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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6ic4 | ||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of the A. baumannii MLA complex at 8.7 A resolution | ||||||
要素 |
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キーワード | PROTEIN TRANSPORT / Membrane protein Antibiotic resistance ABC transporter | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 phospholipid transporter activity / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / membrane => GO:0016020 / ATP hydrolysis activity / ATP binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Acinetobacter baumannii (バクテリア) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 8.7 Å | ||||||
データ登録者 | Bergeron, J.R. / Kollman, J.M. | ||||||
引用 | ジャーナル: Elife / 年: 2019 タイトル: The Mla system and glycerophospholipid transport to the outer membrane. 著者: Cassandra Kamischke / Junping Fan / Julien Bergeron / Hemantha D Kulasekara / Zachary D Dalebroux / Anika Burrell / Justin M Kollman / Samuel I Miller / 要旨: The outer membrane (OM) of Gram-negative bacteria serves as a selective permeability barrier that allows entry of essential nutrients while excluding toxic compounds, including antibiotics. The OM is ...The outer membrane (OM) of Gram-negative bacteria serves as a selective permeability barrier that allows entry of essential nutrients while excluding toxic compounds, including antibiotics. The OM is asymmetric and contains an outer leaflet of lipopolysaccharides (LPS) or lipooligosaccharides (LOS) and an inner leaflet of glycerophospholipids (GPL). We screened transposon mutants and identified a number of mutants with OM defects, including an ABC transporter system homologous to the Mla system in We further show that this opportunistic, antibiotic-resistant pathogen uses this multicomponent protein complex and ATP hydrolysis at the inner membrane to promote GPL export to the OM. The broad conservation of the Mla system in Gram-negative bacteria suggests the system may play a conserved role in OM biogenesis. The importance of the Mla system to OM integrity and antibiotic sensitivity suggests that its components may serve as new antimicrobial therapeutic targets. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6ic4.cif.gz | 276 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6ic4.ent.gz | 167.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6ic4.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6ic4_validation.pdf.gz | 742.3 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6ic4_full_validation.pdf.gz | 748.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | 6ic4_validation.xml.gz | 49.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6ic4_validation.cif.gz | 81.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ic/6ic4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ic/6ic4 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 19916.736 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Acinetobacter baumannii (バクテリア) 遺伝子: ttg2C, SAMEA104305283_00402 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A334XBW3 #2: タンパク質 | 分子量: 27209.285 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Acinetobacter baumannii (バクテリア) 遺伝子: ttg2B, mlaE, A7M79_03105, A7M90_14775, A7N09_05510, Aba7804_03380, Aba810CP_02080, APD06_03860, AZE33_17930, B4R90_07005, B9X95_19830, BGC29_10505, C2U32_12245, C3415_18770, CAS83_02490, ...遺伝子: ttg2B, mlaE, A7M79_03105, A7M90_14775, A7N09_05510, Aba7804_03380, Aba810CP_02080, APD06_03860, AZE33_17930, B4R90_07005, B9X95_19830, BGC29_10505, C2U32_12245, C3415_18770, CAS83_02490, CHQ89_09020, CPI82_03200, DCD77_11945, IX87_12245, LV38_01098, SAMEA104305242_00211, SAMEA104305261_03368, SAMEA104305271_02119, SAMEA104305341_02652, SAMEA104305343_00596, SAMEA104305351_00191, SAMEA104305385_01589 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: V5V9F4 #3: タンパク質 | 分子量: 25554.471 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Acinetobacter baumannii (バクテリア) 遺伝子: ttg2A, A7M79_03110, A7M90_14770, A7N09_05505, AB719_19875, Aba810CP_02075, B4R90_07000, B9X91_22285, BGC29_10510, BWP00_03605, C3415_18775, C7G90_12995, CBE85_06065, CEJ63_09375, CPI82_ ...遺伝子: ttg2A, A7M79_03110, A7M90_14770, A7N09_05505, AB719_19875, Aba810CP_02075, B4R90_07000, B9X91_22285, BGC29_10510, BWP00_03605, C3415_18775, C7G90_12995, CBE85_06065, CEJ63_09375, CPI82_03205, CSB70_3297, IX87_12250, NCTC13305_02842, SAMEA104305208_00091, SAMEA104305242_00212, SAMEA104305271_02118, SAMEA104305318_02181, SAMEA104305341_02651, SAMEA104305343_00597, SAMEA104305351_00192, SAMEA104305385_01588 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A086HZU3 #4: タンパク質 | 分子量: 10644.346 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Acinetobacter baumannii (バクテリア) 遺伝子: SAMEA104305318_02185 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A333U4T6 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: MlaBDEF / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT |
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由来(天然) | 生物種: Acinetobacter baumannii (バクテリア) |
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
緩衝液 | pH: 7 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TECNAI F20 |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: SPOT SCAN |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 100 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
-解析
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION |
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対称性 | 点対称性: C2 (2回回転対称) |
3次元再構成 | 解像度: 8.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 14000 / 対称性のタイプ: POINT |