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- PDB-6i8x: As-p18, an extracellular fatty acid binding protein -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6i8x
タイトルAs-p18, an extracellular fatty acid binding protein
要素Fatty acid-binding protein homolog
キーワードLIPID BINDING PROTEIN / Extracellular / nematodes / fatty acid binding (脂肪酸)
機能・相同性
機能・相同性情報


Fatty acid-binding protein homologue 1/2/3/4 / Cytosolic fatty-acid binding proteins signature. / Cytosolic fatty-acid binding / Calycin beta-barrel core domain / Calycin / Lipocalin / Βバレル / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
バクセン酸 / Fatty acid-binding protein homolog
類似検索 - 構成要素
生物種Ascaris suum (かいちゅう)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Gabrielsen, M. / Riboldi-Tunnicliffe, A. / Ibanez-Shimabukuro, M. / Smith, B.O.
資金援助 英国, 2件
組織認可番号国
Wellcome Trust083625 英国
Biotechnology and Biological Sciences Research CouncilBB/G011389/1 英国
引用
ジャーナル: Biosci.Rep. / 年: 2019
タイトル: As-p18, an extracellular fatty acid binding protein of nematodes, exhibits unusual structural features.
著者: Ibanez-Shimabukuro, M. / Rey-Burusco, M.F. / Gabrielsen, M. / Franchini, G.R. / Riboldi-Tunnicliffe, A. / Roe, A.J. / Griffiths, K. / Cooper, A. / Corsico, B. / Kennedy, M.W. / Smith, B.O.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr. Sect. F Struct. Biol. Cryst. Commun.
年: 2012
タイトル: Useable diffraction data from a multiple microdomain-containing crystal of Ascaris suum As-p18 fatty-acid-binding protein using a microfocus beamline.
著者: Gabrielsen, M. / Riboldi-Tunnicliffe, A. / Ibanez-Shimabukuro, M. / Griffiths, K. / Roe, A.J. / Cooper, A. / Smith, B.O. / Corsico, B. / Kennedy, M.W.
履歴
登録2018年11月21日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年7月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fatty acid-binding protein homolog
B: Fatty acid-binding protein homolog
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,66314
ポリマ－35,2762
非ポリマー1,38812
水1,928107
1
A: Fatty acid-binding protein homolog
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,68111
ポリマ－17,6381
非ポリマー1,04310
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Fatty acid-binding protein homolog
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,9823
ポリマ－17,6381
非ポリマー3452
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)102.254, 102.254, 103.392
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number79
Space group name H-MI4

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要素

#1: タンパク質 Fatty acid-binding protein homolog / AS-P18


分子量: 17637.758 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Ascaris suum (かいちゅう)
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: P55776
#2: 化合物 ChemComp-VCA / VACCENIC ACID / (11E)-OCTADEC-11-ENOIC ACID / cis-バクセン酸 / バクセン酸


分子量: 282.461 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H34O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール


分子量: 62.068 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-TAM / TRIS(HYDROXYETHYL)AMINOMETHANE / 3-アミノ-3-(2-ヒドロキシエチル)-1,5-ペンタンジオ-ル / トリスヒドロキシメチルアミノメタン


分子量: 163.215 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H17NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 107 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.03 % / 解説: Square cuboid
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.5 / 詳細: 40% ethylene glycol, 0.1 M acetate pH 4.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.95369 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年11月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.95369 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→20.06 Å / Num. obs: 23648 / % possible obs: 93.2 % / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 49.52 Å2 / Rpim(I) all: 0.049 / Rrim(I) all: 0.104 / Net I/σ(I): 9.8
反射 シェル解像度: 2.3→2.42 Å / 冗長度: 1.9 % / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Rpim(I) all: 0.435 / Rrim(I) all: 0.679 / % possible all: 77.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.2精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1G74

1g74


解像度: 2.3→14.41 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.945 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.917 / SU R Cruickshank DPI: 0.193 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.184 / SU Rfree Blow DPI: 0.167 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.171
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22 1199 5.16 %RANDOM
Rwork0.179 ---
obs0.181 23252 98.6 %-
原子変位パラメータBiso mean: 47.13 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.0353 Å20 Å20 Å2
2---1.0353 Å20 Å2
3---2.0706 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.27 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.3→14.41 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2436 0 94 107 2637
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.012733HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.073775HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d987SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes70HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes362HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it2733HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.62
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion19.89
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion312SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact2815SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.4 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 12
Rfactor反射数%反射
Rfree0.234 155 5.99 %
Rwork0.217 2432 -
all0.218 2587 -
obs--89.05 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.441-0.01380.75680.5378-0.22161.5142-0.0517-0.11150.18340.05470.01420.0276-0.21530.00960.0375-0.0113-0.0243-0.0025-0.0491-0.0544-0.10356.959726.525856.8608
21.6433-0.52670.0731.01680.21931.81270.06980.09970.1328-0.1682-0.0338-0.0439-0.28880.0549-0.0360.0068-0.03870.0382-0.05780.053-0.119414.391322.807229.0953
31.52221.7040.48772.9827-0.29041.80570.0104-0.0676-0.0314-0.0354-0.0133-0.0080.0509-0.07760.00290.1722-0.0672-0.06330.14590.00680.19219.633122.890242.5412
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }
3X-RAY DIFFRACTION3{ C|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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