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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6hdm | |||||||||
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タイトル | R49A variant of beta-phosphoglucomutase from Lactococcus lactis complexed with magnesium trifluoride and beta-G6P to 1.3 A. | |||||||||
要素 | Beta-phosphoglucomutase | |||||||||
キーワード | ISOMERASE (異性化酵素) / phosphoglucomutase / metal fluoride / transition state analog | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 beta-phosphoglucomutase / beta-phosphoglucomutase activity / carbohydrate metabolic process / magnesium ion binding / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Lactococcus lactis subsp. lactis (乳酸菌) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.3 Å | |||||||||
データ登録者 | Robertson, A.J. / Bisson, C. / Waltho, J.P. | |||||||||
資金援助 | 英国, 2件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Transition state of phospho-enzyme hydrolysis in beta-phosphoglucomutase. 著者: Robertson, A.J. / Bisson, C. / Waltho, J.P. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6hdm.cif.gz | 114.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6hdm.ent.gz | 87.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6hdm.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hd/6hdm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hd/6hdm | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 6h8uC 6h8vC 6h8wC 6h8xC 6h8yC 6h8zC 6h90C 6h93C 6h94C 6hdfC 6hdgC 6hdhC 6hdiC 6hdjC 6hdkC 6hdlC 2wf5S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 / 糖 , 2種, 2分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 24153.479 Da / 分子数: 1 / 変異: K125R, Y206H, R49A / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Lactococcus lactis subsp. lactis (乳酸菌) 株: IL1403 / 遺伝子: pgmB, LL0429, L0001 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P71447, beta-phosphoglucomutase |
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#5: 糖 | ChemComp-BG6 / |
-非ポリマー , 6種, 213分子
#2: 化合物 | ChemComp-MG / | ||
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#3: 化合物 | ChemComp-MGF / | ||
#4: 化合物 | ChemComp-NA / | ||
#6: 化合物 | ChemComp-PDO / | ||
#7: 化合物 | #8: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.96 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.2 詳細: 24-34% PEG 4000 200mM sodium acetate 50mM TRIS pH 7.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.97625 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年10月9日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97625 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.3→54.34 Å / Num. obs: 53048 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 6.8 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.052 / Rpim(I) all: 0.022 / Rrim(I) all: 0.057 / Net I/σ(I): 21.1 |
反射 シェル | 解像度: 1.3→1.32 Å / 冗長度: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.263 / Num. unique obs: 2526 / CC1/2: 0.944 / Rpim(I) all: 0.138 / Rrim(I) all: 0.299 / % possible all: 95.3 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 2WF5 解像度: 1.3→48.27 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.976 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.972 / SU B: 1.114 / SU ML: 0.022 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.042 / ESU R Free: 0.04 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 15.053 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 1.3→48.27 Å
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拘束条件 |
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