834	-0.2402	0.1753	0.3237	0.1442	0.0082	0.2293	0.0248	-0.0494	0.2805	-0.0327	0.3082	32.0569	11.2804	65.8712
8	1.0652	-0.5792	1.1346	2.1342	-0.7142	2.2231	-0.161	-0.2616	-0.0461	0.3542	0.0461	0.1349	-0.3759	-0.4117	-0.0032	0.3121	0.0123	0.0245	0.317	-0.011	0.3184	30.4441	14.6976	89.4476

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 151 through 191 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 192 through 248 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 262 through 317 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 318 through 370 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 151 through 191 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 192 through 248 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 262 through 317 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 318 through 370 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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