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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6isf | ||||||
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タイトル | Structure of 9N-I DNA polymerase incorporation with dT in the active site | ||||||
要素 |
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キーワード | TRANSFERASE/DNA / DNA polymerase (DNAポリメラーゼ) / TRANSFERASE-DNA complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 DNA複製 / DNAポリメラーゼ / DNA-directed DNA polymerase activity / nucleotide binding / DNA binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Thermococcus sp. 9oN-7 (古細菌) synthetic construct (人工物) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å | ||||||
データ登録者 | Linwu, S.W. / Maestre-Reyna, M. / Tsai, M.D. / Tu, Y.H. / Chang, W.H. | ||||||
引用 | ジャーナル: Commun Biol / 年: 2019 タイトル: Thermococcus sp. 9°N DNA polymerase exhibits 3'-esterase activity that can be harnessed for DNA sequencing. 著者: LinWu, S.W. / Tu, Y.H. / Tsai, T.Y. / Maestre-Reyna, M. / Liu, M.S. / Wu, W.J. / Huang, J.Y. / Chi, H.W. / Chang, W.H. / Chiou, C.F. / Wang, A.H. / Lee, J. / Tsai, M.D. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6isf.cif.gz | 343.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6isf.ent.gz | 270.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6isf.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/is/6isf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/is/6isf | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 90939.820 Da / 分子数: 2 / 変異: D141A, E143A, A485L / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Thermococcus sp. 9oN-7 (古細菌) / 株: 9oN-7 / 遺伝子: pol, polA 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: Q56366, DNAポリメラーゼ #2: DNA鎖 | 分子量: 4560.959 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) #3: DNA鎖 | 分子量: 5550.605 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) #4: 化合物 | ChemComp-CA / #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.85 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Sodium Acetate pH4.6, MPD, Glycerol, CaCl2 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 298 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: TPS 05A / 波長: 0.9998 Å |
検出器 | タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2017年2月22日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9998 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.8→46.38 Å / Num. obs: 62970 / % possible obs: 99.48 % / 冗長度: 2 % / CC1/2: 0.988 / Rmerge(I) obs: 0.07432 / Net I/σ(I): 2.93 |
反射 シェル | 解像度: 2.8→2.9 Å / Rmerge(I) obs: 0.3808 / Num. unique obs: 6160 / CC1/2: 0.632 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 4K8X 解像度: 2.8→46.38 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.903 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.882 / SU B: 17.385 / SU ML: 0.329 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.9 / ESU R Free: 0.364 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 57.135 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 2.8→46.38 Å
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拘束条件 |
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