PDB-6iah: Phosphatase Tt82 from Thermococcus thioreducens

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6iah

タイトル

Phosphatase Tt82 from Thermococcus thioreducens

要素

Hydrolase

加水分解酵素

キーワード

HYDROLASE (加水分解酵素) / HAD superfamily / hypothetical phosphatase / docking / phosphatase assay

機能・相同性

HAD-like superfamily /

hydrolase activity /

加水分解酵素

機能・相同性情報

生物種

Thermococcus thioreducens (テルモコックス属)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.75 Å

データ登録者

Brynda, J. / Smatanova, I.K. / Pachl, P. / Prudnikova, T. / Masters, R.J. / Havlickova, P. / Kascakova, B. / Brinsa, V. / Kuty, M. / Pusey, M.L. ...

資金援助

チェコ, 1件

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2019
タイトル: A novel structurally characterized haloacid dehalogenase superfamily phosphatase from Thermococcus thioreducens with diverse substrate specificity.
著者: Havlickova, P. / Brinsa, V. / Brynda, J. / Pachl, P. / Prudnikova, T. / Mesters, J.R. / Kascakova, B. / Kuty, M. / Pusey, M.L. / Ng, J.D. / Rezacova, P. / Kuta Smatanova, I.

履歴

登録	2018年11月26日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2019年8月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6iah.cif.gz	68.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6iah.ent.gz	52.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6iah.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ia/6iah ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ia/6iah	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	6dun-d 4l2m-d 1le8-d 4l0j-d 5lb1-2 3tur-1 7cdb-d 6ka2-2 2h2b-1 3hwj-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Hydrolase

ヘテロ分子

28.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, monomer

単位格子

Length a, b, c (Å)	66.330, 117.000, 33.830
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

#1: タンパク質	Hydrolase / 加水分解酵素 / Phosphoglycolate phosphatase / HAD superfamily 分子量: 27814.553 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Thermococcus thioreducens (テルモコックス属) 遺伝子: A3L14_07460, AMR53_08235, SAMN05216170_0457 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0Q2QQ54
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物分子量: 35.453 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 229 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.36 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.88 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 詳細: 0.2 M Magnesium chloride hexahydrate, 25% w/v Polyethyleneglycol 3350, 0.1 M Tris pH 8.5

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

BESSY

/ ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年11月21日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9184 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.75→43.87 Å / Num. obs: 27374 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.185 % / B_iso Wilson estimate: 29.416 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.057 / R_rim(I) all: 0.061 / Χ²: 1.023 / Net I/σ(I): 18.39

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
1.75-1.8	7.134	0.473	3.63	1997	0.964	0.51	99.7
1.8-1.84	6.651	0.378	4.27	1905	0.976	0.41	99.6
1.84-1.9	7.267	0.309	5.49	1896	0.985	0.333	99.9
1.9-1.96	7.554	0.253	6.87	1850	0.99	0.272	99.9
1.96-2.02	7.492	0.196	8.5	1767	0.993	0.211	100
2.02-2.09	7.469	0.161	10.33	1720	0.995	0.173	100
2.09-2.17	7.431	0.133	12.26	1665	0.995	0.143	99.9
2.17-2.26	7.239	0.118	13.41	1618	0.996	0.127	100
2.26-2.36	6.642	0.097	15.21	1540	0.997	0.105	99.9
2.36-2.47	7.383	0.083	18.11	1484	0.998	0.089	100
2.47-2.61	7.573	0.073	20.42	1412	0.998	0.078	99.9
2.61-2.77	7.567	0.062	24.27	1351	0.999	0.067	99.9
2.77-2.96	7.379	0.055	27.75	1250	0.999	0.06	99.9
2.96-3.2	7.114	0.047	31.76	1184	0.999	0.05	100
3.2-3.5	6.265	0.038	35.69	1102	0.999	0.041	100
3.5-3.91	7.355	0.032	43.77	998	0.999	0.035	100
3.91-4.52	7.273	0.031	47.98	888	0.999	0.034	99.9
4.52-5.53	6.905	0.031	46.33	777	0.999	0.034	100
5.53-7.83	6.159	0.033	43	599	0.999	0.037	99.7
7.83-43.87	6.305	0.03	49.56	371	0.998	0.033	98.9

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.24	データ抽出
Arcimboldo	LITE	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: Generic Helix

解像度: 1.75→43.87 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.969 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.953 / SU B: 4.682 / SU ML: 0.133 / SU R Cruickshank DPI: 0.1228 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.123 / ESU R Free: 0.12
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2255	1340	4.9 %	RANDOM
R_work	0.1854	-	-	-
obs	0.1874	26033	99.88 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 81.67 Å² / B_iso mean: 31.558 Å² / B_iso min: 16.59 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-3.32 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	-2.88 Å²	0 Å²
3-	-	-	6.2 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.75→43.87 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1967	0	10	231	2208
B_iso mean	-	-	40.92	41.64	-
残基数	-	-	-	-	240

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.017	0.019	2137
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	2019
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.669	1.96	2893
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.972	3	4647
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.947	5	264
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.026	23.017	116
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.537	15	378
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.782	15	23
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.108	0.2	293
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	2475
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	534

LS精密化シェル

解像度: 1.75→1.796 Å / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.368	97	-
R_work	0.34	1898	-
all	-	1995	-
obs	-	-	99.6 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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