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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6hws | ||||||
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タイトル | Keap1 - inhibitor complex | ||||||
要素 | Kelch-like ECH-associated protein 1 | ||||||
キーワード | PEPTIDE BINDING PROTEIN / Keap1 / Kelch-domain / Nrf2 / Neurodegenerative (神経変性疾患) / inhibitor (酵素阻害剤) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 regulation of epidermal cell differentiation / Nuclear events mediated by NFE2L2 / Cul3-RING ubiquitin ligase complex / ubiquitin-like ligase-substrate adaptor activity / centriolar satellite / 封入体 / cellular response to interleukin-4 / regulation of autophagy / マイクロフィラメント / negative regulation of DNA-binding transcription factor activity ...regulation of epidermal cell differentiation / Nuclear events mediated by NFE2L2 / Cul3-RING ubiquitin ligase complex / ubiquitin-like ligase-substrate adaptor activity / centriolar satellite / 封入体 / cellular response to interleukin-4 / regulation of autophagy / マイクロフィラメント / negative regulation of DNA-binding transcription factor activity / KEAP1-NFE2L2 pathway / disordered domain specific binding / positive regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / cellular response to oxidative stress / Neddylation / midbody / ubiquitin-dependent protein catabolic process / in utero embryonic development / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / Potential therapeutics for SARS / protein ubiquitination / Ub-specific processing proteases / 小胞体 / 核質 / identical protein binding / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.75 Å | ||||||
データ登録者 | Talapatra, S.K. / Kozielski, F. / Wells, G. / Georgakopoulos, N.D. | ||||||
資金援助 | 英国, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Keap1-inhibitor complex 著者: Talapatra, S.K. / Kozielski, F. / Wells, G. / Georgakopoulos, N.D. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6hws.cif.gz | 87.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6hws.ent.gz | 62.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6hws.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hw/6hws ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hw/6hws | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 1zgkS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 31654.373 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KEAP1, INRF2, KIAA0132, KLHL19 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q14145 | ||
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#2: 化合物 | ChemComp-EDO / | ||
#3: 化合物 | ChemComp-GX8 / | ||
#4: 化合物 | ChemComp-NA / #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.05 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 3.5 M Sodium Formate, pH 7.0 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.976 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年7月28日 |
放射 | モノクロメーター: 0.976 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.976 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.75→65 Å / Num. obs: 43651 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.097 / Net I/σ(I): 9 |
反射 シェル | 解像度: 1.75→1.84 Å / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.608 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 6314 / % possible all: 97.6 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1ZGK 解像度: 1.75→60.408 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 18.66
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.75→60.408 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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