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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6iu6 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of cytoplasmic metal binding domain with nickel ions | ||||||
要素 | VIT1 | ||||||
キーワード | METAL TRANSPORT / membrane protein (膜タンパク質) | ||||||
機能・相同性 | NICKEL (II) ION 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Eucalyptus grandis (植物) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å | ||||||
データ登録者 | Kato, T. / Nishizawa, T. / Yamashita, K. / Kumazaki, K. / Ishitani, R. / Nureki, O. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nat Plants / 年: 2019 タイトル: Crystal structure of plant vacuolar iron transporter VIT1. 著者: Kato, T. / Kumazaki, K. / Wada, M. / Taniguchi, R. / Nakane, T. / Yamashita, K. / Hirata, K. / Ishitani, R. / Ito, K. / Nishizawa, T. / Nureki, O. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6iu6.cif.gz | 136.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6iu6.ent.gz | 105.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6iu6.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iu/6iu6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iu/6iu6 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 6iu3C 6iu4C 6iu5SC 6iu8C 6iu9C S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | |
実験データセット #1 | データ参照: 10.5281/zenodo.2532134 / データの種類: diffraction image data |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 9106.312 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Eucalyptus grandis (植物) / プラスミド: modified pE-SUMO / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta2 (DE3) #2: 化合物 | ChemComp-ZN / #3: 化合物 | ChemComp-NI / #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.77 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.62 % / Mosaicity: 0.16 ° |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 21-23% PEG600, 0.1 M HEPES pH7.0 and 0.001-0.003 M zinc cloride |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1.485 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年5月23日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1.485 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection twin |
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反射 | 解像度: 2.9→42.372 Å / Num. obs: 17355 / % possible obs: 99.9885 % / 冗長度: 5.1 % / CC1/2: 0.9918 / Rmerge(I) obs: 0.1259 / Rpim(I) all: 0.061 / Rrim(I) all: 0.14 / Net I/σ(I): 7.7505 / Num. measured all: 8962 / Scaling rejects: 625 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 6IU5 解像度: 2.9→42.37 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.928 / SU B: 12.808 / SU ML: 0.25 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.071 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 162.9 Å2 / Biso mean: 66.441 Å2 / Biso min: 23.86 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.9→42.37 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.9→2.975 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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